PDB-8xsq: Pseudomonas aeruginosa Histidinol dehydrogenase native structure ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xsq

タイトル

Pseudomonas aeruginosa Histidinol dehydrogenase native structure without Zn+

要素

Histidinol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

histidinol dehydrogenase / histidinol dehydrogenase activity / L-histidine biosynthetic process / NAD binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Choudhury, G.B. / Datta, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure-guided revelation of metal ion-dependent functional ambiguity in Pseudomonas aeruginosa histidinol dehydrogenase.
著者: Basu Choudhury, G. / Chatterjee, R. / Saha, A. / Sarkar, D.J. / Das, B.K. / Datta, S.

履歴

登録	2024年1月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xsq.cif.gz	335.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xsq.ent.gz	274.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xsq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xsq_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xsq_full_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示
XML形式データ	8xsq_validation.xml.gz	39.6 KB	表示
CIF形式データ	8xsq_validation.cif.gz	55.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/8xsq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/8xsq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9ivyC 9lbvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidinol dehydrogenase

B: Histidinol dehydrogenase

94.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.307, 89.435, 141.237
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Histidinol dehydrogenase / HDH 分子量: 47229.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: hisD, CAZ10_21075, IPC1295_15380, PA52Ts2_1476, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_06424 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZEH5, histidinol dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 / 詳細: 15% PEG 8000, 100 mM Na-Acetate pH 4.6,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→27.19 Å / Num. obs: 82507 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 14.2 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 28.1
反射シェル	解像度: 1.75→1.83 Å / Num. unique obs: 8161 / R_pim(I) all: 0.468

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→27.19 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2297	3827	2.34 %
R_work	0.2056	-	-
obs	0.2062	82507	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→27.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6447	0	0	585	7032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.631	937
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1030
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1183

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.3705	123	0.3712	5142	X-RAY DIFFRACTION	87
1.77-1.79	0.4042	142	0.352	5999	X-RAY DIFFRACTION	99
1.79-1.82	0.3243	143	0.333	5884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.84	0.341	142	0.3151	5928	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.2647	144	0.2975	5931	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.9	0.3312	140	0.2799	5997	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.93	0.291	142	0.2536	5889	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.96	0.2579	144	0.2438	5931	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2	0.2493	143	0.2207	5978	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2439	144	0.2206	5923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.08	0.2564	143	0.2156	5987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.13	0.262	144	0.2161	5900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.2334	145	0.203	5964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.23	0.2237	140	0.2072	5935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.29	0.2119	140	0.2009	5970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.36	0.1953	145	0.201	5955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.43	0.2482	144	0.2068	5905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.52	0.2023	143	0.2053	5932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.62	0.2143	139	0.2021	5959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.74	0.2992	139	0.2092	5956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.88	0.2248	147	0.2063	5976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.06	0.208	146	0.1994	5886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.3	0.2266	143	0.1938	5973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.63	0.187	141	0.1789	5925	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-4.16	0.1764	144	0.1601	5937	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-5.23	0.184	144	0.1549	5934	X-RAY DIFFRACTION	100
5.23-27.19	0.2391	133	0.1887	5942	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9167	-0.1006	-0.1938	1.6526	0.0394	2.1012	0.1648	0.169	0.5047	-0.0115	-0.1083	-0.1873	-0.4041	-0.0529	-0.0113	0.2571	-0.0324	0.0783	0.1513	0.0572	0.2738	52.9137	33.4201	102.9397
2	0.4034	0.014	-0.0695	2.52	-0.3122	1.0585	-0.0232	0.1494	0.1492	-0.0232	0.0869	0.1645	-0.2268	-0.2134	-0.0683	0.1224	0.0216	0.001	0.1631	0.0543	0.1119	18.252	40.0446	113.8272
3	0.0773	0.1686	0.4091	0.3183	0.9282	2.7396	0.0261	-0.0125	-0.065	0.0804	0.0287	-0.0279	0.2154	-0.0353	-0.0699	0.1304	-0.0109	0.0029	0.1177	0.0184	0.1007	27.2011	21.5844	138.7554
4	0.7617	0.104	-0.2487	0.7374	0.0886	3.8955	0.0553	-0.0332	0.0108	-0.0031	0.0073	-0.0785	-0.1942	-0.0636	-0.0075	0.0981	-0.0069	-0.0118	0.1086	0.018	0.1051	24.1326	27.9557	123.1667
5	0.4892	0.1628	0.0893	1.9236	-0.4105	0.3444	-0.0148	-0.0206	0.021	0.0509	0.0597	0.055	-0.0634	-0.1393	-0.0341	0.1162	0.0133	0.0101	0.1212	0.0196	0.0931	19.3676	34.3513	120.2087
6	0.6718	-0.3102	-0.1736	0.811	0.2231	0.2395	-0.0311	0.0209	0.0691	0.0229	0.0536	-0.1046	-0.0541	0.0524	-0.0302	0.1243	-0.0061	-0.0151	0.1135	0.022	0.0995	39.353	28.7862	114.1043
7	2.0193	-0.1086	-0.0821	1.7035	-0.4318	1.7256	0.0099	0.0314	0.1279	0.0261	0.0059	-0.1714	-0.2155	0.0955	0.0015	0.0923	-0.0154	0.0106	0.083	0.0062	0.086	47.6606	22.4856	108.7455
8	0.0382	-0.0316	-0.2453	-0.0165	0.0874	1.0595	-0.0267	0.0099	-0.08	-0.0186	-0.0062	-0.0006	0.0192	0.0024	0.0657	0.1877	-0.0075	-0.0161	0.1871	-0.0108	0.1409	31.3855	27.2758	135.0689
9	2.9192	0.4205	-0.3196	2.8354	0.4149	1.3897	-0.0511	-0.4339	0.1613	0.2	0.0042	-0.2713	0.0661	0.3425	0.0396	0.12	0.0214	-0.0374	0.1779	-0.0405	0.1673	43.5459	45.3104	164.2006
10	0.8302	-0.1808	0.3306	0.7086	0.8226	3.4801	0.0584	0.387	0.7339	-0.3079	0.2525	0.081	-0.4975	0.002	0.0666	0.3351	0.0537	-0.0552	0.2677	0.1395	0.4727	23.0531	62.2266	147.3184
11	0.4787	-0.1147	-0.5782	0.9677	-0.157	0.7981	0.2085	0.1977	0.5271	-0.3499	-0.0332	-0.3302	-0.3228	0.017	0.1355	0.3482	0.0409	0.075	0.3081	0.2617	0.377	55.6696	55.4228	134.6984
12	0.0657	0.0931	0.2366	1.6102	1.7513	2.0851	0.0591	-0.0679	-0.0606	0.0613	-0.0486	-0.0903	0.0698	-0.1343	-0.0047	0.1288	0.0045	-0.0024	0.1739	0.0595	0.114	47.943	24.9005	142.2557
13	1.3903	-0.2176	0.3695	1.5517	-0.3274	1.7004	-0.0285	0.1684	0.2207	-0.1021	0.0236	-0.2125	-0.2086	-0.0851	-0.0171	0.1544	0.0006	0.0183	0.1739	0.0803	0.1654	52.809	45.5965	139.0099
14	1.5274	-0.7408	-0.2499	0.7195	0.1433	0.955	0.161	0.2665	0.2169	-0.1227	-0.1292	0.0322	-0.1994	-0.1679	-0.0203	0.1508	0.0011	-0.0442	0.1412	0.0188	0.181	34.9263	49.6573	146.9504
15	1.9048	0.2237	-0.1602	1.8263	-0.2132	1.8078	-0.0489	0.0336	0.5739	-0.1206	0.1251	0.0364	-0.2862	-0.1231	-0.0397	0.1502	0.0346	-0.0235	0.0877	0.0208	0.2466	28.2465	57.1037	156.561
16	1.9375	-0.6851	-0.2256	2.7005	-0.0877	1.9731	-0.0838	0.108	0.0206	-0.2535	-0.011	-0.0832	-0.0669	0.0898	0.0807	0.1663	-0.0324	-0.018	0.1554	0.0167	0.1502	29.9959	40.9829	153.7694
17	0.0785	0.2626	0.409	0.8026	1.2368	1.8871	-0.0437	-0.1641	0.0618	0.0788	-0.1455	0.2467	0.0066	-0.0893	0.1985	0.2101	-0.0119	-0.0129	0.2703	-0.0278	0.192	42.0862	24.3688	136.0821
18	1.5861	-0.1382	-0.4446	0.8937	1.1304	1.4673	0.0077	0.0901	-0.2952	0.1171	-0.0318	0.0836	0.2908	-0.1024	0.0134	0.1403	-0.0495	0.0059	0.1204	-0.0011	0.1199	33.5818	9.4334	109.0719

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 87 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 88 through 129 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 130 through 158 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 159 through 220 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 221 through 266 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 267 through 362 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 363 through 403 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 404 through 438 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 3 through 33 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 34 through 87 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 88 through 129 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 130 through 220 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 221 through 266 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 267 through 330 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 331 through 378 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 379 through 403 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 404 through 440 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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