[日本語] English
万見
- PDB-8xr6: Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem II -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xr6
タイトルCryo-EM structure of cryptophyte photosystem II
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 13
  • ACPII-1
  • ACPII-2
  • ACPII-3
  • ACPII-4
  • ACPII-5
  • ACPII-6
  • Psb-gama_linker
  • PsbC_CP43
  • PsbM
  • PsbO
  • PsbQ
  • PsbU
  • PsbW
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Cryptophyte / Photosystem II / evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II ...thylakoid membrane / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / phosphate ion binding / : / photosynthesis / chloroplast / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 ...Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8CT / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-IHT / Chem-II0 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE ...Chem-8CT / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-IHT / Chem-II0 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Photosystem II cytochrome c550 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Chroomonas placoidea (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Li, K. / Zhao, L.S. / Zhang, Y.Z. / Liu, L.N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of cryptophyte photosystem II-light-harvesting antennae supercomplex.
著者: Yu-Zhong Zhang / Kang Li / Bing-Yue Qin / Jian-Ping Guo / Quan-Bao Zhang / Dian-Li Zhao / Xiu-Lan Chen / Jun Gao / Lu-Ning Liu / Long-Sheng Zhao /
要旨: Cryptophytes are ancestral photosynthetic organisms evolved from red algae through secondary endosymbiosis. They have developed alloxanthin-chlorophyll a/c2-binding proteins (ACPs) as light- ...Cryptophytes are ancestral photosynthetic organisms evolved from red algae through secondary endosymbiosis. They have developed alloxanthin-chlorophyll a/c2-binding proteins (ACPs) as light-harvesting complexes (LHCs). The distinctive properties of cryptophytes contribute to efficient oxygenic photosynthesis and underscore the evolutionary relationships of red-lineage plastids. Here we present the cryo-electron microscopy structure of the Photosystem II (PSII)-ACPII supercomplex from the cryptophyte Chroomonas placoidea. The structure includes a PSII dimer and twelve ACPII monomers forming four linear trimers. These trimers structurally resemble red algae LHCs and cryptophyte ACPI trimers that associate with Photosystem I (PSI), suggesting their close evolutionary links. We also determine a Chl a-binding subunit, Psb-γ, essential for stabilizing PSII-ACPII association. Furthermore, computational calculation provides insights into the excitation energy transfer pathways. Our study lays a solid structural foundation for understanding the light-energy capture and transfer in cryptophyte PSII-ACPII, evolutionary variations in PSII-LHCII, and the origin of red-lineage LHCIIs.
履歴
登録2024年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
a: Photosystem II protein D1
A: Photosystem II protein D1
0: ACPII-4
1: ACPII-1
2: ACPII-2
3: ACPII-3
4: ACPII-4
5: ACPII-5
6: ACPII-6
7: ACPII-1
8: ACPII-2
9: ACPII-3
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: PsbC_CP43
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: PsbM
N: Psb-gama_linker
O: PsbO
Q: PsbQ
T: Photosystem II reaction center protein T
U: PsbU
V: Photosystem II cytochrome c550
W: PsbW
X: Photosystem II reaction center protein X
Y: Photosystem II reaction center protein Psb30
Z: Photosystem II reaction center protein Z
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: PsbC_CP43
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
g: ACPII-5
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: PsbM
n: Psb-gama_linker
o: PsbO
p: ACPII-6
q: PsbQ
t: Photosystem II reaction center protein T
u: PsbU
v: Photosystem II cytochrome c550
w: PsbW
x: Photosystem II reaction center protein X
y: Photosystem II reaction center protein Psb30
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,325,073436
ポリマ－1,030,67856
非ポリマー294,395380
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Photosystem II ... , 13種, 26分子 aABbDdHhIiJjKkLlTtVvXxYyZz

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 39590.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI41, photosystem II
#8: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56354.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIE3
#10: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39216.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI37, photosystem II
#13: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7519.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIE4
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4424.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI80
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 3964.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI54
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 5005.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIA0
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4363.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI58
#22: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3664.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AID2
#24: タンパク質 Photosystem II cytochrome c550


分子量: 17708.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI35
#26: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein X


分子量: 4149.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI61
#27: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3763.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI69
#28: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6573.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI96

-
タンパク質 , 12種, 24分子 041728395g6pCcNnOoQqUuWw

#2: タンパク質 ACPII-4


分子量: 23658.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#3: タンパク質 ACPII-1


分子量: 23755.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#4: タンパク質 ACPII-2


分子量: 22144.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#5: タンパク質 ACPII-3


分子量: 24136.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#6: タンパク質 ACPII-5


分子量: 23400.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#7: タンパク質 ACPII-6


分子量: 25022.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#9: タンパク質 PsbC_CP43


分子量: 52077.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#19: タンパク質 Psb-gama_linker


分子量: 31745.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#20: タンパク質 PsbO


分子量: 32104.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#21: タンパク質 PsbQ


分子量: 15748.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#23: タンパク質 PsbU


分子量: 13211.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#25: タンパク質 PsbW


分子量: 13751.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#11: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9505.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI74
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4845.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI51

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 10分子 Mm

#18: タンパク質・ペプチド PsbM


分子量: 3933.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#43: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 16種, 456分子

#29: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#30: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#31: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#32: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#33: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#35: 化合物...
ChemComp-8CT / (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene


分子量: 536.873 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#36: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#37: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#38: 化合物
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#39: 化合物...
ChemComp-II0 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Alloxanthin / アロキサンチン


分子量: 564.840 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2
#40: 化合物
ChemComp-IHT / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Allobetaxanthin / 7,8-ジデヒドロ-β-クリプトキサンチン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O
#41: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#42: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#44: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#45: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Photosystem II of cryptophyte / タイプ: COMPLEX
Entity ID: #3-#5, #2, #6-#7, #19, #1, #8-#18, #20-#25, #27-#28, #26
由来: NATURAL
分子量値: 1.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 168683 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る