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- PDB-8x8k: Crystal structure of STBD1 CBM20 domain in complex with maltotetraose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x8k
タイトルCrystal structure of STBD1 CBM20 domain in complex with maltotetraose
要素Starch-binding domain-containing protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / STBD1 / CBM20 / maltotetraose
機能・相同性
機能・相同性情報


substrate localization to autophagosome / glycogen binding / glycophagy / starch binding / phagophore assembly site membrane / RHOD GTPase cycle / glycogen catabolic process / cargo receptor activity / polysaccharide binding / tertiary granule membrane ...substrate localization to autophagosome / glycogen binding / glycophagy / starch binding / phagophore assembly site membrane / RHOD GTPase cycle / glycogen catabolic process / cargo receptor activity / polysaccharide binding / tertiary granule membrane / RHOG GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / intracellular transport / T-tubule / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Starch-binding domain-containing protein 1, CBM20 domain / Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotetraose / Starch-binding domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, Y.C. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Decoding the molecular mechanism of selective autophagy of glycogen mediated by autophagy receptor STBD1.
著者: Zhang, Y. / Sun, Y. / Shi, J. / Xu, P. / Wang, Y. / Liu, J. / Gong, X. / Wang, Y. / Tang, Y. / Liu, H. / Zhou, X. / Lin, Z. / Baba, O. / Morita, T. / Yu, B. / Pan, L.
履歴
登録2023年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Starch-binding domain-containing protein 1
B: Starch-binding domain-containing protein 1
C: Starch-binding domain-containing protein 1
D: Starch-binding domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,46313
ポリマ－46,1874
非ポリマー4,2769
水2,036113
1
A: Starch-binding domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8803
ポリマ－11,5471
非ポリマー1,3332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Starch-binding domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2132
ポリマ－11,5471
非ポリマー6671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Starch-binding domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9724
ポリマ－11,5471
非ポリマー1,4253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Starch-binding domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3984
ポリマ－11,5471
非ポリマー8513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.879, 74.879, 163.087
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質
Starch-binding domain-containing protein 1


分子量: 11546.822 Da / 分子数: 4 / 断片: CBM20 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STBD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95210
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.09 M Halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide), 0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES (acid) pH 6.5), 37.5% v/v Precipitant Mix 4 (25% v/v MPD (racemic); 25% ...詳細: 0.09 M Halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide), 0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES (acid) pH 6.5), 37.5% v/v Precipitant Mix 4 (25% v/v MPD (racemic); 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→64.574 Å / Num. obs: 67178 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 48.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.168→2.206 Å / Rmerge(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 1398

