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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xpu | ||||||
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タイトル | Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with JPH203 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Transporter / SLC family / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / tyrosine transport / apical pole of neuron / L-histidine transport / amino acid transport complex / methionine transport / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity ...Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / tyrosine transport / apical pole of neuron / L-histidine transport / amino acid transport complex / methionine transport / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-leucine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / isoleucine transport / phenylalanine transport / valine transport / L-leucine transport / calcium:sodium antiporter activity / thyroid hormone transport / proline transport / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / anchoring junction / Basigin interactions / amino acid transport / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / basal plasma membrane / calcium ion transport / double-stranded RNA binding / melanosome / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / symbiont entry into host cell / protein heterodimerization activity / apical plasma membrane / lysosomal membrane / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hu, Z. / Yan, R. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: Structural basis for the inhibition mechanism of LAT1-4F2hc complex by JPH203. 著者: Ziwei Hu / Renhong Yan / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xpu.cif.gz | 200.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xpu.ent.gz | 153.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xpu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xpu_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8xpu_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8xpu_validation.xml.gz | 38.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xpu_validation.cif.gz | 55.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 38561MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70160.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A2, MDU1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08195 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 57186.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC7A5, CD98LC, LAT1, MPE16 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01650 | ||||
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 化合物 | ChemComp-VRW / ( | 分子量: 472.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H19Cl2N3O4 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: LAT1-4F2hc complex with JPH203 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm / Calibrated defocus min: 1400 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 1800 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.5625 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2609 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 362237 / 対称性のタイプ: POINT |