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万見
- PDB-8xlb: Clamda3 domain of human immunoglobulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xlb
タイトルClamda3 domain of human immunoglobulin
要素Immunoglobulin lambda constant 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / STRUCTURE FROM CYANA 3.98.15
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin lambda constant 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Yanaka, S. / Kodama, A. / Miyanoiri, Y. / Kato, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP22H02755 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21ae0121020h0001 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21ae0121013h0301 日本
引用ジャーナル: Int.Immunol. / 年: 2024
タイトル: Identification of potential C1-binding sites in the immunoglobulin CL domains.
著者: Yanaka, S. / Kodama, A. / Nishiguchi, S. / Fujita, R. / Shen, J. / Boonsri, P. / Sung, D. / Isono, Y. / Yagi, H. / Miyanoiri, Y. / Uchihashi, T. / Kato, K.
履歴
登録2023年12月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin lambda constant 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9811
ポリマ－11,9811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin lambda constant 3 / Ig lambda chain C region DOT / Ig lambda chain C region NEWM / Ig lambda-3 chain C regions


分子量: 11981.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DOY3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HCACO
161isotropic13D HNCA
171isotropic13D HN(CO)CA
181isotropic13D C(CO)NH
191isotropic13D CCH-TOCSY
1101isotropic23D 1H-13C NOESY
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic13D 1H-15N TOCSY
1131isotropic13D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Clamda3 domain of human immunoglobulin, 5 mM NaPi, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O
Label: 13C, 15N / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.6 mMClamda3 domain of human immunoglobulin[U-100% 13C; U-100% 15N]1
5 mMNaPinone1
50 mMsodium chloridenone1
試料状態イオン強度: Not defined Not defined / Label: condition_1 / pH: 6 / 圧: 1 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARTINAKlukowski, P., Riek, R. and Guntert, P.精密化
ARTINAKlukowski, P., Riek, R. and Guntert, P.structure calculation
ARTINAKlukowski, P., Riek, R. and Guntert, P.chemical shift assignment
ARTINAKlukowski, P., Riek, R. and Guntert, P.peak picking
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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