[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルBroadly therapeutic antibody provides cross-serotype protection against enteroviruses via Fc effector functions and by mimicking SCARB2.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 9, Issue 11, Page 2939-2953, Year 2024
掲載日2024年10月18日
著者Rui Zhu / Yuanyuan Wu / Yang Huang / Yanan Jiang / Yichao Jiang / Dongqing Zhang / Hui Sun / Zhenhong Zhou / Lizhi Zhou / Shihan Weng / Hao Chen / Xiaoqing Chen / Wenjing Ning / Yuxiang Zou / Maozhou He / Hongwei Yang / Weixi Deng / Yu Li / Zhenqin Chen / Xiangzhong Ye / Jinle Han / Zhichao Yin / Huan Zhao / Che Liu / Yuqiong Que / Mujin Fang / Hai Yu / Jun Zhang / Wenxin Luo / Shaowei Li / Qingbing Zheng / Longfa Xu / Ningshao Xia / Tong Cheng /
PubMed 要旨Enteroviruses contain multiple serotypes and can cause severe neurological complications. The intricate life cycle of enteroviruses involving dynamic virus-receptor interaction hampers the ...Enteroviruses contain multiple serotypes and can cause severe neurological complications. The intricate life cycle of enteroviruses involving dynamic virus-receptor interaction hampers the development of broad therapeutics and vaccines. Here, using function-based screening, we identify a broadly therapeutic antibody h1A6.2 that potently protects mice in lethal models of infection with both enterovirus A71 and coxsackievirus A16 through multiple mechanisms, including inhibition of the virion-SCARB2 interactions and monocyte/macrophage-dependent Fc effector functions. h1A6.2 mitigates inflammation and improves intramuscular mechanics, which are associated with diminished innate immune signalling and preserved tissue repair. Moreover, cryogenic electron microscopy structures delineate an adaptive binding of h1A6.2 to the flexible and dynamic nature of the VP2 EF loop with a binding angle mimicking the SCARB2 receptor. The coordinated binding mode results in efficient binding of h1A6.2 to all viral particle types and facilitates broad neutralization of enterovirus, therefore informing a promising target for the structure-guided design of pan-enterovirus vaccine.
リンクNat Microbiol / PubMed:39424982
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.82 Å
構造データ

EMDB-38165, PDB-8x95:
Cryo-EM structure of enterovirus A71 mature virion in complex with Fab h1A6.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

EMDB-38166, PDB-8x96:
Cryo-EM structure of enterovirus A71 A-particle in complex with Fab h1A6.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-38167, PDB-8x97:
Cryo-EM structure of enterovirus A71 empty particle in complex with Fab h1A6.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

EMDB-38168, PDB-8x98:
Cryo-EM structure of coxsackievirus A16 mature virion in complex with Fab h1A6.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.69 Å

EMDB-38169, PDB-8x99:
Cryo-EM structure of coxsackievirus A16 A-particle in complex with Fab h1A6.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-38170, PDB-8x9a:
Cryo-EM structure of coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab h1A6.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

EMDB-38171, PDB-8x9b:
Cryo-EM structure of coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab h1A6.2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.82 Å

EMDB-39570, PDB-8ytb:
Cryo-EM structure of enterovirus A71 empty particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-39572, PDB-8ytj:
Cryo-EM structure of enterovirus A71 mature virion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

化合物

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

由来
  • Mus (ネズミ)
  • enterovirus a71 (エンテロウイルス)
  • coxsackievirus a16 (コクサッキーウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRUS / ENTEROVIRUS A71 / Cryo-EM STRUCTURE / Cryo-EM / coxsackievirus A16 / VIRAL PROTEIN

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る