PDB-8xo4: Crystal structure of measles virus fusion inhibitor M1EK complexe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xo4

タイトル

Crystal structure of measles virus fusion inhibitor M1EK complexed with F protein HR1 (HR1-42) (P21 space group)

要素

Fusion glycoprotein F1
Measles virus fusion inhibitor M1EK

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / Fusion protein / fusion inhibitor / six-helix bundle

機能・相同性

Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / Fusion glycoprotein F0

機能・相同性情報

生物種

Measles virus strain Edmonston (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.362 Å

データ登録者

Oishi, S. / Takahara, A. / Nakatsu, T.

資金援助

日本, 6件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP16H05346	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP18H02555	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19H03701	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP21K19366	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20ak0101140	日本
Other private		日本

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Elucidation of Postfusion Structures of the Measles Virus F Protein for the Structure-Based Design of Fusion Inhibitors.
著者: Takahara, A. / Nakatsu, T. / Hirata, K. / Hayashi, H. / Kawaji, K. / Aoki, K. / Inuki, S. / Ohno, H. / Kato, H. / Kodama, E. / Oishi, S.

履歴

登録	2023年12月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xo4.cif.gz	201.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xo4.ent.gz	160.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xo4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/8xo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/8xo4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xneC 8xo2C 8xo3C 8xo5C 8xo6C 8xo7C 8xo8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fusion glycoprotein F1

B: Measles virus fusion inhibitor M1EK

C: Fusion glycoprotein F1

D: Measles virus fusion inhibitor M1EK

E: Fusion glycoprotein F1

F: Measles virus fusion inhibitor M1EK

G: Fusion glycoprotein F1

H: Measles virus fusion inhibitor M1EK

I: Fusion glycoprotein F1

J: Measles virus fusion inhibitor M1EK

K: Fusion glycoprotein F1

L: Measles virus fusion inhibitor M1EK

M: Fusion glycoprotein F1

N: Measles virus fusion inhibitor M1EK

O: Fusion glycoprotein F1

P: Measles virus fusion inhibitor M1EK

Q: Fusion glycoprotein F1

R: Measles virus fusion inhibitor M1EK

S: Fusion glycoprotein F1

T: Measles virus fusion inhibitor M1EK

U: Fusion glycoprotein F1

V: Measles virus fusion inhibitor M1EK

W: Fusion glycoprotein F1

X: Measles virus fusion inhibitor M1EK

107 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fusion glycoprotein F1

B: Measles virus fusion inhibitor M1EK

C: Fusion glycoprotein F1

D: Measles virus fusion inhibitor M1EK

E: Fusion glycoprotein F1

F: Measles virus fusion inhibitor M1EK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
26.7 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Fusion glycoprotein F1

H: Measles virus fusion inhibitor M1EK

I: Fusion glycoprotein F1

J: Measles virus fusion inhibitor M1EK

K: Fusion glycoprotein F1

L: Measles virus fusion inhibitor M1EK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 6 ポリマー
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3

M: Fusion glycoprotein F1

N: Measles virus fusion inhibitor M1EK

O: Fusion glycoprotein F1

P: Measles virus fusion inhibitor M1EK

Q: Fusion glycoprotein F1

R: Measles virus fusion inhibitor M1EK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 6 ポリマー
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4

S: Fusion glycoprotein F1

T: Measles virus fusion inhibitor M1EK

U: Fusion glycoprotein F1

V: Measles virus fusion inhibitor M1EK

W: Fusion glycoprotein F1

X: Measles virus fusion inhibitor M1EK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.843, 35.580, 237.649
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.982, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	Fusion glycoprotein F1 分子量: 4628.080 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Measles virus strain Edmonston (ウイルス) 参照: UniProt: P69353
#2: タンパク質・ペプチド	Measles virus fusion inhibitor M1EK 分子量: 4275.055 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Measles virus strain Edmonston (ウイルス)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 200 mM MgCl2, 24% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS (pH 5.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.362→50 Å / Num. obs: 39067 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.59 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 18.68
反射シェル	解像度: 2.362→2.5 Å / 冗長度: 6.46 % / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. unique obs: 6076 / CC_1/2: 0.965 / R_rim(I) all: 0.528 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.362→49.105 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 13.394 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.58 / ESU R Free: 0.33 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3006	1953	5.001 %
R_work	0.2153	37101	-
all	0.22	-	-
obs	-	39054	99.518 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.125 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.605 Å²	0 Å²	-0.173 Å²
2-	-	4.568 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.071 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.362→49.105 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7500	0	0	111	7611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	7629
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.535	1.644	10156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.253	1.586	17734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.175	5	939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.991	26.273	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.315	15	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.134	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	6765
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.145	0.2	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.1	0.2	3886
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.244	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.492	6.563	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.48	6.561	3782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.691	9.827	4704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.686	9.827	4704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.412	7.358	3845
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.411	7.358	3846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.759	10.687	5432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.758	10.687	5433
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.824	78.589	8551
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.824	78.59	8547

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.362-2.423	0.427	135	0.394	2557	0.396	2805	0.589	0.617	95.9715	0.368
2.423-2.489	0.393	136	0.335	2595	0.338	2736	0.737	0.763	99.8173	0.304
2.489-2.561	0.355	140	0.285	2648	0.289	2794	0.809	0.83	99.7853	0.247
2.561-2.64	0.381	130	0.282	2467	0.287	2609	0.807	0.842	99.5401	0.249
2.64-2.726	0.374	129	0.283	2447	0.288	2576	0.834	0.854	100	0.249
2.726-2.822	0.379	122	0.27	2323	0.276	2445	0.811	0.863	100	0.235
2.822-2.928	0.368	121	0.237	2310	0.244	2435	0.819	0.87	99.8357	0.212
2.928-3.047	0.327	113	0.23	2141	0.235	2255	0.849	0.889	99.9557	0.21
3.047-3.182	0.372	112	0.248	2135	0.254	2249	0.829	0.88	99.9111	0.228
3.182-3.336	0.37	107	0.248	2015	0.253	2124	0.855	0.905	99.9058	0.232
3.336-3.516	0.33	101	0.245	1938	0.249	2039	0.884	0.924	100	0.237
3.516-3.728	0.311	95	0.231	1801	0.236	1904	0.882	0.917	99.5798	0.229
3.728-3.984	0.277	91	0.204	1734	0.207	1826	0.891	0.924	99.9452	0.203
3.984-4.301	0.28	85	0.172	1605	0.177	1697	0.901	0.945	99.5875	0.186
4.301-4.708	0.201	77	0.16	1471	0.163	1550	0.946	0.951	99.871	0.181
4.708-5.257	0.267	70	0.167	1337	0.172	1420	0.936	0.953	99.0845	0.194
5.257-6.059	0.318	65	0.239	1226	0.243	1292	0.871	0.904	99.9226	0.258
6.059-7.393	0.327	54	0.209	1022	0.215	1076	0.919	0.937	100	0.237
7.393-10.338	0.206	42	0.134	816	0.137	859	0.968	0.98	99.8836	0.211
10.338-49.105	0.238	28	0.2	513	0.202	543	0.951	0.965	99.6317	0.3

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