PDB-8xkf: Crystal structure of Helicobacter pylori IspDF with substrate CTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xkf

タイトル

Crystal structure of Helicobacter pylori IspDF with substrate CTP

要素

Bifunctional enzyme IspD/IspF

キーワード

TRANSFERASE / IspD / IspF / Helicobacter pylori / CTP

機能・相同性

機能・相同性情報

2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chen, X. / Wu, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int J Antimicrob Agents / 年: 2024
タイトル: Two natural compounds as potential inhibitors against the Helicobacter pylori and Acinetobacter baumannii IspD enzymes.
著者: Chen, X. / Zhao, H. / Wang, C. / Hamed, M. / Shang, Q. / Yang, Y. / Diao, X. / Sun, X. / Hu, W. / Jiang, X. / Zhang, Y. / Hirsch, A.K.H. / Wu, D. / Zhuang, J.

履歴

登録	2023年12月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xkf.cif.gz	460.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xkf.ent.gz	374.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xkf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/8xkf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/8xkf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xhuC 8xkgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional enzyme IspD/IspF

B: Bifunctional enzyme IspD/IspF

C: Bifunctional enzyme IspD/IspF

D: Bifunctional enzyme IspD/IspF

E: Bifunctional enzyme IspD/IspF

F: Bifunctional enzyme IspD/IspF

ヘテロ分子

263 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional enzyme IspD/IspF

B: Bifunctional enzyme IspD/IspF

C: Bifunctional enzyme IspD/IspF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
132 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Bifunctional enzyme IspD/IspF

E: Bifunctional enzyme IspD/IspF

F: Bifunctional enzyme IspD/IspF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.624, 146.624, 256.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Bifunctional enzyme IspD/IspF 分子量: 42890.289 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 遺伝子: ispDF, HP_1020 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O25664, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

#1: タンパク質

Bifunctional enzyme IspD/IspF

分子量: 42890.289 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
遺伝子: ispDF, HP_1020 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O25664, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
非ポリマー , 9種, 700分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#9: 化合物	ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP 分子量: 403.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₉H₁₅N₃O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 1.0 M lithium sufate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 110587 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.176 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.181 / Χ²: 1.021 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 1990895

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	16.3	1.315	5435	0.781	0.936	0.321	1.355	1.011	99.1
2.54-2.59	16.9	1.206	5423	0.825	0.951	0.289	1.241	0.998	99.3
2.59-2.64	17.2	1.078	5451	0.851	0.959	0.256	1.109	1.007	99.5
2.64-2.69	17.2	0.913	5450	0.897	0.972	0.217	0.939	1.046	99.6
2.69-2.75	16.6	0.823	5476	0.902	0.974	0.2	0.848	1.019	99.7
2.75-2.82	17.7	0.747	5480	0.928	0.981	0.176	0.768	1.03	99.8
2.82-2.89	17.3	0.636	5493	0.94	0.985	0.152	0.655	1.027	99.9
2.89-2.96	17.5	0.536	5467	0.957	0.989	0.128	0.551	1.038	100
2.96-3.05	18.2	0.453	5497	0.97	0.992	0.106	0.465	1.046	99.9
3.05-3.15	18.1	0.372	5460	0.981	0.995	0.088	0.382	1.05	100
3.15-3.26	17.8	0.29	5563	0.986	0.996	0.069	0.298	1.061	100
3.26-3.39	17.6	0.221	5508	0.992	0.998	0.053	0.227	1.076	100
3.39-3.55	18.3	0.189	5515	0.995	0.999	0.045	0.194	1.101	100
3.55-3.73	18.2	0.15	5518	0.996	0.999	0.036	0.154	1.115	100
3.73-3.97	19.2	0.121	5573	0.997	0.999	0.028	0.124	1.086	100
3.97-4.27	19	0.096	5529	0.998	0.999	0.023	0.099	1.039	100
4.27-4.7	19.3	0.082	5595	0.998	1	0.019	0.085	1.018	100
4.7-5.38	19.7	0.078	5609	0.999	1	0.018	0.08	0.951	100
5.38-6.78	19.5	0.08	5643	0.998	1	0.019	0.082	0.893	100
6.78-50	18.3	0.055	5902	0.999	1	0.013	0.057	0.847	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→47.56 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 650.28 / 位相誤差: 23.33 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2273	5675	5.16 %
R_work	0.1924	-	-
obs	0.1949	109920	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17578	0	354	673	18605

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	18307
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.43	24759
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.358	2402
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	2783
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.015	3072

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.54	0.3415	246	0.2582	4953	X-RAY DIFFRACTION	90
2.54-2.59	0.2892	282	0.2477	5045	X-RAY DIFFRACTION	92
2.59-2.64	0.3067	304	0.2446	5102	X-RAY DIFFRACTION	93
2.64-2.69	0.2887	278	0.2373	5144	X-RAY DIFFRACTION	94
2.69-2.75	0.2598	261	0.2338	5183	X-RAY DIFFRACTION	95
2.75-2.82	0.2774	290	0.2357	5175	X-RAY DIFFRACTION	94
2.82-2.89	0.2871	257	0.2253	5218	X-RAY DIFFRACTION	95
2.89-2.96	0.2497	243	0.2191	5222	X-RAY DIFFRACTION	96
2.96-3.05	0.2847	280	0.2164	5217	X-RAY DIFFRACTION	95
3.05-3.15	0.2592	248	0.2186	5211	X-RAY DIFFRACTION	95
3.15-3.26	0.2617	370	0.2065	5187	X-RAY DIFFRACTION	93
3.26-3.39	0.2336	271	0.1948	5238	X-RAY DIFFRACTION	95
3.39-3.55	0.2306	286	0.1882	5220	X-RAY DIFFRACTION	95
3.55-3.73	0.214	258	0.1745	5264	X-RAY DIFFRACTION	95
3.73-3.97	0.1998	321	0.1627	5241	X-RAY DIFFRACTION	94
3.97-4.27	0.1889	282	0.1551	5251	X-RAY DIFFRACTION	95
4.27-4.7	0.1684	313	0.1541	5273	X-RAY DIFFRACTION	94
4.7-5.38	0.2051	280	0.1737	5325	X-RAY DIFFRACTION	95
5.38-6.78	0.2347	298	0.2199	5340	X-RAY DIFFRACTION	95
6.78-47.56	0.1936	286	0.1786	5457	X-RAY DIFFRACTION	93

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