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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xr6 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem II | ||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Cryptophyte / Photosystem II / evolution | ||||||
機能・相同性 | ![]() thylakoid membrane / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plastid / chlorophyll binding ...thylakoid membrane / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plastid / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å | ||||||
![]() | Li, K. / Zhao, L.S. / Zhang, Y.Z. / Liu, L.N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem II 著者: Li, K. / Zhao, L.S. / Zhang, Y.Z. / Liu, L.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 38596MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Photosystem II ... , 13種, 26分子 aABbDdHhIiJjKkLlTtVvXxYyZz
#1: タンパク質 | 分子量: 39590.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 56354.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 39216.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 7519.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4424.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3964.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #16: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5005.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4363.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #22: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3664.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #24: タンパク質 | 分子量: 17708.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #26: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4149.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #27: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3763.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #28: タンパク質 | 分子量: 6573.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-タンパク質 , 12種, 24分子 041728395g6pCcNnOoQqUuWw
#2: タンパク質 | 分子量: 23658.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 23755.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 22144.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 24136.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 23400.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 25022.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 52077.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #19: タンパク質 | 分子量: 31745.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #20: タンパク質 | 分子量: 32104.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #21: タンパク質 | 分子量: 15748.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #23: タンパク質 | 分子量: 13211.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #25: タンパク質 | 分子量: 13751.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#11: タンパク質 | 分子量: 9505.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4845.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 10分子 Mm![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
#18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3933.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #43: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 16種, 456分子 ![](data/chem/img/OEX.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/8CT.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/KC2.gif)
![](data/chem/img/II0.gif)
![](data/chem/img/IHT.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
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![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/8CT.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/KC2.gif)
![](data/chem/img/II0.gif)
![](data/chem/img/IHT.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#29: 化合物 | #30: 化合物 | #31: 化合物 | #32: 化合物 | #33: 化合物 | ChemComp-CLA / #34: 化合物 | ChemComp-PHO / #35: 化合物 | ChemComp-8CT / ( #36: 化合物 | ChemComp-PL9 / #37: 化合物 | ChemComp-LHG / #38: 化合物 | ChemComp-KC2 / #39: 化合物 | ChemComp-II0 / ( #40: 化合物 | ChemComp-IHT / ( #41: 化合物 | ChemComp-SQD / #42: 化合物 | ChemComp-LMG / #44: 化合物 | ChemComp-HEM / #45: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Photosystem II of cryptophyte / タイプ: COMPLEX Entity ID: #3-#5, #2, #6-#7, #19, #1, #8-#18, #20-#25, #27-#28, #26 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 168683 / 対称性のタイプ: POINT |