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万見
- PDB-8xtu: Crystal Structure of Rab5b GTPase domain from Leishmania donovani... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xtu
タイトルCrystal Structure of Rab5b GTPase domain from Leishmania donovani in complex with GDP
要素Rab5
キーワードENDOCYTOSIS / GTPase / Early Endocytosis / Nucleotide Exchange
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle membrane / early endosome / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Rab5
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zohib, M. / Pal, R.K. / Biswal, B.K. / Arora, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)CSIR NCP MLP 2031 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Rab5b GTPase domain from Leishmania donovani in complex with GDP
著者: Zohib, M. / Pal, R.K. / Biswal, B.K. / Arora, A.
履歴
登録2024年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9453
ポリマ－18,4781
非ポリマー4682
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Size Exclusion Chromatography purification was done
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.066, 61.861, 73.635
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-316-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Rab5


分子量: 18477.748 Da / 分子数: 1 / 変異: C62S, Q80L, C151S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VN21
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium Acetate, MES Hydrate pH 6.7, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.885 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.4 Å / Num. obs: 6617 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 739 / CC1/2: 0.964

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→47.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 41.131 / SU ML: 0.356 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26324 620 9.4 %RANDOM
Rwork0.21575 ---
obs0.22038 5947 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.8 Å2-0 Å20 Å2
2---5.89 Å2-0 Å2
3----4.92 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→47.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1133 0 29 33 1195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0121182
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0161052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.6411598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8711.5742394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6055153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.85755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.15510154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.094.042621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0884.041621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.1547.244771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.1517.243772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7584.253561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7564.254561
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.67.784828
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.40563.944818
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.37663.944818
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.93332234
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 51 -
Rwork0.363 412 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.2813 Å / Origin y: -16.4254 Å / Origin z: 7.7169 Å
111213212223313233
T0.049 Å2-0.0254 Å2-0.021 Å2-0.0413 Å20.0157 Å2--0.0101 Å2
L0.6907 °2-1.4788 °2-0.5971 °2-5.8412 °21.5158 °2--4.963 °2
S0.0189 Å °0.1237 Å °0.0146 Å °-0.3614 Å °-0.0494 Å °0.125 Å °-0.1777 Å °0.0044 Å °0.0305 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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