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万見
- PDB-8xr7: Dual receptor-binding, infectivity, and transmissibility of an em... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xr7
タイトルDual receptor-binding, infectivity, and transmissibility of an emerging H2N2 avian influenza virus
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / H2N2 / influenza virus / receptor / replication / transmission / mice / guinea pig / ferret / mutation / public health risk / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Sun, J. / Zheng, T.Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences151C53KYSB20210023 中国
Chinese Academy of SciencesYSBR-086 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Dual receptor-binding, infectivity, and transmissibility of an emerging H2N2 low pathogenicity avian influenza virus.
著者: Ju Sun / Tianyi Zheng / Mingjun Jia / Yanjun Wang / Jingru Yang / Yun Liu / Pengyun Yang / Yufeng Xie / Honglei Sun / Qi Tong / Jiaming Li / Jing Yang / Guanghua Fu / Yi Shi / Jianxun Qi / ...著者: Ju Sun / Tianyi Zheng / Mingjun Jia / Yanjun Wang / Jingru Yang / Yun Liu / Pengyun Yang / Yufeng Xie / Honglei Sun / Qi Tong / Jiaming Li / Jing Yang / Guanghua Fu / Yi Shi / Jianxun Qi / Wenjun Liu / Jinhua Liu / Wen-Xia Tian / George F Gao / Yuhai Bi /
要旨: The 1957 H2N2 influenza pandemic virus [A(H2N2)pdm1957] has disappeared from humans since 1968, while H2N2 avian influenza viruses (AIVs) are still circulating in birds. It is necessary to reveal the ...The 1957 H2N2 influenza pandemic virus [A(H2N2)pdm1957] has disappeared from humans since 1968, while H2N2 avian influenza viruses (AIVs) are still circulating in birds. It is necessary to reveal the recurrence risk and potential cross-species infection of these AIVs from avian to mammals. We find that H2 AIVs circulating in domestic poultry in China have genetic and antigenic differences compared to the A(H2N2)pdm1957. One H2N2 AIV has a dual receptor-binding property similar to that of the A(H2N2)pdm1957. Molecular and structural studies reveal that the N144S, and N144E or R137M substitutions in hemagglutinin (HA) enable H2N2 avian or human viruses to bind or preferentially bind human-type receptor. The H2N2 AIV rapidly adapts to mice (female) and acquires mammalian-adapted mutations that facilitated transmission in guinea pigs and ferrets (female). These findings on the receptor-binding, infectivity, transmission, and mammalian-adaptation characteristics of H2N2 AIVs provide a reference for early-warning and prevention for this subtype.
履歴
登録2024年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,40014
ポリマ－168,9673
非ポリマー2,43311
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 56322.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Korea/426/1968 H2N2) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Korea/426/1968 / 遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: B7NZ31
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The structure of influenza H2 human Korea hemagglutinin with avian receptor
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 473807 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00412079
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56416334
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.3631638
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431771
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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