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- PDB-8x9f: Crystal structure of CO dehydrogenase mutant in complex with EV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x9f
タイトルCrystal structure of CO dehydrogenase mutant in complex with EV
要素Carbon monoxide dehydrogenase 2
キーワードELECTRON TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / hydroxylamine reductase activity / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / : / IRON/SULFUR CLUSTER / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Lee, H.H. / Heo, Y. / Yoon, H.J. / Kim, S.M. / Kong, S.Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Other government 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Identifying a key spot for electron mediator-interaction to tailor CO dehydrogenase's affinity.
著者: Kim, S.M. / Kang, S.H. / Lee, J. / Heo, Y. / Poloniataki, E.G. / Kang, J. / Yoon, H.J. / Kong, S.Y. / Yun, Y. / Kim, H. / Ryu, J. / Lee, H.H. / Kim, Y.H.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon monoxide dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2776
ポリマ－69,0631
非ポリマー1,2145
水2,108117
1
A: Carbon monoxide dehydrogenase 2
ヘテロ分子

A: Carbon monoxide dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,55412
ポリマ－138,1262
非ポリマー2,42810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.251, 74.783, 71.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-705-

EDO

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase 2 / CODH 2


分子量: 69062.789 Da / 分子数: 1 / 変異: R57G, N59L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
株: Z-2901 / 遺伝子: cooS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9F8A8, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 122分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-XCC / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER


分子量: 410.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4
#5: 化合物 ChemComp-S8I / 1-ethyl-4-(1-ethylpyridin-1-ium-4-yl)pyridin-1-ium


分子量: 214.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.92 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5, 200 mM MgCl2, and 25% (w/v) polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→30 Å / Num. obs: 19005 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.537 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.543.70.4399090.8090.9460.2640.5140.41498.9
2.54-2.593.60.3969660.8190.9490.2410.4660.43298.8
2.59-2.643.40.3459420.8350.9540.2240.4140.45599.1
2.64-2.693.30.3199690.8080.9450.2080.3830.48798.8
2.69-2.753.50.2959580.8770.9670.1850.350.47698.9
2.75-2.823.80.2679550.9170.9780.1590.3120.42898.8
2.82-2.894.10.2589510.930.9820.1440.2960.4399
2.89-2.9640.2449570.9340.9830.1390.2820.43798.7
2.96-3.0540.2029520.9620.990.1140.2330.47798.4
3.05-3.153.90.189460.9680.9920.1030.2070.4698.2
3.15-3.263.90.1549450.9760.9940.0880.1780.50698
3.26-3.393.80.1419540.9770.9940.0820.1640.51998.4
3.39-3.553.70.1219380.9780.9950.0710.1410.61597.4
3.55-3.733.70.1069410.9810.9950.0630.1240.66897
3.73-3.973.50.0949560.9820.9950.0570.1110.70497.3
3.97-4.273.40.0689210.990.9970.0420.080.60696
4.27-4.73.10.0639260.9910.9980.0410.0760.59194.9
4.7-5.382.90.0559480.9920.9980.0390.0680.57396.7
5.38-6.763.80.069780.9940.9990.0350.0690.51598.9
6.76-303.70.0539930.9940.9990.0310.0610.99798.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.48→28.05 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2673 943 5 %
Rwork0.2446 --
obs0.2457 18865 96.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→28.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4687 0 0 117 4804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6286483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.373668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045778
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006834
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.48-2.610.30141210.30372422X-RAY DIFFRACTION92
2.61-2.780.28641390.29562557X-RAY DIFFRACTION98
2.78-2.990.26581300.28222590X-RAY DIFFRACTION98
2.99-3.290.271530.2692567X-RAY DIFFRACTION97
3.29-3.770.27991380.24182575X-RAY DIFFRACTION97
3.77-4.740.24191350.21262551X-RAY DIFFRACTION96
4.74-28.050.26371270.21452660X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.9311 Å / Origin y: -0.6029 Å / Origin z: 14.486 Å
111213212223313233
T0.2049 Å2-0.0043 Å20.0041 Å2-0.2008 Å20.0082 Å2--0.1959 Å2
L0.5579 °20.0023 °20.078 °2-0.4853 °20.0257 °2--0.4149 °2
S-0.0194 Å °-0.1094 Å °-0.0503 Å °0.1173 Å °-0.005 Å °-0.0177 Å °-0.0549 Å °-0.0135 Å °0.0133 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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