PDB-8xht: The apo structure of PaBcmG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xht

タイトル

The apo structure of PaBcmG

要素

Fe/2OG dependent dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / bicyclomycin / C-H activation / Fe/2OG dependent dioxygenase

機能・相同性

2-OXOGLUTARIC ACID / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81953635204 Å

データ登録者

Wu, L. / Tang, G.L. / Zhou, J.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Three distinct strategies lead to programmable aliphatic C-H oxidation in bicyclomycin biosynthesis.
著者: Wu, L. / He, J.B. / Wei, W. / Pan, H.X. / Wang, X. / Yang, S. / Liang, Y. / Tang, G.L. / Zhou, J.

履歴

登録	2023年12月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xht.cif.gz	321.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xht.ent.gz	209.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xht_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xht_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8xht_validation.xml.gz	59.5 KB	表示
CIF形式データ	8xht_validation.cif.gz	80.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/8xht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/8xht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xhpC 8xhqC 8xhxC 8xhyC 7v3oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Fe/2OG dependent dioxygenase

B: Fe/2OG dependent dioxygenase

C: Fe/2OG dependent dioxygenase

D: Fe/2OG dependent dioxygenase

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fe/2OG dependent dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fe/2OG dependent dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Fe/2OG dependent dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Fe/2OG dependent dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.331, 103.396, 91.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.971, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Fe/2OG dependent dioxygenase 分子量: 34990.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_070141843 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bcmG / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 961 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol 0.03 M of each NPS (0.3 M sodium nitrate, 0.3 M disodium hydrogen phosphate, 0.3 M ammonium sulfate), 0.1 M MES/imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8195→50 Å / Num. obs: 118876 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.4363046999 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 5553 / CC_1/2: 0.94 / R_pim(I) all: 0.205 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER	1.11.1_2575	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7V3O

7v3o

解像度: 1.81953635204→42.0593133897 Å / SU ML: 0.204061884415 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37824549205 / 位相誤差: 27.7718905222
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235620845652	5133	4.98925943566 %
R_work	0.199229889596	97748	-
obs	0.201063549681	102881	85.7634691853 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.7693974338 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81953635204→42.0593133897 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9210	0	62	961	10233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00643639367402	9595
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.889115270661	13017
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0506489001267	1357
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00522509549793	1736
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.2095864589	5626

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81954-1.8402	0.28191960895	108	0.259018831982	2113	X-RAY DIFFRACTION	56.1141990904
1.8402-1.8619	0.291554513649	70	0.247343278626	2265	X-RAY DIFFRACTION	57.9260729348
1.8619-1.8846	0.30157068806	101	0.250031656285	2301	X-RAY DIFFRACTION	60.2609131962
1.8846-1.9084	0.2977558526	138	0.23277138284	2304	X-RAY DIFFRACTION	61.61998486
1.9084-1.9335	0.296447219978	124	0.230359619137	2416	X-RAY DIFFRACTION	64.1738251642
1.9335-1.96	0.284761907585	150	0.223756779863	2505	X-RAY DIFFRACTION	66.3418290855
1.96-1.988	0.229233566922	133	0.219961034929	2585	X-RAY DIFFRACTION	68.6363636364
1.988-2.0177	0.288034024571	152	0.222637913598	2686	X-RAY DIFFRACTION	70.4043661622
2.0177-2.0492	0.28806761846	144	0.224266249459	2784	X-RAY DIFFRACTION	73.604826546
2.0492-2.0828	0.265089108208	126	0.222416225179	2883	X-RAY DIFFRACTION	76.1194029851
2.0828-2.1187	0.273665986882	144	0.214827568613	3055	X-RAY DIFFRACTION	79.4387881798
2.1187-2.1573	0.266596079201	170	0.211990633123	3095	X-RAY DIFFRACTION	82.8049708344
2.1573-2.1987	0.229757760115	173	0.218879805807	3277	X-RAY DIFFRACTION	85.4806739346
2.1987-2.2436	0.230620949479	200	0.219888118586	3322	X-RAY DIFFRACTION	89.006823351
2.2436-2.2924	0.279806387552	196	0.21120821241	3497	X-RAY DIFFRACTION	92.5563909774
2.2924-2.3457	0.244625535241	200	0.211634333249	3592	X-RAY DIFFRACTION	95.061418902
2.3457-2.4044	0.259296887718	177	0.212995989956	3724	X-RAY DIFFRACTION	97.8429897166
2.4044-2.4694	0.237057381239	227	0.201815979801	3763	X-RAY DIFFRACTION	98.9337961815
2.4694-2.542	0.26586171865	207	0.206110019298	3727	X-RAY DIFFRACTION	99.5193523906
2.542-2.6241	0.268280772771	178	0.198371338537	3805	X-RAY DIFFRACTION	99.749561733
2.6241-2.7179	0.226474493464	176	0.206230226732	3817	X-RAY DIFFRACTION	99.7751124438
2.7179-2.8267	0.263015188279	202	0.215895686305	3791	X-RAY DIFFRACTION	99.8499624906
2.8267-2.9553	0.253222117972	209	0.212997621829	3802	X-RAY DIFFRACTION	99.8506348021
2.9553-3.111	0.235608699793	197	0.207734880716	3792	X-RAY DIFFRACTION	99.6751624188
3.111-3.3059	0.228443054695	217	0.197045780641	3783	X-RAY DIFFRACTION	99.850224663
3.3059-3.561	0.234844243881	211	0.196144069053	3783	X-RAY DIFFRACTION	99.80009995
3.561-3.9191	0.215420341116	227	0.17337740847	3770	X-RAY DIFFRACTION	99.6758104738
3.9191-4.4857	0.174528412456	164	0.16493650902	3870	X-RAY DIFFRACTION	99.6295381576
4.4857-5.6493	0.168913115638	190	0.164883176841	3803	X-RAY DIFFRACTION	99.2789656887
5.6493-42.0593	0.231975794367	222	0.188824667143	3838	X-RAY DIFFRACTION	98.6634264885

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