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- PDB-8xhu: Crystal structure of Helicobacter pylori IspDF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xhu
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori IspDF
要素Bifunctional enzyme IspD/IspF
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / IspD / IspF (ISPF) / Helicobacter pylori (ヘリコバクター・ピロリ)
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional enzyme IspD/IspF / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family ...Bifunctional enzyme IspD/IspF / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional enzyme IspD/IspF
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chen, X. / Wu, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Int J Antimicrob Agents / 年: 2024
タイトル: Two natural compounds as potential inhibitors against the Helicobacter pylori and Acinetobacter baumannii IspD enzymes.
著者: Chen, X. / Zhao, H. / Wang, C. / Hamed, M. / Shang, Q. / Yang, Y. / Diao, X. / Sun, X. / Hu, W. / Jiang, X. / Zhang, Y. / Hirsch, A.K.H. / Wu, D. / Zhuang, J.
履歴
登録2023年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional enzyme IspD/IspF
B: Bifunctional enzyme IspD/IspF
C: Bifunctional enzyme IspD/IspF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,14023
ポリマ－128,6713
非ポリマー1,46920
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10050 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area46510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.266, 145.266, 138.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Bifunctional enzyme IspD/IspF


分子量: 42890.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
遺伝子: ispDF, HP_1020 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O25664, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ

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非ポリマー , 6種, 418分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 1.0 M lithium sufate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 66724 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.8 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 1320110
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.4-2.4417.21.35332780.8490.9580.3291.3940.96
2.44-2.4917.81.27233090.8590.9610.3071.3090.958
2.49-2.5319.31.13832820.8960.9720.2641.1690.962
2.53-2.5920.11.01933060.9230.980.2321.0460.971
2.59-2.6419.40.82833310.9410.9850.1920.8510.991
2.64-2.720.30.67332770.9660.9910.1530.6910.985
2.7-2.7720.80.55333130.9740.9930.1240.5671.002
2.77-2.8520.60.47733200.9770.9940.1080.490.997
2.85-2.9320.40.39733070.9840.9960.090.4081.011
2.93-3.0219.30.30833300.9880.9970.0720.3171.022
3.02-3.1320.40.24133060.9930.9980.0550.2471.032
3.13-3.2619.90.18633190.9960.9990.0430.1911.061
3.26-3.4120.30.13333380.9980.9990.030.1361.074
3.41-3.5820.70.11133300.99810.0250.1131.094
3.58-3.8120.30.08833230.99910.020.091.125
3.81-4.119.90.07233550.99910.0170.0741.168
4.1-4.52200.06133560.99910.0140.0621.106
4.52-5.1720.70.05533870.99910.0120.0560.996
5.17-6.5119.50.05134060.99910.0120.0520.843
6.51-5018.80.03835510.99910.0090.0390.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→35.9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 197.69 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 3171 4.88 %
Rwork0.1979 --
obs0.1996 64986 97.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8355 0 83 398 8836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9311576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0351140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.440.27111010.25852353X-RAY DIFFRACTION71
2.44-2.480.26691340.25312779X-RAY DIFFRACTION84
2.48-2.530.27751610.24892909X-RAY DIFFRACTION89
2.53-2.580.26221540.24873007X-RAY DIFFRACTION91
2.58-2.640.29121540.23663148X-RAY DIFFRACTION94
2.64-2.70.28991820.23163094X-RAY DIFFRACTION94
2.7-2.770.27511600.22843130X-RAY DIFFRACTION95
2.77-2.840.27991940.22913131X-RAY DIFFRACTION94
2.84-2.930.2321360.23073172X-RAY DIFFRACTION96
2.93-3.020.21951540.22363171X-RAY DIFFRACTION95
3.02-3.130.24111710.2233119X-RAY DIFFRACTION95
3.13-3.250.22551650.21563166X-RAY DIFFRACTION95
3.25-3.40.22311580.19853180X-RAY DIFFRACTION95
3.4-3.580.22341730.19633148X-RAY DIFFRACTION95
3.58-3.80.23661450.17573178X-RAY DIFFRACTION96
3.8-4.10.19341310.16773219X-RAY DIFFRACTION96
4.1-4.510.17281540.15493199X-RAY DIFFRACTION95
4.51-5.160.17211780.1693212X-RAY DIFFRACTION95
5.16-6.490.22921960.213203X-RAY DIFFRACTION94
6.5-35.90.20741450.18073322X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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