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万見
- PDB-8xkk: Ckappa domain of mouse immunoglobulin -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xkk
タイトルCkappa domain of mouse immunoglobulin
要素Immunoglobulin kappa constant
キーワードIMMUNE SYSTEM / STRUCTURE FROM CYANA 3.98.15
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell differentiation / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Yanaka, S. / Kodama, A. / Miyanoiri, Y. / Kato, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP22H02755 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21ae0121020h0001 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21ae0121013h0301 日本
引用ジャーナル: Int.Immunol. / 年: 2024
タイトル: Identification of potential C1-binding sites in the immunoglobulin CL domains.
著者: Yanaka, S. / Kodama, A. / Nishiguchi, S. / Fujita, R. / Shen, J. / Boonsri, P. / Sung, D. / Isono, Y. / Yagi, H. / Miyanoiri, Y. / Uchihashi, T. / Kato, K.
履歴
登録2023年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin kappa constant


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5691
ポリマ－12,5691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin kappa constant / Ig kappa chain C region MOPC 21


分子量: 12568.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igkc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01837
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D C(CO)NH
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HCACO
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D HN(CO)CA
181isotropic13D HNCA
191isotropic13D HBHA(CO)NH
1101isotropic13D CCH-TOCSY
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic13D 1H-13C NOESY
1131isotropic13D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.6 mM [U-13C; U-15N] Ckappa domain of mouse immunoglobulin, 5 mM NaPi, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O13C, 15N95% H2O/5% D2O
solution31.6 mM [U-13C; U-15N] Ckappa domain of mouse immunoglobulin, 95% H2O/5% D2O13C, 15N95% H2O/5% D2O
solution21.6 mM [U-13C; U-15N] Ckappa domain of mouse immunoglobulin, 95% H2O/5% D2O13C, 15N95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.6 mMCkappa domain of mouse immunoglobulin[U-13C; U-15N]1
5 mMNaPinone1
50 mMsodium chloridenone1
1.6 mMCkappa domain of mouse immunoglobulin[U-13C; U-15N]3
1.6 mMCkappa domain of mouse immunoglobulin[U-13C; U-15N]2
試料状態イオン強度: Not defined Not defined / Label: condition_1 / pH: 6 / 圧: 1 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARTINAKlukowski, P., Riek, R. and Guntert, P.精密化
ARTINAKlukowski, P., Riek, R. and Guntert, P.structure calculation
ARTINAKlukowski, P., Riek, R. and Guntert, P.chemical shift assignment
ARTINAKlukowski, P., Riek, R. and Guntert, P.peak picking
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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