PDB-8x7e: Crystal Structure of the mutant Human ROR gamma Ligand Binding Do...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x7e

タイトル

Crystal Structure of the mutant Human ROR gamma Ligand Binding Domain With JTE-151

要素

Nuclear receptor ROR-gamma
Nuclear receptor corepressor 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN/INHIBITOR / nuclear receptor / nuclear protein-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / nuclear glucocorticoid receptor binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation ...Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / nuclear glucocorticoid receptor binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / Notch binding / regulation of fat cell differentiation / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Notch-HLH transcription pathway / Regulation of MECP2 expression and activity / regulation of glucose metabolic process / adipose tissue development / lymph node development / nuclear retinoid X receptor binding / estrous cycle / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / transcription repressor complex / xenobiotic metabolic process / cerebellum development / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / enzyme activator activity / HDACs deacetylate histones / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / circadian regulation of gene expression / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / histone deacetylase binding / nuclear matrix / nuclear receptor activity / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Akai, S. / Nomura, A. / Yamaguchi, K. / Adachi, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery and SAR of JTE-151: A Novel ROR gamma Inhibitor for Clinical Development.
著者: Maeba, T. / Hirata, K. / Kotoku, M. / Seki, N. / Maeda, K. / Hirashima, S. / Yamanaka, H. / Sakai, T. / Obika, S. / Hori, A. / Hara, Y. / Noji, S. / Suwa, Y. / Yokota, M. / Fujioka, S. / ...

履歴

登録	2023年11月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x7e.cif.gz	463 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x7e.ent.gz	337.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/8x7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/8x7e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (4)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (3)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Nuclear receptor ROR-gamma

B: Nuclear receptor corepressor 2

C: Nuclear receptor ROR-gamma

D: Nuclear receptor corepressor 2

E: Nuclear receptor ROR-gamma

F: Nuclear receptor corepressor 2

G: Nuclear receptor ROR-gamma

H: Nuclear receptor corepressor 2

ヘテロ分子

131 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nuclear receptor ROR-gamma

B: Nuclear receptor corepressor 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nuclear receptor ROR-gamma

D: Nuclear receptor corepressor 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Nuclear receptor ROR-gamma

F: Nuclear receptor corepressor 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Nuclear receptor ROR-gamma

H: Nuclear receptor corepressor 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.450, 79.200, 97.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.670, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma 分子量: 29754.301 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 261-518 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: タンパク質・ペプチド	Nuclear receptor corepressor 2 / N-CoR2 / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone ...N-CoR2 / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor / SMRT / T3 receptor-associating factor / TRAC / Thyroid- / retinoic-acid-receptor-associated corepressor 分子量: 2599.999 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2346-2367 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y618
#3: 化合物	ChemComp-YAL / (4~{S})-6-[(2-chloranyl-4-methyl-phenyl)amino]-4-[4-cyclopropyl-5-[3-(2,2-dimethylpropyl)cyclobutyl]-1,2-oxazol-3-yl]-6-oxidanylidene-hexanoic acid 分子量: 501.057 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₇ClN₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 13.6% PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→81.52 Å / Num. obs: 53184 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.49 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.37 Å / R_merge(I) obs: 0.422 / Num. unique obs: 4396 / CC_1/2: 0.823 / R_pim(I) all: 0.185 / R_rim(I) all: 0.463

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→38.34 Å / SU ML: 0.3447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.1124
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2632	2515	4.73 %
R_work	0.2192	50652	-
obs	0.2214	53167	96.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7846	0	140	185	8171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	8153
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4471	10985
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0306	1217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	1386
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2345	3069

