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- PDB-8xa9: Human MGME1 in complex with 5'-overhang DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xa9
タイトルHuman MGME1 in complex with 5'-overhang DNA
要素
  • DNA (11-MER)
  • DNA (18-MER)
  • Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
キーワードHYDROLASE/DNA / Exonuclease / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / mitochondrial DNA replication / mitochondrial genome maintenance / mitochondrial DNA repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Wu, C.C. / Mao, E.Y.C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science Council (NSC, Taiwan)NSTC 112-2636-B-006-005 - 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural basis of how MGME1 processes DNA 5' ends to maintain mitochondrial genome integrity.
著者: Mao, E.Y.C. / Yen, H.Y. / Wu, C.C.
履歴
登録2023年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
B: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
C: DNA (18-MER)
D: DNA (11-MER)
E: DNA (18-MER)
F: DNA (11-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,07210
ポリマ－75,9126
非ポリマー1604
水1,26170
1
A: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
E: DNA (18-MER)
F: DNA (11-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0365
ポリマ－37,9563
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
2
B: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
C: DNA (18-MER)
D: DNA (11-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0365
ポリマ－37,9563
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.756, 56.193, 114.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.692943046204, 0.00894448967821, 0.720936842464), (0.00932901340299, -0.999950568881, 0.0034393755881), (0.720931969208, 0.004342338069, -0.692992236518)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.692943046204, 0.00894448967821, 0.720936842464), (0.00932901340299, -0.999950568881, 0.0034393755881), (0.720931969208, 0.004342338069, -0.692992236518)
ベクター: -8.52466571364, 7.47898508641, 20.1462812978)

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1


分子量: 29116.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGME1 / プラスミド: pSol SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9BQP7
#2: DNA鎖 DNA (18-MER)


分子量: 5535.558 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (11-MER)


分子量: 3304.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.09 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350, sodium citrate/citric acid, sodium tribasic, Tris-hydrochloride, sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2023年6月9日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→30 Å / Num. obs: 43737 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 48.47 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique obs: 2393 / CC1/2: 0.925 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.335 / Rrim(I) all: 0.608 / Χ2: 0.999 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→24.46 Å / SU ML: 0.2817 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.0088
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 2162 4.95 %
Rwork0.258 41541 -
obs0.259 43703 94.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→24.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3329 561 4 70 3964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044064
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61555648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0387641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.58471475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.370.3631020.3522007X-RAY DIFFRACTION69.72
2.37-2.430.32721360.31792773X-RAY DIFFRACTION95.25
2.43-2.50.33331540.3192748X-RAY DIFFRACTION95.09
2.5-2.570.31481480.30442744X-RAY DIFFRACTION94.32
2.57-2.660.30741470.29482756X-RAY DIFFRACTION95.02
2.66-2.750.36371400.30022750X-RAY DIFFRACTION94.63
2.75-2.860.30221440.29832791X-RAY DIFFRACTION95.66
2.86-2.990.32081560.31132783X-RAY DIFFRACTION96.42
2.99-3.150.32791410.29392836X-RAY DIFFRACTION96.5
3.15-3.340.32771200.2822861X-RAY DIFFRACTION96.82
3.34-3.60.25631370.26212825X-RAY DIFFRACTION96.64
3.6-3.960.22941570.23552885X-RAY DIFFRACTION98
3.96-4.530.21421390.20842930X-RAY DIFFRACTION98.94
4.53-5.70.24851710.22492918X-RAY DIFFRACTION99.2
5.7-24.460.31021700.25262934X-RAY DIFFRACTION96.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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