PDB-8xo3: Crystal structure of measles virus fusion inhibitor M1 complexed ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xo3

タイトル

Crystal structure of measles virus fusion inhibitor M1 complexed with F protein HR1 (HR1-47) (P321 space group)

要素

(Fusion glycoprotein F1) x 2

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / Fusion protein / fusion inhibitor / six-helix bundle

機能・相同性

Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / Fusion glycoprotein F0

機能・相同性情報

生物種

Measles virus strain Edmonston (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.104 Å

データ登録者

Oishi, S. / Takahara, A. / Nakatsu, T.

資金援助

日本, 6件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP16H05346	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP18H02555	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19H03701	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP21K19366	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20ak0101140	日本
Other private		日本

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Elucidation of Postfusion Structures of the Measles Virus F Protein for the Structure-Based Design of Fusion Inhibitors.
著者: Takahara, A. / Nakatsu, T. / Hirata, K. / Hayashi, H. / Kawaji, K. / Aoki, K. / Inuki, S. / Ohno, H. / Kato, H. / Kodama, E. / Oishi, S.

履歴

登録	2023年12月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xo3.cif.gz	35.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xo3.ent.gz	21.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xo3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/8xo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/8xo3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xneC 8xo2C 8xo4C 8xo5C 8xo6C 8xo7C 8xo8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fusion glycoprotein F1

B: Fusion glycoprotein F1

ヘテロ分子

9.11 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fusion glycoprotein F1

B: Fusion glycoprotein F1

ヘテロ分子

A: Fusion glycoprotein F1

B: Fusion glycoprotein F1

ヘテロ分子

A: Fusion glycoprotein F1

B: Fusion glycoprotein F1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
27.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.899, 32.899, 124.596
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-203- HOH
2	1	A-208- HOH
3	1	A-242- HOH
4	1	B-644- HOH
5	1	B-657- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Fusion glycoprotein F1 分子量: 5225.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Measles virus strain Edmonston (ウイルス) 参照: UniProt: P69353
#2: タンパク質・ペプチド	Fusion glycoprotein F1 分子量: 3840.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Measles virus strain Edmonston (ウイルス) 参照: UniProt: P69353
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM Ca Acetate, 15% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS (pH 6.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.104→50 Å / Num. obs: 32332 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.66 % / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 13.02
反射シェル	解像度: 1.104→1.17 Å / 冗長度: 5.25 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4867 / CC_1/2: 0.969 / R_rim(I) all: 0.619 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.104→41.532 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 0.778 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.043 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2353	1615	5 %
R_work	0.2127	30686	-
all	0.214	-	-
obs	-	32301	98.983 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.384 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.754 Å²	0.377 Å²	0 Å²
2-	-	0.754 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.445 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.104→41.532 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	636	0	1	110	747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	697
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.773	1.629	952
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.633	1.572	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.756	5	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.238	24.07	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.426	15	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.491	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	817
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	119
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.158	0.2	561
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.231	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.131	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.874	2.21	355
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.853	2.204	353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.448	3.301	447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.432	3.299	447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.828	2.623	340
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.798	2.622	340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.409	3.833	496
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.415	3.837	497
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.8	28.95	851
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.391	27.894	816

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.104-1.133	0.406	108	0.431	2053	0.429	2397	0.527	0.523	90.1544	0.397
1.133-1.164	0.304	111	0.337	2091	0.335	2268	0.536	0.5	97.0899	0.3
1.164-1.197	0.364	110	0.314	2106	0.316	2224	0.643	0.675	99.6403	0.285
1.197-1.234	0.32	109	0.281	2067	0.283	2183	0.81	0.816	99.6793	0.255
1.234-1.275	0.316	106	0.255	2008	0.258	2117	0.872	0.875	99.8583	0.232
1.275-1.319	0.266	104	0.259	1969	0.259	2073	0.913	0.904	100	0.232
1.319-1.369	0.23	98	0.233	1873	0.233	1971	0.924	0.93	100	0.21
1.369-1.425	0.249	96	0.237	1815	0.237	1911	0.926	0.927	100	0.214
1.425-1.488	0.216	91	0.228	1731	0.227	1823	0.942	0.942	99.9451	0.212
1.488-1.561	0.209	88	0.213	1676	0.213	1771	0.941	0.943	99.6047	0.202
1.561-1.645	0.252	84	0.209	1602	0.211	1686	0.917	0.937	100	0.212
1.645-1.745	0.236	80	0.211	1521	0.212	1601	0.94	0.946	100	0.218
1.745-1.865	0.245	74	0.214	1409	0.215	1483	0.936	0.939	100	0.234
1.865-2.014	0.294	72	0.215	1354	0.219	1426	0.911	0.937	100	0.244
2.014-2.206	0.22	66	0.195	1258	0.197	1324	0.95	0.958	100	0.239
2.206-2.465	0.226	58	0.198	1112	0.199	1170	0.95	0.954	100	0.248
2.465-2.845	0.192	54	0.191	1018	0.191	1072	0.96	0.957	100	0.256
2.845-3.48	0.216	46	0.202	876	0.202	923	0.96	0.959	99.8917	0.274
3.48-4.904	0.213	37	0.169	705	0.171	742	0.957	0.972	100	0.245
4.904-41.532	0.255	24	0.259	442	0.259	467	0.924	0.944	99.7859	0.482

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