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- PDB-8xc4: Nipah virus attachment glycoprotein head domain in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xc4
タイトルNipah virus attachment glycoprotein head domain in complex with a broadly neutralizing antibody 1E5
要素
  • 1E5-VH
  • 1E5-VL
  • Glycoprotein
キーワードANTIVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Henipavirus / Glycoprotein / Head domain / Antibody / ANTIVIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Henipavirus nipahense (ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Fan, P.F. / Yu, C.M. / Chen, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82204260 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A potent Henipavirus cross-neutralizing antibody reveals a dynamic fusion-triggering pattern of the G-tetramer.
著者: Pengfei Fan / Mengmeng Sun / Xinghai Zhang / Huajun Zhang / Yujiao Liu / Yanfeng Yao / Ming Li / Ting Fang / Bingjie Sun / Zhengshan Chen / Xiangyang Chi / Li Chen / Cheng Peng / Zhen Chen / ...著者: Pengfei Fan / Mengmeng Sun / Xinghai Zhang / Huajun Zhang / Yujiao Liu / Yanfeng Yao / Ming Li / Ting Fang / Bingjie Sun / Zhengshan Chen / Xiangyang Chi / Li Chen / Cheng Peng / Zhen Chen / Guanying Zhang / Yi Ren / Zixuan Liu / Yaohui Li / Jianmin Li / Entao Li / Wuxiang Guan / Shanshan Li / Rui Gong / Kaiming Zhang / Changming Yu / Sandra Chiu /
要旨: The Hendra and Nipah viruses (HNVs) are highly pathogenic pathogens without approved interventions for human use. In addition, the interaction pattern between the attachment (G) and fusion (F) ...The Hendra and Nipah viruses (HNVs) are highly pathogenic pathogens without approved interventions for human use. In addition, the interaction pattern between the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins required for virus entry remains unclear. Here, we isolate a panel of Macaca-derived G-specific antibodies that cross-neutralize HNVs via multiple mechanisms. The most potent antibody, 1E5, confers adequate protection against the Nipah virus challenge in female hamsters. Crystallography demonstrates that 1E5 has a highly similar binding pattern to the receptor. In cryo-electron microscopy studies, the tendency of 1E5 to bind to the upper or lower heads results in two distinct quaternary structures of G. Furthermore, we identify the extended outer loop β1S2-β1S3 of G and two pockets on the apical region of fusion (F) glycoprotein as the essential sites for G-F interactions. This work highlights promising drug candidates against HNVs and contributes deeper insights into the viruses.
履歴
登録2023年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月7日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein
B: Glycoprotein
C: 1E5-VH
D: 1E5-VL
E: 1E5-VH
F: 1E5-VL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,35014
ポリマ－197,3336
非ポリマー5,0178
水00
1
A: Glycoprotein
E: 1E5-VH
F: 1E5-VL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,1027
ポリマ－98,6673
非ポリマー2,4354
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10010 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area35760 Å2
手法PISA
2
B: Glycoprotein
C: 1E5-VH
D: 1E5-VL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2487
ポリマ－98,6673
非ポリマー2,5814
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10460 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area35080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.422, 193.422, 198.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycoprotein


分子量: 49310.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Henipavirus nipahense (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4VCP5

-
抗体 , 2種, 4分子 CEDF

#2: 抗体 1E5-VH


分子量: 26120.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 1E5-VL


分子量: 23235.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 5種, 8分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-e1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→50 Å / Num. obs: 58116 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Net I/σ(I): 9.57
反射 シェル解像度: 3.24→3.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.189 / Num. unique obs: 58116

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VY5

6vy5


解像度: 3.24→33.69 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 2001 3.49 %
Rwork0.218 --
obs0.219 57369 95.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.24→33.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13698 0 80 0 13778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00514106
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10919214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5452081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0692235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.24-3.320.33471350.31883671X-RAY DIFFRACTION90
3.32-3.410.32041380.29263945X-RAY DIFFRACTION97
3.41-3.510.28741410.26823950X-RAY DIFFRACTION97
3.51-3.630.33931390.25883942X-RAY DIFFRACTION97
3.63-3.760.27391430.25233944X-RAY DIFFRACTION97
3.76-3.910.27331440.21783923X-RAY DIFFRACTION96
3.91-4.080.22851480.21263935X-RAY DIFFRACTION96
4.08-4.30.21511360.19043984X-RAY DIFFRACTION97
4.3-4.570.21541500.17443976X-RAY DIFFRACTION97
4.57-4.920.21681440.17614002X-RAY DIFFRACTION97
4.92-5.410.20911460.18194012X-RAY DIFFRACTION97
5.41-6.190.20771450.21274038X-RAY DIFFRACTION97
6.19-7.780.28111440.23874022X-RAY DIFFRACTION95
7.79-33.690.24591480.22434024X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 59.5681 Å / Origin y: 27.1205 Å / Origin z: -24.4456 Å
111213212223313233
T0.4869 Å2-0.0099 Å2-0.0559 Å2-0.6858 Å20.0851 Å2--0.6876 Å2
L0.4991 °2-0.1181 °2-0.3018 °2-0.8147 °20.0043 °2--0.8358 °2
S-0.0339 Å °0.2088 Å °0.0047 Å °-0.0902 Å °0.1054 Å °0.2038 Å °0.1393 Å °-0.0975 Å °-0.046 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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