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万見
- PDB-8xf2: Crystal structure of the reassembled C-phycocyanin hexamer from T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xf2
タイトルCrystal structure of the reassembled C-phycocyanin hexamer from Thermoleptolyngbya sp. O-77
要素(C-phycocyanin ...) x 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Hexamer
機能・相同性PHYCOCYANOBILIN / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Leptolyngbya sp. O-77 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Nguyen, H.K. / Teramoto, T. / Kakuta, Y. / Yoon, K.S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP26000008 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP15K05566 日本
引用ジャーナル: J.Biosci.Bioeng. / 年: 2024
タイトル: Disassembly and reassembly of the non-conventional thermophilic C-phycocyanin.
著者: Nguyen, H.K. / Minato, T. / Teramoto, T. / Ogo, S. / Kakuta, Y. / Yoon, K.S.
履歴
登録2023年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
C: C-phycocyanin alpha chain
D: C-phycocyanin beta chain
E: C-phycocyanin alpha chain
F: C-phycocyanin beta chain
G: C-phycocyanin alpha chain
H: C-phycocyanin beta chain
I: C-phycocyanin alpha chain
J: C-phycocyanin beta chain
K: C-phycocyanin alpha chain
L: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,89836
ポリマ－213,94812
非ポリマー10,95024
水36,5342028
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area61210 Å2
ΔGint-547 kcal/mol
Surface area68280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.729, 115.069, 186.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-379-

HOH

21L-430-

HOH

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要素

-
C-phycocyanin ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17560.531 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leptolyngbya sp. O-77 (バクテリア)
#2: タンパク質
C-phycocyanin beta chain


分子量: 18097.465 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leptolyngbya sp. O-77 (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 2052分子

#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2028 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 8% Tacsimate (pH 5.0), 20% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 162251 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / Num. unique obs: 25284 / CC1/2: 0.435

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→49 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 1988 1.23 %
Rwork0.1827 --
obs0.1832 162251 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14997 0 792 2028 17817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22222227
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7792556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042900
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.030.35071390.304411248X-RAY DIFFRACTION99
2.03-2.080.34831320.266411341X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.140.28761530.231611328X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.210.24731360.219511361X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.290.22761470.208311371X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.380.23171390.202911349X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.490.22581290.203911425X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.620.24281470.189611401X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.790.23791470.190611381X-RAY DIFFRACTION100
2.79-30.2461420.187511464X-RAY DIFFRACTION100
3-3.30.24111400.182311487X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.780.19471410.165311518X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.760.16271480.140611627X-RAY DIFFRACTION100
4.76-490.18611480.152411962X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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