PDB-8xo2: Crystal structure of measles virus fusion inhibitor M1 complexed ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xo2

タイトル

Crystal structure of measles virus fusion inhibitor M1 complexed with F protein HR1 (HR1-42) (P21212 space group)

要素

(Fusion glycoprotein F1) x 2

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / Fusion protein / fusion inhibitor / six-helix bundle

機能・相同性

Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / Fusion glycoprotein F0

機能・相同性情報

生物種

Measles virus strain Edmonston (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.306 Å

データ登録者

Oishi, S. / Takahara, A. / Nakatsu, T.

資金援助

日本, 6件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP16H05346	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP18H02555	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19H03701	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP21K19366	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20ak0101140	日本
Other private		日本

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Elucidation of Postfusion Structures of the Measles Virus F Protein for the Structure-Based Design of Fusion Inhibitors.
著者: Takahara, A. / Nakatsu, T. / Hirata, K. / Hayashi, H. / Kawaji, K. / Aoki, K. / Inuki, S. / Ohno, H. / Kato, H. / Kodama, E. / Oishi, S.

履歴

登録	2023年12月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xo2.cif.gz	71.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xo2.ent.gz	50.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xo2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/8xo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/8xo2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xneC 8xo3C 8xo4C 8xo5C 8xo6C 8xo7C 8xo8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fusion glycoprotein F1

B: Fusion glycoprotein F1

C: Fusion glycoprotein F1

D: Fusion glycoprotein F1

E: Fusion glycoprotein F1

F: Fusion glycoprotein F1

ヘテロ分子

25.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.038, 54.780, 64.623
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-245- HOH
2	1	B-647- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Fusion glycoprotein F1 分子量: 4628.080 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Measles virus strain Edmonston (ウイルス) 参照: UniProt: P69353
#2: タンパク質・ペプチド	Fusion glycoprotein F1 分子量: 3840.322 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Measles virus strain Edmonston (ウイルス) 参照: UniProt: P69353
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 200 mM MgCl2, 27% (w/v) PEG 3350, 100 mM Tris (pH 8.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.306→50 Å / Num. obs: 47235 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.43 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 17.71
反射シェル	解像度: 1.306→1.38 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.88 / Num. unique obs: 7496 / CC_1/2: 0.94 / R_rim(I) all: 0.431 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.306→41.803 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 0.968 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2046	2361	5 %
R_work	0.1794	44860	-
all	0.181	-	-
obs	-	47221	99.928 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.286 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.203 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.632 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.835 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.306→41.803 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1742	0	4	342	2088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.756	1.632	2613
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.625	1.577	4145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.703	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.548	24.762	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.011	15	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.514	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	325
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.16	0.2	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	860
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.036	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.267	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.494	1.662	976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.494	1.657	974
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.261	2.476	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.261	2.476	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.853	2.036	936
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.852	2.036	936
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.178	2.938	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.177	2.94	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.459	22.945	2399
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.187	21.711	2292

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.306-1.34	0.285	172	0.306	3269	0.305	3443	0.915	0.904	99.9419	0.27
1.34-1.377	0.271	168	0.258	3190	0.259	3359	0.915	0.91	99.9702	0.225
1.377-1.416	0.237	162	0.243	3081	0.243	3243	0.917	0.916	100	0.211
1.416-1.46	0.231	160	0.227	3036	0.227	3196	0.93	0.926	100	0.199
1.46-1.508	0.238	153	0.207	2917	0.209	3074	0.924	0.935	99.8699	0.189
1.508-1.561	0.25	149	0.2	2819	0.202	2968	0.921	0.937	100	0.181
1.561-1.619	0.25	145	0.192	2754	0.195	2899	0.923	0.94	100	0.177
1.619-1.685	0.231	138	0.199	2630	0.2	2768	0.928	0.94	100	0.185
1.685-1.76	0.219	134	0.19	2542	0.192	2676	0.939	0.947	100	0.179
1.76-1.846	0.224	128	0.182	2430	0.184	2560	0.944	0.953	99.9219	0.175
1.846-1.946	0.204	121	0.175	2304	0.177	2426	0.946	0.955	99.9588	0.173
1.946-2.063	0.213	116	0.188	2203	0.19	2319	0.947	0.946	100	0.19
2.063-2.206	0.214	108	0.162	2060	0.165	2170	0.948	0.96	99.9078	0.173
2.206-2.382	0.187	103	0.158	1939	0.159	2043	0.96	0.966	99.951	0.175
2.382-2.608	0.175	94	0.16	1789	0.16	1885	0.962	0.966	99.8939	0.183
2.608-2.915	0.182	85	0.162	1618	0.163	1707	0.961	0.963	99.7657	0.189
2.915-3.363	0.19	76	0.157	1458	0.159	1537	0.954	0.967	99.8048	0.192
3.363-4.112	0.155	65	0.14	1234	0.141	1301	0.975	0.978	99.8463	0.184
4.112-5.787	0.179	52	0.171	983	0.171	1038	0.975	0.971	99.711	0.241
5.787-41.803	0.265	32	0.239	596	0.24	632	0.951	0.966	99.3671	0.372

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