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- PDB-8xbk: Crystal Structure of Human Liver Fructose-1,6-bisphosphatase Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xbk
タイトルCrystal Structure of Human Liver Fructose-1,6-bisphosphatase Complexed with a Covalent Inhibitor
要素Fructose-1,6-bisphosphatase 1
キーワードPROTEIN BINDING / covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / gluconeogenesis / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Fructose-1,6-bisphosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Cao, H. / Zhang, X. / Ren, Y. / Wan, J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22177036 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21873035 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22377030 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-Guided Design of Affinity/Covalent-Bond Dual-Driven Inhibitors Targeting the AMP Site of FBPase.
著者: Cao, H. / Huang, Z. / Liu, Z. / Zhang, X. / Ren, Y. / Hameed, M.S. / Rao, L. / Makunga, N.P. / Dobrikov, G.M. / Wan, J.
履歴
登録2023年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,77929
ポリマ－152,8274
非ポリマー2,95125
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19520 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area43460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.115, 82.950, 275.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6- ...Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6-bisphosphatase 1 (FBP1) / mRNA


分子量: 38206.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, hCG_1640493 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2TU34
#2: 化合物
ChemComp-YR9 / N-[2-[4-[(3-bromophenyl)carbamoylsulfamoyl]phenyl]ethyl]ethanamide


分子量: 440.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18BrN3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris (pH 8.8), 15% (v/v) EtOH, 5mM CW7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→48.8 Å / Num. obs: 58044 / % possible obs: 97.55 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.52
反射 シェル解像度: 2.425→2.511 Å / Rmerge(I) obs: 0.6596 / Mean I/σ(I) obs: 3.14 / Num. unique obs: 5202 / CC1/2: 0.857

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→48.8 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 2903 5 %
Rwork0.1826 --
obs0.1852 58038 97.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9822 0 179 306 10307
拘束条件タイプ: f_chiral_restr / Dev ideal: 0.054 / 数: 1547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.460.3051160.23122201X-RAY DIFFRACTION84
2.46-2.510.28311320.21952498X-RAY DIFFRACTION94
2.51-2.550.30411330.21892537X-RAY DIFFRACTION96
2.55-2.60.30921380.20852612X-RAY DIFFRACTION97
2.6-2.650.26791360.20432586X-RAY DIFFRACTION99
2.65-2.710.28621380.20532623X-RAY DIFFRACTION99
2.71-2.780.28991370.20472594X-RAY DIFFRACTION98
2.78-2.850.30411360.21722600X-RAY DIFFRACTION99
2.85-2.920.30391410.21462671X-RAY DIFFRACTION99
2.92-3.010.29531360.21112594X-RAY DIFFRACTION98
3.01-3.10.25571390.20762637X-RAY DIFFRACTION98
3.11-3.220.29261400.19462655X-RAY DIFFRACTION99
3.22-3.340.24611400.1892655X-RAY DIFFRACTION99
3.34-3.50.2631380.20162628X-RAY DIFFRACTION99
3.5-3.680.24011410.18052678X-RAY DIFFRACTION99
3.68-3.910.23021410.17192674X-RAY DIFFRACTION99
3.91-4.210.22741410.172678X-RAY DIFFRACTION99
4.21-4.640.17891410.14362689X-RAY DIFFRACTION99
4.64-5.310.19951430.14682716X-RAY DIFFRACTION99
5.31-6.680.22531450.18832745X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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