PDB-8x8f: Crystal structure of lipoxygenase from Enhygromyxa salina

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x8f

タイトル

Crystal structure of lipoxygenase from Enhygromyxa salina

要素

Arachidonate 15-lipoxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 9-lipoxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enhygromyxa salina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.796 Å

データ登録者

Kim, J.W. / Seo, P.W. / Kim, J.S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of lipoxygenase from Enhygromyxa salina
著者: Kim, J.W. / Seo, P.W.

履歴

登録	2023年11月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x8f.cif.gz	2.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x8f.ent.gz	2.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x8f_validation.pdf.gz	492.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x8f_full_validation.pdf.gz	575.7 KB	表示
XML形式データ	8x8f_validation.xml.gz	132.4 KB	表示
CIF形式データ	8x8f_validation.cif.gz	206.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/8x8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/8x8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g32S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arachidonate 15-lipoxygenase

B: Arachidonate 15-lipoxygenase

C: Arachidonate 15-lipoxygenase

D: Arachidonate 15-lipoxygenase

E: Arachidonate 15-lipoxygenase

F: Arachidonate 15-lipoxygenase

G: Arachidonate 15-lipoxygenase

H: Arachidonate 15-lipoxygenase

I: Arachidonate 15-lipoxygenase

J: Arachidonate 15-lipoxygenase

K: Arachidonate 15-lipoxygenase

L: Arachidonate 15-lipoxygenase

ヘテロ分子

852 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

D: Arachidonate 15-lipoxygenase

E: Arachidonate 15-lipoxygenase

F: Arachidonate 15-lipoxygenase

J: Arachidonate 15-lipoxygenase

K: Arachidonate 15-lipoxygenase

ヘテロ分子

A: Arachidonate 15-lipoxygenase

B: Arachidonate 15-lipoxygenase

L: Arachidonate 15-lipoxygenase

ヘテロ分子

C: Arachidonate 15-lipoxygenase

G: Arachidonate 15-lipoxygenase

I: Arachidonate 15-lipoxygenase

ヘテロ分子

H: Arachidonate 15-lipoxygenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
852 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.726, 248.590, 164.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.860, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Arachidonate 15-lipoxygenase / 9S-lipoxygenase 分子量: 70587.570 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enhygromyxa salina (バクテリア) / 遺伝子: DB30_08017 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C2CV93
#2: 化合物	... ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 950 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.4M Magnesium chloride, 20mM Cadmium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 13.5% (w/v) PEG 2000, 15% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97942 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.796→50 Å / Num. obs: 258691 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 46.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.157 / Χ²: 0.888 / Net I/σ(I): 4.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.8-2.85	2.5	0.397	10927	0.32	0.267	0.482	0.317	78.1
2.85-2.9	2.8	0.422	11837	0.2	0.277	0.509	0.377	85
2.9-2.96	2.9	0.425	12023	0.184	0.273	0.508	0.4	86.1
2.96-3.02	3.1	0.394	12185	0.406	0.242	0.466	0.403	87.4
3.02-3.08	3.3	0.378	12431	0.474	0.226	0.443	0.423	89
3.08-3.15	3.3	0.358	12513	0.571	0.21	0.418	0.425	89.4
3.15-3.23	3.5	0.335	12730	0.659	0.192	0.389	0.455	90.5
3.23-3.32	3.6	0.307	12735	0.686	0.173	0.355	0.469	91.6
3.32-3.42	3.7	0.269	12804	0.81	0.151	0.311	0.51	91.2
3.42-3.53	3.9	0.23	12539	0.925	0.123	0.263	0.522	89.8
3.53-3.65	4.4	0.213	13332	0.949	0.108	0.24	0.62	95.4
3.65-3.8	4.6	0.191	13395	0.962	0.094	0.214	0.678	96.1
3.8-3.97	4.8	0.17	13547	0.97	0.082	0.189	0.77	96.5
3.97-4.18	5	0.152	13609	0.977	0.071	0.169	0.885	97.3
4.18-4.44	5.1	0.131	13678	0.986	0.061	0.146	1.063	97.2
4.44-4.79	5.4	0.119	13235	0.989	0.054	0.131	1.196	94.8
4.79-5.27	5.8	0.116	13825	0.99	0.051	0.127	1.139	98.7
5.27-6.03	5.7	0.12	13875	0.988	0.053	0.131	0.99	98.8
6.03-7.59	5.8	0.102	13552	0.992	0.044	0.111	1.206	96.2
7.59-50	6.6	0.076	13919	0.995	0.031	0.083	1.928	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G32

