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- PDB-8xpu: Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with JPH203 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xpu
タイトルOverall structure of the LAT1-4F2hc bound with JPH203
要素
  • Isoform 5 of Amino acid transporter heavy chain SLC3A2
  • Large neutral amino acids transporter small subunit 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transporter / SLC family / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / L-tryptophan transmembrane transporter activity / cellular response to L-arginine / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity ...L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / L-tryptophan transmembrane transporter activity / cellular response to L-arginine / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / methionine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transport / thyroid hormone transmembrane transporter activity / isoleucine transport / valine transport / alanine transport / proline transport / L-amino acid transmembrane transporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / neutral amino acid transport / positive regulation of cytokine production involved in immune response / amino acid import across plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / external side of apical plasma membrane / Tryptophan catabolism / Amino acid transport across the plasma membrane / amino acid transmembrane transporter activity / exogenous protein binding / anchoring junction / antiporter activity / Basigin interactions / xenobiotic transport / microvillus membrane / response to muscle activity / positive regulation of interleukin-4 production / response to exogenous dsRNA / amino acid transport / positive regulation of interleukin-17 production / tryptophan transport / positive regulation of glial cell proliferation / response to hyperoxia / transport across blood-brain barrier / cellular response to glucose starvation / liver regeneration / negative regulation of autophagy / basal plasma membrane / peptide antigen binding / positive regulation of type II interferon production / calcium ion transport / melanosome / double-stranded RNA binding / cellular response to lipopolysaccharide / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / apical plasma membrane / cadherin binding / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / symbiont entry into host cell / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain ...L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Amino acid transporter heavy chain SLC3A2 / Large neutral amino acids transporter small subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hu, Z. / Yan, R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371267 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the inhibition mechanism of LAT1-4F2hc complex by JPH203.
著者: Ziwei Hu / Renhong Yan /
履歴
登録2024年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_imaging
Item: _em_admin.last_update / _em_imaging.calibrated_defocus_max ..._em_admin.last_update / _em_imaging.calibrated_defocus_max / _em_imaging.calibrated_defocus_min / _em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min
改定 1.22024年7月31日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / em_admin / em_author_list
Item: _audit_author.name / _em_admin.last_update / _em_author_list.author
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_bond ...chem_comp / chem_comp_bond / em_admin / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.52025年7月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 5 of Amino acid transporter heavy chain SLC3A2
B: Large neutral amino acids transporter small subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,5187
ポリマ－127,3482
非ポリマー2,1705
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Isoform 5 of Amino acid transporter heavy chain SLC3A2 / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / 4F2hc / 4F2 heavy chain antigen / Lymphocyte activation ...4F2 cell-surface antigen heavy chain / 4F2hc / 4F2 heavy chain antigen / Lymphocyte activation antigen 4F2 large subunit / Solute carrier family 3 member 2


分子量: 70160.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A2, MDU1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08195
#2: タンパク質 Large neutral amino acids transporter small subunit 1 / 4F2 light chain / 4F2 LC / 4F2LC / CD98 light chain / Integral membrane protein E16 / E16 / L-type ...4F2 light chain / 4F2 LC / 4F2LC / CD98 light chain / Integral membrane protein E16 / E16 / L-type amino acid transporter 1 / hLAT1 / Solute carrier family 7 member 5 / y+ system cationic amino acid transporter


分子量: 57186.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC7A5, CD98LC, LAT1, MPE16 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01650
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-VRW / Nanvuranlat / (2~{S})-2-azanyl-3-[4-[(5-azanyl-2-phenyl-1,3-benzoxazol-7-yl)methoxy]-3,5-bis(chloranyl)phenyl]propanoic acid


分子量: 472.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H19Cl2N3O4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LAT1-4F2hc complex with JPH203 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Calibrated defocus min: 1400 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1800 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.5625 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2609
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 362237 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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