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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xeh | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of HEPN-MNT complex | |||||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / HEPN-MNT module | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jin, C. / Jeon, C. / Kim, D.H. / Lee, B.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional study of HEPN-MNT module from Legionella pneumophila 著者: Jin, C. / Jeon, C. / Kim, D.H. / Lee, B.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 452.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 313.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12208.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 16299.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: of 20% (w/v) PEG 3350, pH 7.0 and 0.2 M ammonium citrate tribasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 28576 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 37.77 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 20.33 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 1433 / CC1/2: 0.847 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.9439135781 Å / Origin y: 7.66973520037 Å / Origin z: 17.1932989572 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |