PDB-8xg9: Crystal structure of phenylacetone monooxygenase mutant PM3 bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xg9

タイトル

Crystal structure of phenylacetone monooxygenase mutant PM3 bound to FAD and NADP

要素

Phenylacetone monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Phenylacetone Monooxygenase / FAD-binding / NADPH-binding / Monomer

機能・相同性

機能・相同性情報

phenylacetone monooxygenase / phenylacetone monooxygenase activity / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermobifida fusca YX (バクテリア)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Li, X. / Sun, Z.T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of phenylacetone monooxygenase mutant PM3 bound to FAD and NADP
著者: Li, X. / Sun, Z.T.

履歴

登録	2023年12月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xg9.cif.gz	232.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xg9.ent.gz	183.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xg9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xg9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylacetone monooxygenase

ヘテロ分子

63.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.249, 84.752, 92.804
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Phenylacetone monooxygenase / PAMO / Baeyer-Villiger monooxygenase / BVMO 分子量: 61832.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobifida fusca YX (バクテリア) 遺伝子: pamO, Tfu_1490 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PU3, phenylacetone monooxygenase

-
非ポリマー , 6種, 187分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 30% MPEG5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-Arc 150 / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→34.98 Å / Num. obs: 44714 / % possible obs: 99.22 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.21
反射シェル	解像度: 2→2.073 Å / Num. unique obs: 4314 / CC_1/2: 0.731

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→34.98 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2511	1996	4.48 %	RANDOM
R_work	0.2205	-	-	-
obs	0.2219	44594	99.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→34.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4135	0	123	182	4440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4378
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.819	5964
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.516	599
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	627
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	762

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3189	135	0.304	2895	X-RAY DIFFRACTION	96
2.05-2.11	0.2833	149	0.2717	2991	X-RAY DIFFRACTION	99
2.11-2.17	0.2999	137	0.2651	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.2874	139	0.2484	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.32	0.2501	147	0.2466	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.41	0.2557	143	0.2538	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.52	0.2803	141	0.2574	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.65	0.2616	143	0.2493	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.82	0.2908	143	0.256	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.04	0.3096	146	0.2554	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.34	0.2827	140	0.2423	3064	X-RAY DIFFRACTION	99
3.34-3.83	0.2465	137	0.2054	3027	X-RAY DIFFRACTION	98
3.83-4.82	0.2009	143	0.1689	3076	X-RAY DIFFRACTION	98
4.82-34.98	0.2083	153	0.1871	3251	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6141	0.4168	-1.2232	1.665	-0.9791	3.2021	-0.0787	0.1643	0.108	-0.0309	0.0773	0.1401	-0.0025	-0.4049	-0.0009	0.1733	-0.0285	0.0044	0.2295	-0.0231	0.242	-16.3616	24.3796	-21.3481
2	1.0173	1.931	-0.9369	1.7709	-1.8291	1.0646	-0.3002	0.1288	-0.1208	-0.4321	0.1739	-0.1009	0.2398	-0.004	0.169	0.4056	-0.0417	0.1088	0.299	-0.0741	0.3537	-10.7712	8.2992	-28.7365
3	1.2958	0.535	0.073	1.6367	-0.2295	1.0651	0.0405	-0.1773	0.1247	0.2907	-0.1129	-0.0746	-0.2986	0.1147	0.0848	0.3303	-0.0598	0.0338	0.2926	-0.0298	0.2208	-10.9969	18.8588	1.0128
4	2.6299	0.2921	0.4129	2.202	0.0032	1.3978	0.0544	-0.0994	-0.3647	0.3458	-0.1197	-0.2491	0.031	0.1319	0.0525	0.4084	-0.0889	-0.0609	0.4088	0.0246	0.3307	-5.182	7.4619	8.7853
5	0.9344	-0.371	-0.3539	1.4451	0.2567	1.3453	-0.0638	-0.1815	-0.1018	0.2891	-0.0121	0.1606	0.0395	0.116	0.0942	0.2803	-0.0359	0.0573	0.292	0.0055	0.2463	-19.3395	-3.3908	0.8221
6	1.1587	1.1432	-0.4863	0.7609	-0.5005	0.4858	-0.247	-0.0905	-0.3634	-0.3221	-0.0694	-0.3413	0.2717	0.1801	0.3193	0.4041	0.0449	0.1289	0.2666	0.0438	0.4448	0.228	9.5846	-26.0141
7	2.8008	0.7771	-2.8184	0.8197	-0.0028	5.6785	-0.1305	-0.2161	-0.2507	0.0297	-0.2708	-0.0953	0.0952	0.0897	0.4329	0.2261	-0.0415	0.0191	0.238	0.0343	0.2913	-0.8284	26.234	-22.9134
8	0.567	0.3061	-0.2444	0.6854	-0.9565	2.6152	-0.1743	-0.4292	-0.1895	0.0386	-0.2342	-0.473	0.4624	0.7239	0.4616	0.3036	0.0799	0.0562	0.5536	0.102	0.4604	12.4163	18.1033	-22.7346
9	0.5667	0.1034	0.2204	0.6106	-0.368	2.6058	0.0727	-0.3121	-0.103	0.0876	-0.1856	-0.1484	0.1244	0.3009	0.1433	0.2803	-0.0434	0.0187	0.4531	0.0534	0.3198	7.7839	20.2787	-16.9928

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 118 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 119 through 176 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 177 through 298 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 299 through 338 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 339 through 381 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 382 through 433 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 434 through 464 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 465 through 490 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 491 through 541 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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