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- PDB-8x8a: Crystal structure of STBD1 LIR motif in complex with GABARAPL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x8a
タイトルCrystal structure of STBD1 LIR motif in complex with GABARAPL1
要素
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
  • Starch-binding domain-containing protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / STBD1 / LIR / GABARAPL1
機能・相同性
機能・相同性情報


substrate localization to autophagosome / glycogen binding / glycophagy / starch binding / phagophore assembly site membrane / Tat protein binding / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / RHOD GTPase cycle / glycogen catabolic process ...substrate localization to autophagosome / glycogen binding / glycophagy / starch binding / phagophore assembly site membrane / Tat protein binding / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / RHOD GTPase cycle / glycogen catabolic process / cellular response to nitrogen starvation / cargo receptor activity / Macroautophagy / polysaccharide binding / tertiary granule membrane / autophagosome membrane / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / autophagosome maturation / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / beta-tubulin binding / intracellular transport / mitophagy / T-tubule / autophagosome / cytoplasmic vesicle membrane / phospholipid binding / microtubule / ciliary basal body / cilium / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Starch-binding domain-containing protein 1, CBM20 domain / Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Starch-binding domain-containing protein 1 / Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Zhang, Y.C. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Decoding the molecular mechanism of selective autophagy of glycogen mediated by autophagy receptor STBD1.
著者: Zhang, Y. / Sun, Y. / Shi, J. / Xu, P. / Wang, Y. / Liu, J. / Gong, X. / Wang, Y. / Tang, Y. / Liu, H. / Zhou, X. / Lin, Z. / Baba, O. / Morita, T. / Yu, B. / Pan, L.
履歴
登録2023年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
B: Starch-binding domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0942
ポリマ－16,0942
非ポリマー00
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.395, 100.395, 100.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 / Early estrogen-regulated protein / GABA(A) receptor-associated protein-like 1 / Glandular ...Early estrogen-regulated protein / GABA(A) receptor-associated protein-like 1 / Glandular epithelial cell protein 1 / GEC-1


分子量: 14068.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAPL1, GEC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H0R8
#2: タンパク質・ペプチド Starch-binding domain-containing protein 1 / Genethonin-1 / Glycophagy cargo receptor STBD1


分子量: 2026.129 Da / 分子数: 1 / Fragment: LIR motif / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STBD1, GENX-3414 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95210
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% w/v Pentaerythritol Propoxylate (5/4 PO/OH), 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 0.05 M Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.529→50.198 Å / Num. obs: 25598 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.8 % / Biso Wilson estimate: 26.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 1.529→1.555 Å / Num. unique obs: 25582 / Rpim(I) all: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc4_4035精密化
PHENIX1.19rc4_4035精密化
AutoProcessデータ削減
AutoProcessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LXI

5lxi


解像度: 1.53→25.1 Å / SU ML: 0.1416 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.1097
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1868 1294 5.06 %
Rwork0.1727 24288 -
obs0.1735 25582 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→25.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1096 0 0 144 1240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00781181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04521605
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0652160
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0146212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5545164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.590.23431480.2272654X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.660.24291570.18212695X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.750.20221450.19312647X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.860.23071280.19462704X-RAY DIFFRACTION100
1.86-20.20281210.19682705X-RAY DIFFRACTION100
2-2.20.20241440.19662667X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.520.19881620.19012706X-RAY DIFFRACTION100
2.52-3.170.17711350.18772715X-RAY DIFFRACTION100
3.18-25.10.17141540.14282795X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.338274340362.964648663365.740096549639.298581971695.088065577438.7183036497-0.418134581877-0.1320666203451.07802425648-0.0678407728612-0.1688411262610.268244608835-1.23469801323-0.257401482320.7242405042520.3752736638870.0411085794351-0.03854604765830.261953128034-0.03083342700790.456587010080.264332366392-21.2083219395-20.4092838978
27.46468193329-0.7560946425753.0664900631.48562965691-0.8412079248222.80457909268-0.227921294773-0.6136671812840.4183307029840.1311631537290.09488304324970.0172249026615-0.333934358533-0.2696719328740.1271168254440.240485405690.02035307155680.01577897798990.244958803258-0.01366150400530.1770703574240.556266436425-30.1838877957-18.7036113136
37.02421360104-0.03698960490192.495912256261.334959748920.306176804312.594800044860.0921854670875-0.113878634708-0.4686228340140.0864283556878-0.03271079849370.03746765405930.0301098833241-0.115124625427-0.04018351721970.247269513818-0.007754734963260.02263267945570.2243205339580.05241842591460.253481936752-8.22856203909-39.2295767169-23.1962435442
46.459924324511.758217043730.5791556595653.13191716903-1.140461627245.789087109180.01195449511420.284370093330.423463237870.1145288369960.1457340749430.410531416909-0.0463506366771-0.850463649268-0.1581433484480.199855282420.03037951667980.02440206807050.2526858699340.03422791487920.221544833763-18.8090546956-32.3088919666-29.1152410747
56.687940455580.3452974426342.409108592150.5798561278880.3065967989482.13635496165-0.1323413230270.4028678892710.295169420232-0.0416351094688.68048158233E-5-0.107421544081-0.1705544980470.1674598605310.1364549727890.259218468858-0.01416376775830.01656629734940.2311114948440.04435878814650.221025061406-1.53898311375-31.4221283432-30.1308013597
69.31539810384.736131305226.358957972612.978027131282.956509938839.755494921490.66695629252-0.735600050294-0.859674121880.134151656514-0.676167694030.3301502829560.648430965173-1.37562532509-0.0526013219570.31946090795-0.01106868200050.0352711739350.413050850210.05299719050070.4128657301-5.99600921628-41.0663675229-17.2548490871
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 10 )AA1 - 101 - 10
22chain 'A' and (resid 11 through 47 )AA11 - 4711 - 47
33chain 'A' and (resid 48 through 68 )AA48 - 6848 - 68
44chain 'A' and (resid 69 through 79 )AA69 - 7969 - 79
55chain 'A' and (resid 80 through 117 )AA80 - 11780 - 117
66chain 'B' and (resid 201 through 213 )BB201 - 2131 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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