+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8xk2 | |||||||||
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Title | A neutralizing nanobody VHH60 against wt SARS-CoV-2 | |||||||||
Components |
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Keywords | ANTIVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / spike glycoprotein / virus / antibody / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / ANTIVIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.4 Å | |||||||||
Authors | Lu, Y. / Guo, H. / Ji, X. / Yang, H. | |||||||||
Funding support | 2items
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Citation | Journal: Cell Death Dis / Year: 2024 Title: A broad neutralizing nanobody against SARS-CoV-2 engineered from an approved drug. Authors: Qianyun Liu / Yuchi Lu / Chenguang Cai / Yanyan Huang / Li Zhou / Yanbin Guan / Shiying Fu / Youyou Lin / Huan Yan / Zhen Zhang / Xiang Li / Xiuna Yang / Haitao Yang / Hangtian Guo / Ke Lan ...Authors: Qianyun Liu / Yuchi Lu / Chenguang Cai / Yanyan Huang / Li Zhou / Yanbin Guan / Shiying Fu / Youyou Lin / Huan Yan / Zhen Zhang / Xiang Li / Xiuna Yang / Haitao Yang / Hangtian Guo / Ke Lan / Yu Chen / Shin-Chen Hou / Yi Xiong / Abstract: SARS-CoV-2 infection is initiated by Spike glycoprotein binding to the human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor via its receptor binding domain. Blocking this interaction has been proven ...SARS-CoV-2 infection is initiated by Spike glycoprotein binding to the human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor via its receptor binding domain. Blocking this interaction has been proven to be an effective approach to inhibit virus infection. Here we report the discovery of a neutralizing nanobody named VHH60, which was directly produced from an engineering nanobody library based on a commercialized nanobody within a very short period. VHH60 competes with human ACE2 to bind the receptor binding domain of the Spike protein at S, Sand S as determined by structural analysis, with an affinity of 2.56 nM. It inhibits infections of both ancestral SARS-CoV-2 strain and pseudotyped viruses harboring SARS-CoV-2 wildtype, key mutations or variants at the nanomolar level. Furthermore, VHH60 suppressed SARS-CoV-2 infection and propagation 50-fold better and protected mice from death for twice as long as the control group after SARS-CoV-2 nasal infections in vivo. Therefore, VHH60 is not only a powerful nanobody with a promising profile for disease control but also provides evidence for a highly effective and rapid approach to generating therapeutic nanobodies. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8xk2.cif.gz | 676.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8xk2.ent.gz | 575.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8xk2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8xk2_validation.pdf.gz | 493.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8xk2_full_validation.pdf.gz | 506.2 KB | Display | |
Data in XML | 8xk2_validation.xml.gz | 40.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8xk2_validation.cif.gz | 54.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/8xk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/8xk2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8xkiC 7vnbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24689.797 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: receptor binding domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: P0DTC2 #2: Antibody | Mass: 13410.872 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.0 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium HEPES 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97853 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.4→31.21 Å / Num. obs: 26210 / % possible obs: 99.84 % / Redundancy: 12.66 % / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09947 / Rpim(I) all: 0.09947 / Rrim(I) all: 0.1407 / Net I/σ(I): 6.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7VNB/tFold model Resolution: 3.4→31.21 Å / SU ML: 0.52 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→31.21 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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