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc4_4035精密化
AutoProcessデータ削減
AutoProcessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.1→41.66 Å / SU ML: 0.2683 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.167
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 1581 4.96 %
Rwork0.1865 30294 -
obs0.1885 31875 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3188 0 288 113 3589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00863607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14564966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0706597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.945422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.160.29341590.25872700X-RAY DIFFRACTION99.97
2.16-2.240.3041390.24952703X-RAY DIFFRACTION99.89
2.24-2.330.26441620.23452707X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.440.28531090.23992725X-RAY DIFFRACTION99.96
2.44-2.570.29191340.24672736X-RAY DIFFRACTION99.97
2.57-2.730.32391410.25692722X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.940.26231350.22882747X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.230.29341440.22852758X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.70.24381580.17792754X-RAY DIFFRACTION99.97
3.7-4.660.18241630.15372794X-RAY DIFFRACTION99.97
4.66-41.660.17821370.15142948X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.845147809282.870890393943.154502239278.563633557885.458636231248.451596521140.34462786345-0.110307038053-0.2518318433240.823249833178-0.151066481467-0.2415577503461.005906114160.128470392401-0.4286357420560.6112571887050.035895141877-0.07145427712130.4766168227190.1207292373640.426279854921-20.9899716652-27.572480860224.7676954014
24.562345392621.464378541630.4365966879278.645172193741.607024790266.524329242370.284878823040.351448041229-0.617107046867-0.08014808277350.310622629826-1.140926501650.2966858356420.561753499051-0.4966209507180.3157513622030.0967668346204-0.1037462019780.4442998763170.03262815749180.457918811768-17.1580578323-30.020502583812.5604611644
38.674883283372.061082534030.4141388301632.414121629641.034099330957.401165846810.3182563520650.307475078163-0.977423262395-0.142186990244-0.0353372687874-0.9096654503770.281073938954-0.0408338832163-0.2787253783730.3702663591770.108194650441-0.05662613961860.444097857423-0.00941122702480.458271382351-14.6319720813-28.205702261115.2840549952
43.16844787897-0.546762647479-0.3299705520865.658841907432.154908869747.215429014150.101759417005-0.0956086321496-0.271780522610.05261986831110.03853602726830.112137613880.424957859210.163301527475-0.08916418365510.2717347125240.0669458724812-0.05459747502890.3170568584640.06213978103180.375854763771-21.2164573043-24.814729025417.7415919403
54.779515457873.04436020152-1.313088583655.803152348320.08313055973576.48339462340.5319995950010.5469814960931.34223262480.191117604240.4246658773290.9729333483450.0520514964253-0.8912666908370.09658053718230.503403079430.0724641070431-0.1891998849770.441326715190.008937950099570.531621458421-30.2301905202-25.299660741412.5488861879
69.24228977842-2.083767228852.103720363426.11990400291-1.322269262234.046635137860.4567895025990.634352346204-0.814282126412-0.421399965247-0.01072363921040.06532968564950.4103989527220.0957196813379-0.417172694880.388588557680.00681606326965-0.006048168327780.271825166128-0.04882118929460.294650373573-22.5495617059-3.796261720915.7690461019
76.652885954823.926092155444.207720336342.734918494452.908220228744.628154185750.0259537660251-0.0101692415173-1.21465486914-0.3415417001950.199126409501-1.25966383150.1431129466531.13499024606-0.1429046518330.545968034224-0.0187355532960.1378474863640.5959408478350.06225776810680.604522842029-14.66356311070.82847858575410.2774530675
86.050563973570.378985610424-0.4527404244891.697614481040.5348843159630.7498062561850.1049098205920.2275220355880.179281988682-0.8045290873250.0560294114803-0.07829175294440.13925158040.418325382246-0.2982728104510.5508501478270.08046154442940.0807235754060.42255836533-0.01977827135230.390996428925-20.8829893295-3.0307027768311.5344148733
93.60239451404-0.3122309074880.3399038644515.76543686459-0.5709351827445.25384384713-0.0933651959948-0.008568257793580.20109448764-0.1744223215030.0900001599922-0.530482869117-0.2923190509350.564882524849-0.009042830353020.335587962248-0.008440224658520.05629097549350.3734891511690.001919273349340.31793940419-17.11485627392.0635920554116.8407194725
106.62136304683.446185454735.626565559558.164571889744.217277582799.398557126130.123905949645-0.7156004433590.04179718983790.0960533365275-0.0905482863734-0.320723392077-0.09151226234390.00962042210384-0.04983052954670.3501976573340.0428173195209-0.04084781887020.5138641248620.01442885412850.394905580925-36.5336156238-22.3729696893-2.82693062918
116.84448776869-0.1251460734241.462366153751.478704976460.3141302957035.550120104150.5076551166260.701119227808-1.729344825720.0009212004231960.0893412548784-0.955121312140.8083428539960.290879165865-0.4858250473620.2985576001290.0584877471398-0.1054712016120.44478219095-0.09183302751520.538570430335-36.3405712892-30.6542255711-14.0123742285
126.90617238320.7260300239520.9840333604215.371743839420.03959074783646.021099652920.09481076791890.246112395208-0.429658646167-0.2926915072830.0587125343757-0.2457879294380.1293247462370.420027233012-0.07447485831370.285733961590.0199892792161-0.07078394073350.389577473079-0.001094358274550.381383701725-36.0049923154-26.1607761446-12.3353379595
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 262 through 271 )AA262 - 2711 - 10
22chain 'A' and (resid 272 through 290 )AA272 - 29011 - 29
33chain 'A' and (resid 291 through 302 )AA291 - 30230 - 41
44chain 'A' and (resid 303 through 353 )AA303 - 35342 - 92
55chain 'A' and (resid 354 through 358 )AA354 - 35893 - 97
66chain 'B' and (resid 262 through 279 )BC262 - 2791 - 18
77chain 'B' and (resid 280 through 290 )BC280 - 29019 - 29
88chain 'B' and (resid 291 through 305 )BC291 - 30530 - 44
99chain 'B' and (resid 306 through 358 )BC306 - 35845 - 97
1010chain 'C' and (resid 261 through 271 )CE261 - 2711 - 11
1111chain 'C' and (resid 272 through 290 )CE272 - 29012 - 30
1212chain 'C' and (resid 291 through 339 )CE291 - 33931 - 79
1313chain 'C' and (resid 340 through 348 )CE340 - 34880 - 88
1414chain 'C' and (resid 349 through 353 )CE349 - 35389 - 93
1515chain 'C' and (resid 354 through 358 )CE354 - 35894 - 98
1616chain 'D' and (resid 262 through 285 )DH262 - 2851 - 24
1717chain 'D' and (resid 286 through 305 )DH286 - 30525 - 44
1818chain 'D' and (resid 306 through 327 )DH306 - 32745 - 66
1919chain 'D' and (resid 328 through 353 )DH328 - 35367 - 92
2020chain 'D' and (resid 354 through 358 )DH354 - 35893 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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