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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xci | |||||||||
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タイトル | Open state of central tail fiber of bacteriophage lambda upon binding to LamB | |||||||||
要素 | Tip attachment protein J | |||||||||
キーワード | VIRUS / Bacteriophage / caudovirales / siphoviridae / phage lambda / host recognition / LamB / cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia phage Lambda (λファージ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Ge, X.F. / Wang, J.W. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural mechanism of bacteriophage lambda tail's interaction with the bacterial receptor. 著者: Xiaofei Ge / Jiawei Wang / 要旨: Bacteriophage infection, a pivotal process in microbiology, initiates with the phage's tail recognizing and binding to the bacterial cell surface, which then mediates the injection of viral DNA. ...Bacteriophage infection, a pivotal process in microbiology, initiates with the phage's tail recognizing and binding to the bacterial cell surface, which then mediates the injection of viral DNA. Although comprehensive studies on the interaction between bacteriophage lambda and its outer membrane receptor, LamB, have provided rich information about the system's biochemical properties, the precise molecular mechanism remains undetermined. This study revealed the high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the bacteriophage lambda tail complexed with its irreversible Shigella sonnei 3070 LamB receptor and the closed central tail fiber. These structures reveal the complex processes that trigger infection and demonstrate a substantial conformational change in the phage lambda tail tip upon LamB binding. Providing detailed structures of bacteriophage lambda infection initiation, this study contributes to the expanding knowledge of lambda-bacterial interaction, which holds significance in the fields of microbiology and therapeutic development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xci.cif.gz | 270.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xci.ent.gz | 194 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xci.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xci_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8xci_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8xci_validation.xml.gz | 58.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xci_validation.cif.gz | 84.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/8xci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/8xci | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 124550.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03749 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bacteriophage lambda tail with LamB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 358235 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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