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万見
- PDB-8x8t: NMR structure of p75NTR juxtamembrane domain in complex with RhoG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x8t
タイトルNMR structure of p75NTR juxtamembrane domain in complex with RhoGDI N-terminal domain containing a phosphorylation-mimicking S34D mutation
要素
  • Rho GDP-dissociation inhibitor 1
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16
キーワードSIGNALING PROTEIN / Inhibitor / Complex / Signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


NFG and proNGF binds to p75NTR / death receptor activity / detection of temperature stimulus / dorsal aorta development / Ceramide signalling / Rho GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of hair follicle development / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...NFG and proNGF binds to p75NTR / death receptor activity / detection of temperature stimulus / dorsal aorta development / Ceramide signalling / Rho GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of hair follicle development / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / neurotrophin binding / nerve development / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / nerve growth factor binding / NADE modulates death signalling / regulation of Rho protein signal transduction / Regulated proteolysis of p75NTR / regulation of synaptic vesicle cycle / hair follicle morphogenesis / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / intracellular glucose homeostasis / odontogenesis of dentin-containing tooth / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / immunological synapse / RHOG GTPase cycle / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / RHOA GTPase cycle / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / coreceptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / RAC1 GTPase cycle / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / p75NTR recruits signalling complexes / GTPase activator activity / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / axon guidance / negative regulation of cell migration / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / intracellular protein transport / circadian regulation of gene expression / neuromuscular junction / Schaffer collateral - CA1 synapse / small GTPase binding / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of protein localization to nucleus / positive regulation of fibroblast proliferation / cellular response to amyloid-beta / transmembrane signaling receptor activity / glucose homeostasis / cell-cell junction / presynapse / signaling receptor activity / regulation of protein localization / amyloid-beta binding / growth cone / fibroblast proliferation / neuron apoptotic process / dendritic spine / perikaryon / cytoskeleton / calmodulin binding / postsynaptic density / endosome / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 16 / Tumor necrosis factor receptor 16, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor member 16, transmembrane domain / : / Tumor necrosis factor receptor member 16 trans-membrane domain / Rho protein GDP-dissociation inhibitor / Rho GDP-dissociation inhibitor domain superfamily / RHO protein GDP dissociation inhibitor / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region ...Tumour necrosis factor receptor 16 / Tumor necrosis factor receptor 16, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor member 16, transmembrane domain / : / Tumor necrosis factor receptor member 16 trans-membrane domain / Rho protein GDP-dissociation inhibitor / Rho GDP-dissociation inhibitor domain superfamily / RHO protein GDP dissociation inhibitor / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16 / Rho GDP-dissociation inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Lin, Z. / Li, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2024
タイトル: RhoGDI phosphorylation by PKC promotes its interaction with death receptor p75 NTR to gate axon growth and neuron survival.
著者: Ramanujan, A. / Li, Z. / Ma, Y. / Lin, Z. / Ibanez, C.F.
履歴
登録2023年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho GDP-dissociation inhibitor 1
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5372
ポリマ－13,5372
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8420 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Rho GDP-dissociation inhibitor 1


分子量: 6875.394 Da / 分子数: 1 / 変異: S34D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGDIA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52565
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16


分子量: 6661.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGFR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08138

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-15N HSQC
121anisotropic12D 1H-13C HSQC
131anisotropic13D CBCA(CO)NH
141anisotropic13D HN(CA)CB
151anisotropic13D H(CCCO)NH
161anisotropic13D CC(CO)NH
171anisotropic13D (H)CCH-TOCSY
181anisotropic13D 13C,13C-NOESY
191anisotropic13D 15N,13C-NOESY
1101anisotropic13D 13C,15N-filtered NOESY
1112anisotropic12D 1H-15N HSQC
1122anisotropic13D (H)CCH-TOCSY
1132anisotropic13D CBCA(CO)NH
1142anisotropic13D HN(CA)CB
1152anisotropic13D H(CCCO)NH
1162anisotropic13D CC(CO)NH
1172anisotropic13D 13C,13C-NOESY
1182anisotropic13D 15N,13C-NOESY
1192anisotropic13D 13C,15N-filtered NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.8 mM [U-13C; U-15N] RhoGDI-NTD, 2.4 mM NA p75NTR-JMD, 90% H2O/10% D2O13C,15N_RhoGDI-NTD90% H2O/10% D2O
solution20.8 mM [U-13C; U-15N] p75NTR-JMD, 2.4 mM NA RhoGDI-NTD, 90% H2O/10% D2O13C,15N_p75NTR-JMD90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMRhoGDI-NTD[U-13C; U-15N]1
2.4 mMp75NTR-JMDNA1
0.8 mMp75NTR-JMD[U-13C; U-15N]2
2.4 mMRhoGDI-NTDNA2
試料状態詳細: 10mM PIPES pH 6.8 / イオン強度: 10 mM / Label: Buffer_A / pH: 6.8 / 圧: 1 Pa / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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