PDB-8xa4: A35 of MPXV in complex with mAb981

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xa4

タイトル

A35 of MPXV in complex with mAb981

要素

Heavy chain of mAb981
Light chain of mAb981
Protein OPG161

キーワード

VIRAL PROTEIN / RECOMBINATION / REPLICATION

機能・相同性

Chordopoxvirus A33R / Chordopoxvirus A33R protein / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / host cell membrane / carbohydrate binding / virion membrane / membrane / Protein OPG161

機能・相同性情報

生物種

Monkeypox virus (サル痘ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å

データ登録者

Li, Y.N. / Shi, T.H. / Yan, R.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of MPXV A35 with a neutralizing and protective human monoclonal antibody
著者: Li, Y.N. / Shi, T.H. / Yan, R.H.

履歴

登録	2023年12月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xa4.cif.gz	89.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xa4.ent.gz	65 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xa4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/8xa4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/8xa4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	38194MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (2) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (2)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (2)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein OPG161

B: Protein OPG161

C: Heavy chain of mAb981

D: Light chain of mAb981

65.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Protein OPG161 分子量: 20043.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: A35R / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q80KX2
#2: タンパク質	Heavy chain of mAb981 分子量: 13548.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Light chain of mAb981 分子量: 11723.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: A35 of MPXV in complex with mAb981 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1400 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: cryoSPARC / バージョン: 4 / カテゴリ: ３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 986061 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3.08 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	3111
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.501	4230
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.091	431
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.039	467
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	542

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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