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- PDB-8x9w: portal vertex capsomer of the VZV C-Capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x9w
タイトルportal vertex capsomer of the VZV C-Capsid
要素
  • CVC1
  • Capsid vertex component 2
  • Large tegument protein deneddylase
  • Major capsid protein
  • Tri1
  • Tri2A
  • Tri2B
  • coiled-coil domain of portal
キーワードVIRAL PROTEIN / VZV / capsid structure
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear capsid assembly / viral genome packaging / deNEDDylase activity / T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / deubiquitinase activity / viral DNA genome replication / viral penetration into host nucleus / viral capsid ...nuclear capsid assembly / viral genome packaging / deNEDDylase activity / T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / deubiquitinase activity / viral DNA genome replication / viral penetration into host nucleus / viral capsid / host cell / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / host cell cytoplasm / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily ...Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / Capsid vertex component 2 / Large tegument protein deneddylase
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Nan, W. / Lei, C. / Jiangxi, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Hlife / 年: 2024
タイトル: Insights into varicella-zoster virus assembly from the B- and C-capsid at near-atomic resolution structures
著者: Cao, L. / Wang, N. / Lv, Z. / Chen, W. / Chen, Z. / Song, L. / Sha, X. / Wang, G. / Hu, Y. / Lian, X. / Cui, G. / Fan, J. / Quan, Y. / Liu, H. / Hou, H. / Wang, X.
履歴
登録2023年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: coiled-coil domain of portal
C: Major capsid protein
F: Tri2A
H: coiled-coil domain of portal
I: coiled-coil domain of portal
J: coiled-coil domain of portal
K: coiled-coil domain of portal
L: coiled-coil domain of portal
O: Tri2B
Q: coiled-coil domain of portal
R: coiled-coil domain of portal
S: coiled-coil domain of portal
T: coiled-coil domain of portal
X: Tri1
k: CVC1
l: Capsid vertex component 2
m: Capsid vertex component 2
n: Large tegument protein deneddylase
o: Large tegument protein deneddylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)572,91620
ポリマ－572,91620
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 7種, 18分子 ACBHIJKLQRSTFOXklm

#1: タンパク質 Major capsid protein / MCP


分子量: 153965.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
遺伝子: MCP, 40 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09245
#2: タンパク質
coiled-coil domain of portal


分子量: 7422.140 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Tri2A


分子量: 32225.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質 Tri2B


分子量: 33420.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: タンパク質 Tri1


分子量: 32583.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: タンパク質 CVC1


分子量: 59751.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: タンパク質 Capsid vertex component 2


分子量: 10890.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
遺伝子: CVC2, UL25 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10209

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 no

#8: タンパク質・ペプチド Large tegument protein deneddylase


分子量: 5500.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
遺伝子: UL36 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P10220, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human alphaherpesvirus 3 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28556 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.5 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00441780
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.82457073
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.4246079
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0456742
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0067520

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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