PDB-8xdm: F-actin-MAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xdm

タイトル

F-actin-MAD

要素

Actin, alpha skeletal muscle

キーワード

PROTEIN BINDING / aglycone polyether ionophores / anti-tumor

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Wang, L. / Li, J. / Liu, T. / Huang, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Aglycone polyethers target actin filaments as muscle-invasive bladder cancer inhibitors
著者: Huang, M. / Yan, P. / Wang, G. / Li, J. / Wang, L. / Liu, T.

履歴

登録	2023年12月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xdm.cif.gz	196 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xdm.ent.gz	158.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xdm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8xdm_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xdm_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8xdm_validation.xml.gz	46.4 KB	表示
CIF形式データ	8xdm_validation.cif.gz	62.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/8xdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/8xdm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	38281MC 38280C 8xdlC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (9) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (9) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Actin, alpha skeletal muscle

B: Actin, alpha skeletal muscle

C: Actin, alpha skeletal muscle

ヘテロ分子

128 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin-1 分子量: 42109.973 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: F-actin-MAD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1600 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 492573 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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