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- PDB-8xm2: The mutant crystal structure of phytase APPAmut9 from Yersinia in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xm2
タイトルThe mutant crystal structure of phytase APPAmut9 from Yersinia intermedia
要素Phytase
キーワードHYDROLASE / The mutant crystal structure of phytase APPAmut9 from Yersinia intermedia
機能・相同性
機能・相同性情報


4-phytase / inositol hexakisphosphate 4-phosphatase activity / sugar-phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / Histidine acid phosphatases phosphohistidine signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Histidine phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yersinia intermedia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Tu, T. / Dong, R.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32222082 中国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Achieving thermostability of a phytase with resistance up to 100 °C.
著者: Tu, T. / Wang, Q. / Dong, R. / Liu, X. / Penttinen, L. / Hakulinen, N. / Tian, J. / Zhang, W. / Wang, Y. / Luo, H. / Yao, B. / Huang, H.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Enhancing the thermostability of phytase up to its boiling point through a structured-based computational approach
著者: Tu, T. / Wang, Q.
履歴
登録2023年12月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phytase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7001
ポリマ－45,7001
非ポリマー00
水10,791599
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.500, 70.450, 103.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Phytase


分子量: 45700.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia intermedia (バクテリア)
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q000T0, 4-phytase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5% pentanediol, 10% PEG 10000, 0.1M HEPES buffer pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→47.53 Å / Num. obs: 38446 / % possible obs: 98.88 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 19.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.49
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.82 / Num. unique obs: 3452 / CC1/2: 0.955

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→47.53 Å / SU ML: 0.1982 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.2993 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2125 1937 5.04 %
Rwork0.1616 36505 -
obs0.1641 38442 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3155 0 0 599 3754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00573290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83984490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0593500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.47032732
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.810.32961030.22612316X-RAY DIFFRACTION89
1.81-1.860.26691150.2042520X-RAY DIFFRACTION96.52
1.86-1.920.27981340.19492586X-RAY DIFFRACTION99.09
1.92-1.980.21841370.18622597X-RAY DIFFRACTION99.89
1.98-2.050.24251590.18032578X-RAY DIFFRACTION99.93
2.05-2.130.20961330.18172620X-RAY DIFFRACTION99.93
2.13-2.230.26121440.17512614X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.350.21571630.16772583X-RAY DIFFRACTION99.96
2.35-2.490.23441410.16522603X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.690.20841510.16652642X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.960.21531490.16712638X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.390.20391390.15552672X-RAY DIFFRACTION100
3.39-4.270.1711300.13722704X-RAY DIFFRACTION100
4.27-47.530.18541390.14012832X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.2987966704 Å / Origin y: -2.48928008283 Å / Origin z: -14.5791506101 Å
111213212223313233
T0.0397398219102 Å20.00206118789953 Å2-0.00373254792891 Å2-0.0397585364341 Å20.014104243043 Å2--0.0523857122864 Å2
L0.067745711586 °2-0.0293520131575 °2-0.0772365597936 °2-0.131740926996 °20.0187807755577 °2--0.321028332001 °2
S0.0262062394283 Å °-0.00558285892577 Å °0.01721741508 Å °-0.0335150816545 Å °0.0428355506038 Å °0.0394436490404 Å °0.00081986874798 Å °0.0011785903439 Å °0.253158351486 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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