PDB-8xhq: The complex structure of SoBcmC and its natural substrate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xhq

タイトル

The complex structure of SoBcmC and its natural substrate

要素

Fe/2OG dependent dioxigenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / hydroxylation / selectivity / bicyclomycin

機能・相同性

: / 2-OXOGLUTARIC ACID / :

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces ossamyceticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.90000655451 Å

データ登録者

Wu, L. / Tang, G.L. / Zhou, J.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Three distinct strategies lead to programmable aliphatic C-H oxidation in bicyclomycin biosynthesis.
著者: Wu, L. / He, J.B. / Wei, W. / Pan, H.X. / Wang, X. / Yang, S. / Liang, Y. / Tang, G.L. / Zhou, J.

履歴

登録	2023年12月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xhq.cif.gz	308.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xhq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xhq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xhq_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xhq_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8xhq_validation.xml.gz	57.2 KB	表示
CIF形式データ	8xhq_validation.cif.gz	75.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/8xhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/8xhq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xhpSC 8xhtC 8xhxC 8xhyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Fe/2OG dependent dioxigenase

A: Fe/2OG dependent dioxigenase

C: Fe/2OG dependent dioxigenase

D: Fe/2OG dependent dioxigenase

ヘテロ分子

140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Fe/2OG dependent dioxigenase

D: Fe/2OG dependent dioxigenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
70.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Fe/2OG dependent dioxigenase

C: Fe/2OG dependent dioxigenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.193, 142.985, 85.441
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.904, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BACD

#1: タンパク質	Fe/2OG dependent dioxigenase 分子量: 34667.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_055518629 由来: (組換発現) Streptomyces ossamyceticus (バクテリア) 遺伝子: bcmC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 595分子

#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-A1LVE / (3S,6S)-3-(2-methylpropyl)-6-[(2S)-4-oxidanylbutan-2-yl]piperazine-2,5-dione 分子量: 242.315 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M Na acetate pH 5, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.66 Å / Num. obs: 96038 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 23.2454491916 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 0.767 / Num. unique obs: 4680 / CC_1/2: 0.82 / R_pim(I) all: 0.324

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS	Version June 30, 2023	データ削減
XDS	Version June 30, 2023	データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8XHP

8xhp

解像度: 1.90000655451→44.8711833682 Å / SU ML: 0.23335783086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34669267361 / 位相誤差: 23.8008865688
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224449785288	4771	4.97062010335 %
R_work	0.197550431069	91213	-
obs	0.198905448739	95984	99.7132765427 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.7813053734 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.90000655451→44.8711833682 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9014	0	114	582	9710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00730216302036	9419
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.925294978215	12810
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0537268584938	1356
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00679453876229	1714
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.3357887144	5508

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.900006555-1.9216	0.30873956999	165	0.270852534218	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.7770700637
1.9216-1.9442	0.339442618794	156	0.273508588543	3036	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.9442-1.9679	0.293934088139	148	0.250853721431	3079	X-RAY DIFFRACTION	99.7835497835
1.9679-1.9928	0.276282661078	182	0.245509937434	2990	X-RAY DIFFRACTION	99.8112020138
1.9928-2.019	0.260709436145	172	0.230183218372	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.843358396
2.019-2.0467	0.244343604102	184	0.229554841509	3048	X-RAY DIFFRACTION	99.5073891626
2.0467-2.0759	0.253959197848	147	0.212770406873	3002	X-RAY DIFFRACTION	99.6203732996
2.0759-2.1069	0.261870231779	168	0.21872600181	3022	X-RAY DIFFRACTION	99.8747651847
2.1069-2.1399	0.256429548418	162	0.221335874681	3094	X-RAY DIFFRACTION	99.9079472231
2.1399-2.1749	0.294132554205	164	0.213201567804	2979	X-RAY DIFFRACTION	99.8411689962
2.1749-2.2124	0.272277035129	184	0.215763554524	3012	X-RAY DIFFRACTION	99.9374609131
2.2124-2.2527	0.27334518876	129	0.214522779015	3080	X-RAY DIFFRACTION	99.7823383085
2.2527-2.296	0.234885785247	140	0.216764784341	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.3429	0.263798176157	140	0.212031975332	3087	X-RAY DIFFRACTION	99.9380613193
2.3429-2.3938	0.264703304862	148	0.212129422455	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.9052432091
2.3938-2.4495	0.25339623513	181	0.217320826726	3082	X-RAY DIFFRACTION	99.847001224
2.4495-2.5107	0.232148110727	157	0.213219416877	3012	X-RAY DIFFRACTION	99.4976452119
2.5107-2.5786	0.232428486994	140	0.214837484044	3067	X-RAY DIFFRACTION	99.9376752883
2.5786-2.6545	0.264905357887	138	0.219641598962	3049	X-RAY DIFFRACTION	99.9686323714
2.6545-2.7401	0.277977495748	140	0.218058270406	3080	X-RAY DIFFRACTION	99.8759305211
2.7401-2.8381	0.288393865968	149	0.223224608584	3091	X-RAY DIFFRACTION	99.907493062
2.8381-2.9517	0.253411655756	157	0.217770737386	2995	X-RAY DIFFRACTION	99.746835443
2.9517-3.086	0.229523717116	182	0.213619970185	3034	X-RAY DIFFRACTION	99.4126738794
3.086-3.2486	0.221950730045	160	0.202183798582	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.2534992224
3.2486-3.4521	0.202139378008	181	0.19547502099	3035	X-RAY DIFFRACTION	99.6900185989
3.4521-3.7185	0.199292843307	150	0.18150726085	3052	X-RAY DIFFRACTION	99.7507788162
3.7185-4.0925	0.170668688254	131	0.160953657673	3088	X-RAY DIFFRACTION	99.9068901304
4.0925-4.6842	0.147483559577	127	0.14764274083	3065	X-RAY DIFFRACTION	99.2228784582
4.6842-5.8994	0.184202567269	195	0.161810421304	3002	X-RAY DIFFRACTION	98.8864831426
5.8994-44.87118	0.172875791812	194	0.165393352423	3064	X-RAY DIFFRACTION	99.2989942091

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