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- PDB-8xs1: Crystal structure of Fab fragment of anti-osteocalcin antibody KT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xs1
タイトルCrystal structure of Fab fragment of anti-osteocalcin antibody KTM219 complexed with C-terminal peptide antigen
要素
  • Heavy chain fragment (Fd) chain of anti-osteocalcin antibody KTM219
  • Light chain of anti-osteocalcin antibody KTM219
  • Osteocalcin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Immunoglobulin fold / Osteocalcin / Quenchbody (Q-body) / Open sandwich immunoassay
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of bone / hydroxyapatite binding / negative regulation of bone development / response to macrophage colony-stimulating factor / regulation of testosterone biosynthetic process / response to gravity / response to vitamin K / regulation of osteoclast differentiation / cellular response to zinc ion starvation / type B pancreatic cell proliferation ...structural constituent of bone / hydroxyapatite binding / negative regulation of bone development / response to macrophage colony-stimulating factor / regulation of testosterone biosynthetic process / response to gravity / response to vitamin K / regulation of osteoclast differentiation / cellular response to zinc ion starvation / type B pancreatic cell proliferation / cellular response to vitamin D / regulation of bone mineralization / response to vitamin D / regulation of bone resorption / osteoblast development / response to hydroxyisoflavone / positive regulation of neurotransmitter secretion / response to zinc ion / bone mineralization / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / response to testosterone / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / response to glucocorticoid / response to mechanical stimulus / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to activity / skeletal system development / stem cell differentiation / brain development / cellular response to growth factor stimulus / hormone activity / bone development / Golgi lumen / cognition / cellular response to insulin stimulus / response to estrogen / osteoblast differentiation / glucose homeostasis / vesicle / perikaryon / response to ethanol / learning or memory / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / response to xenobiotic stimulus / dendrite / calcium ion binding / structural molecule activity / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Osteocalcin/matrix Gla protein / Osteocalcin / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Komatsu, M. / Dong, J. / Ueda, H. / Arai, R.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H02522, JP17KK0104, JP16K05841, JP16H00761, JP24780097, JP15H04191, JP18H03851, JP24K01267 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)Cooperative Research Program of Network Joint Research Center for Materials and Devices 日本
引用
ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2025
タイトル: Crystal Structures of Antigen-Binding Fragment of Anti-Osteocalcin Antibody KTM219.
著者: Yazaki, S. / Komatsu, M. / Dong, J. / Ueda, H. / Arai, R.
#1: ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: Ultra Q-bodies: quench-based antibody probes that utilize dye-dye interactions with enhanced antigen-dependent fluorescence.
著者: Abe, R. / Jeong, H.J. / Arakawa, D. / Dong, J. / Ohashi, H. / Kaigome, R. / Saiki, F. / Yamane, K. / Takagi, H. / Ueda, H.
#2: ジャーナル: Sensors (Basel) / 年: 2021
タイトル: Recent Advances in Quenchbody, a Fluorescent Immunosensor.
著者: Dong, J. / Ueda, H.
#3: ジャーナル: Anal Chem / 年: 2007
タイトル: Noncompetitive detection of low molecular weight peptides by open sandwich immunoassay.
著者: Lim, S.L. / Ichinose, H. / Shinoda, T. / Ueda, H.
履歴
登録2024年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain fragment (Fd) chain of anti-osteocalcin antibody KTM219
L: Light chain of anti-osteocalcin antibody KTM219
A: Osteocalcin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3593
ポリマ－52,3593
非ポリマー00
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.880, 67.489, 138.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Heavy chain fragment (Fd) chain of anti-osteocalcin antibody KTM219


分子量: 26202.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA KTM-219 / プラスミド: pET-Fab(KTM219) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 Express lysY
#2: 抗体 Light chain of anti-osteocalcin antibody KTM219


分子量: 25259.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA KTM-219 / プラスミド: pET-Fab(KTM219) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 Express lysY
#3: タンパク質・ペプチド Osteocalcin / Bone Gla protein / BGP / Gamma-carboxyglutamic acid-containing protein


分子量: 896.048 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal peptide (43-49) antigen / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02818
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.26 % / 解説: Plate-like crystal
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.4
詳細: 0.07 M Citric acid, 0.03 M BIS-TRIS propane, 16% Polyethylene glycol 3,350, by using random Microseed Matrix Screening (rMMS) method

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月19日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 18912 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/av σ(I): 10.6 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.386.50.7692.618340.8360.9540.320.8351.00399.6
2.38-2.486.40.6832.8818590.8820.9680.2870.7431.01799.4
2.48-2.596.30.563.318860.9160.9780.2370.610.99899.4
2.59-2.736.30.444.0318610.9470.9860.1860.4790.99599.4
2.73-2.96.20.3714.4818600.940.9840.1590.4051.00399.2
2.9-3.126.10.2576.0218630.9670.9920.1110.281198.7
3.12-3.4460.1669.4318770.9770.9940.0720.1821.01898.5
3.44-3.935.80.1181218810.9850.9960.0530.131.0298.1
3.93-4.955.60.08316.719270.9920.9980.0380.0921.01499.1
4.95-505.80.07321.720640.9940.9980.0330.0811.02199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X5X

5x5x


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.847 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.429 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24781 984 5.2 %RANDOM
Rwork0.19897 ---
obs0.20143 17875 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.37 Å20 Å20 Å2
2--1.69 Å20 Å2
3---1.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3319 0 0 128 3447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.9494626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97937214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4895435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.26724.729129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.19315544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.208158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4863.8211749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4873.8221748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8955.722181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8945.7192182
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8734.081653
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8724.081653
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6565.9732445
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.40330.5193658
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.40130.5173658
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.357 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 65 -
Rwork0.284 1268 -
obs--96.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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