[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8x9d: Crystal structure of CO dehydrogenase mutant with increased affin... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8x9d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of CO dehydrogenase mutant with increased affinity for electron mediators in high PEG concentration | ||||||
Components | Carbon monoxide dehydrogenase 2 | ||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / : / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.11 Å | ||||||
Authors | Lee, H.H. / Heo, Y. / Yoon, H.J. / Kim, S.M. / Kong, S.Y. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2024 Title: Identifying a key spot for electron mediator-interaction to tailor CO dehydrogenase's affinity. Authors: Kim, S.M. / Kang, S.H. / Lee, J. / Heo, Y. / Poloniataki, E.G. / Kang, J. / Yoon, H.J. / Kong, S.Y. / Yun, Y. / Kim, H. / Ryu, J. / Lee, H.H. / Kim, Y.H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8x9d.cif.gz | 260.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8x9d.ent.gz | 205.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8x9d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/8x9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/8x9d | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 8x9eC 8x9fC 8x9gC 8x9hC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 69062.789 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: R57G, N59L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (bacteria) Strain: Z-2901 / Gene: cooS2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9F8A8, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase |
---|
-Non-polymers , 6 types, 332 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SF4 / |
---|---|
#3: Chemical | ChemComp-FES / |
#4: Chemical | ChemComp-XCC / |
#5: Chemical | ChemComp-FE / |
#6: Chemical | ChemComp-1PE / |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.46 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5, 200 mM MgCl2, 25% (w/v) PEG 3,350. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 20, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 31368 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.895 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 106342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.11→33.02 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.65 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.11→33.02 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 13.8803 Å / Origin y: -0.8233 Å / Origin z: 14.3751 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |