PDB-8xkg: Crystal structure of Acinetobacter baumannii IspD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xkg

タイトル

Crystal structure of Acinetobacter baumannii IspD

要素

2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / IspD /

Acinetobacter baumannii /

2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase /

2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Chen, X. / Wu, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int J Antimicrob Agents / 年: 2024
タイトル: Two natural compounds as potential inhibitors against the Helicobacter pylori and Acinetobacter baumannii IspD enzymes.
著者: Chen, X. / Zhao, H. / Wang, C. / Hamed, M. / Shang, Q. / Yang, Y. / Diao, X. / Sun, X. / Hu, W. / Jiang, X. / Zhang, Y. / Hirsch, A.K.H. / Wu, D. / Zhuang, J.

履歴

登録	2023年12月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xkg.cif.gz	113.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xkg.ent.gz	85.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xkg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/8xkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/8xkg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xhuC 8xkfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.515, 82.065, 83.806
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase / MEP cytidylyltransferase / MCT 分子量: 26447.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) 遺伝子: ispD, HMPREF0010_00438 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: D0C6Q8, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES (pH 6.0), 14% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97853 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 65831 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 0.974 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 829532

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	9.3	1.448	3253	0.621	0.875	0.495	1.532	0.9	100
1.63-1.66	11	1.306	3235	0.737	0.921	0.406	1.369	0.906	100
1.66-1.69	12.6	1.234	3238	0.782	0.937	0.357	1.286	0.915	100
1.69-1.72	12.5	1.021	3262	0.843	0.956	0.298	1.064	0.923	100
1.72-1.76	13.2	0.873	3226	0.894	0.972	0.247	0.908	0.943	100
1.76-1.8	13.4	0.681	3269	0.929	0.982	0.191	0.707	0.951	100
1.8-1.85	13.2	0.561	3258	0.954	0.988	0.159	0.583	0.96	100
1.85-1.9	12.9	0.431	3263	0.969	0.992	0.124	0.449	0.977	100
1.9-1.95	12.6	0.336	3266	0.979	0.995	0.098	0.35	0.987	100
1.95-2.02	13	0.264	3276	0.987	0.997	0.075	0.275	0.983	100
2.02-2.09	13	0.205	3253	0.991	0.998	0.059	0.214	0.991	100
2.09-2.17	13.3	0.166	3297	0.993	0.998	0.047	0.172	0.967	100
2.17-2.27	13.1	0.133	3266	0.995	0.999	0.038	0.139	0.953	100
2.27-2.39	12.4	0.111	3295	0.996	0.999	0.033	0.116	0.934	100
2.39-2.54	12.9	0.096	3295	0.997	0.999	0.028	0.1	0.903	100
2.54-2.74	13.3	0.086	3303	0.997	0.999	0.024	0.089	0.922	100
2.74-3.01	13.2	0.074	3313	0.997	0.999	0.021	0.077	0.891	100
3.01-3.45	12.6	0.066	3352	0.998	0.999	0.019	0.069	0.896	100
3.45-4.34	12.8	0.065	3374	0.997	0.999	0.019	0.068	0.948	100
4.34-50	11.7	0.09	3537	0.996	0.999	0.027	0.094	1.622	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
xia2		データスケーリング
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→41.9 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 45.18 / 位相誤差: 22.07 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2284	3275	5.06 %
R_work	0.21	-	-
obs	0.2116	64741	98.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3533	0	24	522	4079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	3608
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.498	4893
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.855	480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.171	587
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	621

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.63	0.2773	134	0.2825	2274	X-RAY DIFFRACTION	70
1.63-1.66	0.2635	173	0.2706	2912	X-RAY DIFFRACTION	90
1.66-1.69	0.3139	145	0.2599	3061	X-RAY DIFFRACTION	95
1.69-1.72	0.227	163	0.2524	3099	X-RAY DIFFRACTION	95
1.72-1.76	0.2752	158	0.249	3063	X-RAY DIFFRACTION	95
1.76-1.8	0.2411	144	0.2382	3124	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8-1.85	0.2448	168	0.2325	3090	X-RAY DIFFRACTION	95
1.85-1.9	0.2542	157	0.2304	3101	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9-1.95	0.2434	159	0.2319	3111	X-RAY DIFFRACTION	95
1.95-2.01	0.2565	151	0.2256	3122	X-RAY DIFFRACTION	95
2.01-2.09	0.2409	174	0.2262	3086	X-RAY DIFFRACTION	95
2.09-2.17	0.2306	151	0.2228	3138	X-RAY DIFFRACTION	95
2.17-2.27	0.2145	138	0.2131	3130	X-RAY DIFFRACTION	96
2.27-2.39	0.2219	165	0.213	3120	X-RAY DIFFRACTION	95
2.39-2.54	0.2542	159	0.2171	3137	X-RAY DIFFRACTION	95
2.54-2.73	0.2425	171	0.2141	3127	X-RAY DIFFRACTION	95
2.73-3.01	0.2163	163	0.2079	3159	X-RAY DIFFRACTION	95
3.01-3.44	0.1924	161	0.1868	3184	X-RAY DIFFRACTION	95
3.45-4.34	0.1933	174	0.1624	3193	X-RAY DIFFRACTION	95
4.34-41.9	0.2276	209	0.1955	3293	X-RAY DIFFRACTION	94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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