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万見
- PDB-8x9b: Cryo-EM structure of coxsackievirus A16 empty particle in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x9b
タイトルCryo-EM structure of coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab h1A6.2 (local refinement)
要素
  • (Genome polyprotein) x 2
  • Capsid protein VP1
  • The heavy chain of Fab h1A6.2
  • The light chain of Fab h1A6.2
キーワードVIRAL PROTEIN / Cryo-EM / virus / coxsackievirus A16
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral capsid / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å
データ登録者Jiang, Y. / Huang, Y. / Zhu, R. / Zheng, Q. / Li, S. / Xia, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab h1A6.2 (local refinement)
著者: Jiang, Y. / Huang, Y. / Zhu, R. / Zheng, Q. / Li, S. / Xia, N.
履歴
登録2023年11月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
G: Genome polyprotein
I: Genome polyprotein
K: Genome polyprotein
M: Genome polyprotein
O: The heavy chain of Fab h1A6.2
P: The light chain of Fab h1A6.2
F: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
J: Genome polyprotein
L: Genome polyprotein
N: Genome polyprotein
Q: Genome polyprotein
R: The heavy chain of Fab h1A6.2
S: The light chain of Fab h1A6.2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)399,09716
ポリマ－399,09716
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein VP1


分子量: 33106.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A2S1BJ89
#2: タンパク質
Genome polyprotein


分子量: 27557.104 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A2S1BJ89
#3: タンパク質
Genome polyprotein


分子量: 26654.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A2S1BJ89
#4: 抗体 The heavy chain of Fab h1A6.2


分子量: 12563.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 The light chain of Fab h1A6.2


分子量: 12349.966 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab h1A6.2COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Coxsackievirus A16 empty particleVIRUS#1-#31NATURAL
3The Fab of h1A6.2COMPLEX#4-#51RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)31704
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125196 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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