PDB-8xs2: Crystal structure of Fab fragment of anti-osteocalcin C-terminal ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xs2

タイトル

Crystal structure of Fab fragment of anti-osteocalcin C-terminal peptide antibody KTM219 with addition of fluorophore TAMRA

要素

Heavy chain fragment (Fd) of anti-osteocalcin antibody KTM219
Light chain of anti-osteocalcin antibody KTM219

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Immunoglobulin fold / Osteocalcin / Quenchbody (Q-body) / Open sandwich immunoassay

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Yazaki, S. / Ueda, H. / Arai, R.

資金援助

日本, 2件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19H02522, JP17KK0104, JP16K05841, JP16H00761, JP24780097, JP15H04191, JP18H03851	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	Cooperative Research Program of Network Joint Research Center for Materials and Devices	日本

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2025
タイトル: Crystal Structures of Antigen-Binding Fragment of Anti-Osteocalcin Antibody KTM219.
著者: Yazaki, S. / Komatsu, M. / Dong, J. / Ueda, H. / Arai, R.

履歴

登録	2024年1月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xs2.cif.gz	105.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xs2.ent.gz	76.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xs2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/8xs2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/8xs2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xs1C 5x5xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Heavy chain fragment (Fd) of anti-osteocalcin antibody KTM219

L: Light chain of anti-osteocalcin antibody KTM219

ヘテロ分子

51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.185, 69.520, 96.653
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: 抗体	Heavy chain fragment (Fd) of anti-osteocalcin antibody KTM219 分子量: 26202.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA KTM-219 / プラスミド: pET-Fab(KTM219) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 Express lysY
#2: 抗体	Light chain of anti-osteocalcin antibody KTM219 分子量: 25259.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA KTM-219 / プラスミド: pET-Fab(KTM219) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 Express lysY
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.07 % / 解説: Plate-like crystal
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 0.3 M Ammonium Acetate, 25% PEG 3350, 0.6 mM TAMRA

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月23日

放射

モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 24972 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.6 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.12 / Χ²: 0.993 / Net I/av σ(I): 23.6 / Net I/σ(I): 5.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.14-2.18	11.8	1.015	2.47	1216	0.815	0.948	0.302	1.06	0.918	98.1
2.18-2.22	12.2	0.921	2.8	1220	0.867	0.964	0.27	0.96	0.957	99.9
2.22-2.26	12.3	0.839	3.21	1217	0.894	0.972	0.246	0.875	0.945	98.5
2.26-2.31	12.3	0.782	3.43	1234	0.908	0.975	0.229	0.815	0.949	99.6
2.31-2.36	12.2	0.657	4.31	1212	0.933	0.983	0.194	0.685	0.957	99.1
2.36-2.41	11.8	0.634	4.31	1220	0.93	0.982	0.19	0.662	0.972	98.9
2.41-2.47	12.5	0.541	5.42	1245	0.963	0.991	0.157	0.564	0.983	99.7
2.47-2.54	12.2	0.426	6.67	1225	0.97	0.992	0.125	0.444	0.981	99.4
2.54-2.61	13.3	0.361	8.18	1228	0.979	0.995	0.102	0.376	0.971	99.3
2.61-2.7	13.2	0.307	9.91	1220	0.985	0.996	0.087	0.32	0.996	99.3
2.7-2.79	13.1	0.25	11.2	1244	0.987	0.997	0.071	0.26	1.019	99.5
2.79-2.9	13.1	0.208	14.3	1261	0.991	0.998	0.059	0.216	1.043	99.6
2.9-3.04	12.7	0.168	16.9	1230	0.994	0.998	0.049	0.175	1.068	99.7
3.04-3.2	12.5	0.131	20.7	1246	0.996	0.999	0.038	0.137	1.073	99.8
3.2-3.4	12.9	0.101	28.4	1261	0.997	0.999	0.029	0.105	1.118	99.8
3.4-3.66	13.5	0.075	40.3	1264	0.999	1	0.021	0.078	1.13	99.8
3.66-4.03	13.3	0.063	44.8	1267	0.999	1	0.018	0.065	1.077	100
4.03-4.61	12.3	0.048	53.2	1270	0.999	1	0.014	0.05	1.041	100
4.61-5.81	12.8	0.041	57.8	1304	0.999	1	0.012	0.043	0.913	99.9
5.81-50	12	0.033	58.9	1388	1	1	0.01	0.035	0.736	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5X5X

5x5x

解像度: 2.14→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 6.033 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24426	1193	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20245	-	-	-
obs	0.20438	23209	96.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.028 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.14→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3237	0	8	257	3502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	3039
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.456	1.947	4523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.903	3	7054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.019	5	427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.081	25.079	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.215	15	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.643	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3757
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	731
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.64	2.934	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.637	2.93	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.711	4.383	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.711	4.385	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.729	3.034	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.728	3.035	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.879	4.471	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.151	23.477	3685
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.157	23.479	3685
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.143→2.199 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	63	-
R_work	0.276	1265	-
obs	-	-	72.37 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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