PDB-8xis: Cellodextrin phosphorylase from Clostridium thermocellum mutant -...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xis

タイトル

Cellodextrin phosphorylase from Clostridium thermocellum mutant - all cysteine residues were substituted with serines

要素

cellodextrin phosphorylase variant

キーワード

CARBOHYDRATE / Cellulose / Cellodextrin / Synthesis / Phosphorolysis

機能・相同性

ACETATE ION / beta-D-glucopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Kuga, T. / Sunagawa, N. / Igarashi, K.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: J Appl Glycosci (1999) / 年: 2024
タイトル: Effect of Free Cysteine Residues to Serine Mutation on Cellodextrin Phosphorylase.
著者: Kuga, T. / Sunagawa, N. / Igarashi, K.

履歴

登録	2023年12月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2024年12月25日	ID: 8H2V
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xis.cif.gz	937.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xis.ent.gz	627.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xis_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xis_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	8xis_validation.xml.gz	97.5 KB	表示
CIF形式データ	8xis_validation.cif.gz	139.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/8xis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/8xis	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xi1C 8xilC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cellodextrin phosphorylase variant

B: cellodextrin phosphorylase variant

ヘテロ分子

228 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.277, 88.520, 88.540
Angle α, β, γ (deg.)	98.407, 110.691, 110.652
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

cellodextrin phosphorylase variant

分子量: 112679.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
株: YM4 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 6種, 1592分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 10 mg/ml protein solution was mixed 1:11 with an optimized solution consisting of 100 mM pH 5.0 sodium acetate, 12% PEG4000, and 5% glycerol with streak seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→43.44 Å / Num. obs: 229962 / % possible obs: 96.99 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.42 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.69
反射シェル	解像度: 1.68→1.74 Å / Num. unique obs: 22646 / CC_1/2: 0.516

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21rc1_5127	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→43.44 Å / SU ML: 0.2247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.2869
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2295	11539	5.02 %
R_work	0.1878	218400	-
obs	0.1899	229939	96.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→43.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15746	0	193	1557	17496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0103	16634
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.083	22529
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0589	2448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	2929
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5148	6111

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.7	0.3407	354	0.3134	7162	X-RAY DIFFRACTION	95.27
1.7-1.72	0.3327	384	0.2986	7157	X-RAY DIFFRACTION	95.49
1.72-1.74	0.3205	420	0.2911	7169	X-RAY DIFFRACTION	95.52
1.74-1.76	0.3084	365	0.2799	7114	X-RAY DIFFRACTION	95.69
1.76-1.79	0.2987	382	0.2573	7204	X-RAY DIFFRACTION	95.69
1.79-1.81	0.2758	437	0.2498	7181	X-RAY DIFFRACTION	95.87
1.81-1.84	0.2956	377	0.2449	7219	X-RAY DIFFRACTION	96.04
1.84-1.86	0.2905	425	0.235	7078	X-RAY DIFFRACTION	96.04
1.86-1.89	0.2922	400	0.239	7239	X-RAY DIFFRACTION	96.18
1.89-1.92	0.2873	362	0.2347	7250	X-RAY DIFFRACTION	96.26
1.92-1.96	0.2908	439	0.2399	7183	X-RAY DIFFRACTION	96.54
1.96-1.99	0.2884	388	0.2314	7254	X-RAY DIFFRACTION	96.36
1.99-2.03	0.2392	378	0.2179	7263	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.03-2.07	0.2267	362	0.196	7325	X-RAY DIFFRACTION	96.7
2.07-2.12	0.2552	384	0.2021	7256	X-RAY DIFFRACTION	96.93
2.12-2.17	0.2577	369	0.2063	7314	X-RAY DIFFRACTION	96.95
2.17-2.22	0.2408	376	0.1963	7322	X-RAY DIFFRACTION	97.12
2.22-2.28	0.2416	376	0.1941	7244	X-RAY DIFFRACTION	97.16
2.28-2.35	0.2358	338	0.1878	7348	X-RAY DIFFRACTION	97.44
2.35-2.42	0.2637	402	0.1881	7337	X-RAY DIFFRACTION	97.57
2.42-2.51	0.2304	353	0.1855	7351	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.51-2.61	0.2341	396	0.1808	7343	X-RAY DIFFRACTION	97.79
2.61-2.73	0.2401	361	0.1788	7303	X-RAY DIFFRACTION	97.88
2.73-2.87	0.2136	385	0.1768	7439	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.87-3.05	0.2269	357	0.1721	7415	X-RAY DIFFRACTION	98.27
3.05-3.29	0.2	401	0.167	7331	X-RAY DIFFRACTION	98.25
3.29-3.62	0.2064	370	0.1573	7392	X-RAY DIFFRACTION	98.38
3.62-4.14	0.1776	368	0.1539	7439	X-RAY DIFFRACTION	98.4
4.14-5.22	0.1877	450	0.1539	7359	X-RAY DIFFRACTION	98.74
5.22-43.44	0.2305	380	0.2002	7409	X-RAY DIFFRACTION	98.78

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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