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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k0d | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of conformation 2 of complex of Nipah virus attachment G with 1E5 neutralizing antibody | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Henipavirus / Attachment glycoprotein tetramer complex / neutralizing antibody (中和抗体) / dynamic structures | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion involved in viral entry into host cell / exo-alpha-sialidase activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Macaca mulatta (アカゲザル) Nipah virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Potent Henipavirus neutralizing antibody reveals dynamic structures and trigger sites of the G-tetramer 著者: Fan, P. / Sun, M. / Zhang, X. / Yao, Y. / Liu, Y. / Zhang, H. / Li, M. / Fang, T. / Sun, B. / Chen, Z. / Chi, X. / Chen, L. / Chen, Z. / Zhang, G. / Ren, Y. / Liu, Z. / Li, Y. / Li, J. / Li, ...著者: Fan, P. / Sun, M. / Zhang, X. / Yao, Y. / Liu, Y. / Zhang, H. / Li, M. / Fang, T. / Sun, B. / Chen, Z. / Chi, X. / Chen, L. / Chen, Z. / Zhang, G. / Ren, Y. / Liu, Z. / Li, Y. / Li, J. / Li, E. / Guan, W. / Li, S. / Gong, R. / Zhang, K. / Yu, C. / Chen, W. / Chiu, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k0d.cif.gz | 299.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k0d.ent.gz | 240.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k0d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/8k0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/8k0d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 36761MC 8k0cC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 26120.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 23078.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: タンパク質 | 分子量: 45227.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah virus (ウイルス) / 遺伝子: G / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9IH62 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of conformation 2 of complex of Nipah virus attachment G with 1E5 neutralizing antibody タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Nipah virus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.16 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
画像スキャン | 横: 4092 / 縦: 5760 |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 134340 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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