4g32

解像度: 2.796→49.611 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 26.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2538	9992	3.86 %
R_work	0.2268	248594	-
obs	0.2279	258586	91.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 214.94 Å² / B_iso mean: 53.7926 Å² / B_iso min: 25.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.796→49.611 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	55682	0	48	950	56680
B_iso mean	-	-	80	35.71	-
残基数	-	-	-	-	7239

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	57136
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.587	78038
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	8664
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	10281
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.293	34130

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7964-2.8282	0.3871	245	0.3603	5777	64
2.8282-2.8614	0.3639	307	0.363	7407	83
2.8614-2.8963	0.3682	281	0.3412	7698	85
2.8963-2.933	0.3476	305	0.3333	7694	86
2.933-2.9716	0.3648	302	0.3392	7765	86
2.9716-3.0123	0.3584	322	0.3217	7921	88
3.0123-3.0553	0.3422	332	0.3142	7953	88
3.0553-3.1009	0.3369	329	0.3089	8077	90
3.1009-3.1493	0.3367	335	0.3104	8014	90
3.1493-3.201	0.3269	322	0.2928	8116	90
3.201-3.2562	0.3063	320	0.2868	8195	91
3.2562-3.3154	0.3105	343	0.2761	8286	92
3.3154-3.3791	0.3091	323	0.2737	8252	92
3.3791-3.4481	0.2862	318	0.2623	7935	88
3.4481-3.523	0.282	337	0.2594	8188	91
3.523-3.6049	0.2735	363	0.2367	8568	95
3.6049-3.6951	0.259	339	0.225	8619	96
3.6951-3.7949	0.2645	367	0.22	8668	96
3.7949-3.9066	0.2335	336	0.2058	8666	96
3.9066-4.0326	0.2264	334	0.2084	8817	97
4.0326-4.1767	0.2211	363	0.1948	8721	97
4.1767-4.3438	0.1954	364	0.1848	8846	98
4.3438-4.5414	0.198	336	0.1762	8400	94
4.5414-4.7806	0.1839	345	0.1612	8732	97
4.7806-5.0799	0.1942	358	0.1688	8911	99
5.0799-5.4716	0.2032	366	0.1803	8927	99
5.4716-6.0214	0.2234	348	0.1933	8925	99
6.0214-6.8907	0.244	350	0.1974	8619	95
6.8907-8.6741	0.2076	344	0.1744	9010	99
8.6741-49.611	0.2218	358	0.2007	8887	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 76.0798 Å / Origin y: 58.6333 Å / Origin z: 88.1639 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.316 Å²	0.0219 Å²	-0.012 Å²	-	0.339 Å²	-0.0366 Å²	-	-	0.3239 Å²
L	0.0443 °²	0.0041 °²	0.0092 °²	-	0.0433 °²	-0.0153 °²	-	-	0.0233 °²
S	-0.0035 Å °	0.0065 Å °	0.0076 Å °	0.0114 Å °	0.0182 Å °	-0.0123 Å °	0.0084 Å °	-0.0121 Å °	-0.0138 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 650
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	701 - 704
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	3 - 650
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	701 - 704
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	3 - 650
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	701 - 704
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	3 - 650
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	701 - 704
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	3 - 650
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	701 - 704
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	3 - 650
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	701 - 704
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	3 - 650
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	701 - 704
15	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	3 - 650
16	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	701 - 704
17	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	3 - 650
18	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	701 - 704
19	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	3 - 650
20	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	701 - 704
21	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	3 - 650
22	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	701 - 704
23	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	3 - 650
24	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	701 - 704
25	X-RAY DIFFRACTION	1	all	N	1 - 994

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)