PDB-8xhp: The apo structure of SsBcmC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xhp

タイトル

The apo structure of SsBcmC

要素

Fe/2OG dependent dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Fe/2OG dependent dioxygenase / bicyclomycin / hydroxylation

機能・相同性

2-OXOGLUTARIC ACID / :

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces cinnamoneus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86000825296 Å

データ登録者

Wu, L. / Tang, G.L. / Zhou, J.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Three distinct strategies lead to programmable aliphatic C-H oxidation in bicyclomycin biosynthesis.
著者: Wu, L. / He, J.B. / Wei, W. / Pan, H.X. / Wang, X. / Yang, S. / Liang, Y. / Tang, G.L. / Zhou, J.

履歴

登録	2023年12月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xhp.cif.gz	222.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xhp.ent.gz	142.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xhp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/8xhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/8xhp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xhqC 8xhtC 8xhxC 8xhyC 7v3oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Fe/2OG dependent dioxygenase

B: Fe/2OG dependent dioxygenase

C: Fe/2OG dependent dioxygenase

ヘテロ分子

106 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fe/2OG dependent dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Fe/2OG dependent dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Fe/2OG dependent dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.966, 74.233, 98.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.134, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Fe/2OG dependent dioxygenase 分子量: 34952.859 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces cinnamoneus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID 分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES/imidazole pH6.5, 0.03 M of each divalent cation (0.3 M magnesium chloride, 0.3 M calcium chloride) and 10% PEG20000, 20%PEG MME 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→19.772 Å / Num. obs: 75346 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.9139882543 Å² / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.163 / R_pim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 1.86→1.9 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4444 / CC_1/2: 0.682 / R_pim(I) all: 0.324 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS	Version February 5, 2021	データ削減
XDS	Version February 5, 2021	データスケーリング
PHASER	1.11.1_2575	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7V3O

7v3o

解像度: 1.86000825296→19.7719294685 Å / SU ML: 0.220775477724 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33784582786 / 位相誤差: 23.2818922412
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231614889352	3849	5.10904336515 %
R_work	0.2053938082	71488	-
obs	0.206766130415	75337	99.9761130648 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.0913021028 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86000825296→19.7719294685 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6390	0	45	471	6906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00352260714168	6604
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.706006114364	8957
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0451544150874	937
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042753643757	1217
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.5432854314	3871

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8600083-1.8835	0.306057605641	132	0.274828486437	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8835-1.9083	0.337972711263	147	0.265174663405	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.9288256228
1.9083-1.9344	0.313835376111	137	0.254526881697	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9344-1.962	0.244944324927	151	0.242482890979	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.962-1.9913	0.268602493144	147	0.234229626864	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.9636759898
1.9913-2.0224	0.263874881498	133	0.230701424035	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0224-2.0555	0.250257030397	134	0.220747074834	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0555-2.0909	0.248926184549	153	0.21133291051	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0909-2.1289	0.233532410689	129	0.205525529413	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1289-2.1698	0.248298370589	142	0.212750678077	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1698-2.214	0.262539773652	134	0.209099485085	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.2621	0.237606989224	123	0.196758527959	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2621-2.3146	0.261273808956	145	0.205654018401	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3146-2.3724	0.226586049583	135	0.211138211984	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3724-2.4365	0.229890842366	119	0.20236055806	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.9641319943
2.4365-2.508	0.253171375498	150	0.215303678229	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.508-2.5888	0.245332954003	135	0.217962007668	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5888-2.6811	0.278731327944	157	0.221216420782	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6811-2.7882	0.251443277678	122	0.215690839642	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7882-2.9147	0.296899811843	133	0.22129614688	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.9290024849
2.9147-3.0678	0.226170858691	136	0.210662826524	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.9645264278
3.0678-3.2592	0.185116092864	152	0.200436426796	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.9279019466
3.2592-3.5096	0.219674547743	141	0.197060262958	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5096-3.8604	0.20498696115	155	0.185848632595	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8604-4.4136	0.201061086169	138	0.18349159981	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4136-5.5403	0.20474726097	204	0.189546691697	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.9644633973
5.5403-19.7719	0.238370279018	165	0.201203467972	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.8274076631

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関連情報:EMDBヘッダ

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