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- PDB-8xga: Crystal structure of human Golgi resident glutaminyl cyclase in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xga
タイトルCrystal structure of human Golgi resident glutaminyl cyclase in complex with (Z)-3-((1H-benzo[d]imidazol-5-yl)methylene)-4-((tetrahydro-2H-pyran-4-yl)oxy)indolin-2-one
要素Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
キーワードTRANSFERASE / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-pyroglutamic acid biosynthetic process, using glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / Golgi membrane / Golgi apparatus / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
M28 Zn-Peptidase Glutaminyl Cyclase / Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like / Peptidase M28 / Peptidase family M28
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.537 Å
データ登録者Li, G.-B. / Wang, X.-Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82122065;82073698 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: X-ray Structure-Guided Discovery of a Potent Benzimidazole Glutaminyl Cyclase Inhibitor That Shows Activity in a Parkinson's Disease Mouse Model.
著者: Mou, J. / Ning, X.L. / Wang, X.Y. / Hou, S.Y. / Meng, F.B. / Zhou, C. / Wu, J.W. / Li, C. / Jia, T. / Wu, X. / Wu, Y. / Chen, Y. / Li, G.B.
履歴
登録2023年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
B: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
C: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
D: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
E: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
F: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
G: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
H: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
I: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
J: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
K: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,57833
ポリマ－384,88311
非ポリマー4,69522
水724
1
A: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 35.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4163
ポリマ－34,9891
非ポリマー4272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 35.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4163
ポリマ－34,9891
非ポリマー4272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 35.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4163
ポリマ－34,9891
非ポリマー4272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 35.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4163
ポリマ－34,9891
非ポリマー4272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 35.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4163
ポリマ－34,9891
非ポリマー4272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 35.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4163
ポリマ－34,9891
非ポリマー4272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 35.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4163
ポリマ－34,9891
非ポリマー4272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 35.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4163
ポリマ－34,9891
非ポリマー4272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 35.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4163
ポリマ－34,9891
非ポリマー4272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 35.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4163
ポリマ－34,9891
非ポリマー4272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 35.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4163
ポリマ－34,9891
非ポリマー4272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.689, 108.008, 159.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like protein / Golgi-resident glutaminyl-peptide cyclotransferase / isoQC / gQC


分子量: 34989.387 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Homo sapiens / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QPCTL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NXS2, glutaminyl-peptide cyclotransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-A1D47 / (3~{Z})-3-(1~{H}-benzimidazol-5-ylmethylidene)-4-(oxan-4-yloxy)-1~{H}-indol-2-one / (Z)-3-((1H-benzo[d]imidazol-5-yl)methylene)-4-((tetrahydro-2H-pyran-4-yl)oxy)indolin-2-one


分子量: 361.394 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25%-28% PEG 3350, 0.1M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.537→154.66 Å / Num. obs: 48967 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 0.44 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3.54→3.73 Å / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Num. measured all: 20869 / Num. unique obs: 6301 / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.299 / Rrim(I) all: 0.557 / Χ2: 0.43 / Net I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.537→74.279 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2804 1998 4.09 %
Rwork0.199 --
obs0.2024 48871 95.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.537→74.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27214 0 308 4 27526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05838874
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.37116951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0474356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.537-3.6250.38391470.24823446X-RAY DIFFRACTION99
3.625-3.72310.3411040.24962442X-RAY DIFFRACTION70
3.7231-3.83260.30441460.24273415X-RAY DIFFRACTION99
3.8326-3.95630.26031260.21842976X-RAY DIFFRACTION86
3.9563-4.09770.32661470.22573438X-RAY DIFFRACTION99
4.0977-4.26170.28611450.20413425X-RAY DIFFRACTION99
4.2617-4.45570.29311490.1893468X-RAY DIFFRACTION99
4.4557-4.69060.24621470.18633468X-RAY DIFFRACTION99
4.6906-4.98440.24551470.18023435X-RAY DIFFRACTION99
4.9844-5.36910.27841470.1943471X-RAY DIFFRACTION99
5.3691-5.90920.28711470.20743440X-RAY DIFFRACTION99
5.9092-6.76380.2961480.21083477X-RAY DIFFRACTION99
6.7638-8.51970.281480.18813487X-RAY DIFFRACTION99
8-74.2790.23331500.15743485X-RAY DIFFRACTION96

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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