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.34	0.3267	149	0.2955	2648	X-RAY DIFFRACTION	90.87
2.34-2.39	0.3311	128	0.2784	2682	X-RAY DIFFRACTION	92.19
2.39-2.44	0.3558	124	0.286	2769	X-RAY DIFFRACTION	94.2
2.44-2.5	0.3454	143	0.2682	2802	X-RAY DIFFRACTION	95.59
2.5-2.56	0.2867	143	0.2592	2781	X-RAY DIFFRACTION	96.25
2.56-2.63	0.3365	130	0.2615	2793	X-RAY DIFFRACTION	96.72
2.63-2.71	0.2864	105	0.2585	2853	X-RAY DIFFRACTION	97.72
2.71-2.8	0.303	145	0.2446	2859	X-RAY DIFFRACTION	97.88
2.8-2.9	0.3175	114	0.2573	2861	X-RAY DIFFRACTION	97.89
2.9-3.01	0.3224	157	0.2505	2851	X-RAY DIFFRACTION	97.66
3.01-3.15	0.2939	146	0.2437	2820	X-RAY DIFFRACTION	96.71
3.15-3.32	0.2931	163	0.2253	2824	X-RAY DIFFRACTION	98
3.32-3.52	0.2482	137	0.2216	2882	X-RAY DIFFRACTION	98.6
3.52-3.8	0.2762	126	0.2041	2901	X-RAY DIFFRACTION	98.06
3.8-4.18	0.2268	160	0.1818	2836	X-RAY DIFFRACTION	97.56
4.18-4.78	0.2213	126	0.1778	2856	X-RAY DIFFRACTION	96.5
4.78-6.02	0.2223	166	0.1937	2709	X-RAY DIFFRACTION	92.47
6.02-38.34	0.1694	153	0.1585	2925	X-RAY DIFFRACTION	97.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.222620730922	0.0433680051068	0.829810599409	6.54513055016	0.653409248906	3.28542215669	-0.131722489693	-0.109345347255	-0.403652538786	0.670891207504	0.105208129481	-0.692112825546	0.351590674803	0.585756485655	-0.0934851265195	0.168899062488	0.0384151355441	0.0120298765369	0.21211839679	0.0602930488835	0.349277299515	-27.6809109132	-25.9914154101	1.48720926164
2	1.70426414353	0.461582191479	-0.336669871023	0.260782718212	0.990252032515	8.93195125424	-0.176322097746	-0.13462663125	-0.00111131146285	0.514506039523	-0.129519375425	-0.629792975913	-0.481675152011	0.916765805649	0.15817476955	0.648560439319	-0.028790352485	-0.149710364774	0.235840029921	0.0414783795206	0.402109823844	-28.4582768894	-11.7101607449	18.2372912044
3	0.0801951931954	-0.00701703534787	-0.0796671086575	0.316032191226	-0.00794898430942	0.0736209542613	-0.0186147415753	-0.048239452062	0.192458299058	0.0789148272393	-0.0579219246888	0.0313913595733	-0.518324165826	-0.171153381501	0.932822536926	0.849369195905	0.203014730992	-0.326403764804	0.344356727152	-0.179937420581	0.418749207027	-37.5508252304	5.71293693932	24.6308717391
4	1.90747137087	-1.10656719535	1.27365172575	1.74624900622	-0.87820446425	2.35552327484	-0.453764160236	-0.246312054459	0.371926264295	0.295227035036	0.175280113035	-0.37562889339	-0.90686425863	-0.16565632198	-0.662824132798	0.177050833941	-0.0606225719336	-0.0108524305628	0.00073733961495	0.066840206016	0.22752227734	-34.8162792184	-1.17287690233	5.15696611619
5	1.59654083212	0.40627108158	-0.122203530833	4.24258433159	0.197887723903	1.75529781664	-0.116967734295	0.203725377227	0.104038068858	-0.527481751963	0.0811099776465	-0.0729150483956	-0.338538965152	-0.124308380071	-0.0356543273579	0.475242928388	-0.0355431582568	-0.0404186911996	0.135412176698	0.0090809193405	0.339044023478	-36.8589851044	-12.4700318232	-3.19810057298
6	1.3063473719	-1.0384424388	0.576587084996	0.852607319932	-0.197927271481	2.34549151711	0.0179653637018	-0.176670646019	-0.244738007447	0.285802231597	0.0645245267475	-0.014717203599	0.0873378869953	-0.31024906384	-0.308266596842	0.661947049177	-0.0435964122384	-0.126948181319	0.149494719305	0.0980316125644	0.25463440684	-40.5052881456	-3.32739675388	20.561270216
7	1.70012425707	-0.378981855901	-0.505089600834	2.41455626045	1.41784611401	6.04112336301	-0.193979691452	0.0200942075892	-0.0572410058898	-0.030470851299	0.00280995965974	0.0260018201133	0.231643253842	-0.518869674119	0.189181798575	0.400758802482	-0.0875276028095	-0.103040311315	0.218493044883	0.0108589266913	0.275568706681	-42.8713057607	-15.5719965257	5.61670849295
8	0.34072873056	-0.192038852779	0.0155842756664	0.886292610259	0.180661147816	0.389449678857	0.163431313289	0.0766911371582	-0.127612663082	-0.101056649831	-0.039728620949	-0.158059417212	0.126917521131	-0.0387346837539	0.455034062699	0.705108775617	0.00703068446963	0.0162336251401	-0.00489245986128	-0.050408132636	0.40106535971	-38.3018813166	-28.2479719921	-3.62606243093
9	2.50829857166	1.63245671001	-1.40061519516	9.04450154659	2.60794198574	2.339282977	-0.395667844722	-0.121404959579	0.166671553398	0.743229144961	-0.197981258366	0.27571713213	-0.461607923203	0.210456238111	0.503260182299	0.322182530297	-0.0545810406857	-0.152275967157	0.242832648999	0.0638149622983	0.354242775708	-45.9321470442	-25.5074708538	9.84709417831
10	4.63370871795	2.37943540134	0.843896377012	4.78948849116	0.869025880103	5.33994197051	0.0156345322082	0.280650253296	0.497390920255	0.40247854407	0.0980710434991	-0.0455614528855	-0.224842116822	0.13449325542	-0.121775190445	0.288894549217	0.0737019903365	0.0227284572341	0.284300140174	0.0218410901864	0.258179348041	-44.2280590411	5.35508062533	1.94308531801
11	2.50277102746	1.03490943469	-0.608726082614	2.33982567966	-2.05693103708	2.58331038448	-0.182689874022	0.229984017536	0.199812371785	-0.150787764769	0.2414635498	0.116213147981	-0.0112197132439	-0.201040141795	0.225458518147	0.668543828525	0.147453682107	0.0643253845949	0.3488178163	0.168436646942	0.253839741795	-36.6396948979	-2.210447816	-7.23327153421
12	5.11427434208	-1.45919291935	1.69000353931	6.0444914946	-0.726421542505	0.572655601286	0.34150928444	0.9797484732	1.03553117966	-0.763089599042	-0.192332526723	0.00705846814932	-0.574673047242	0.624730410819	0.149435934248	0.861629621373	-0.143392547219	0.0790766787106	0.464186967504	0.113537908649	0.437335862489	-14.1976759608	-10.0367810113	27.5394537349
13	2.38588506577	2.33009124253	0.983899995451	3.66841266419	0.801866936403	0.971875694555	-0.0930275868078	0.358396877373	-0.485314981996	-0.513549739993	0.422335718964	-0.150932441501	0.533816127506	-0.0359402229125	0.0930622863771	0.713345201031	-0.0841748015825	-0.126689208312	0.266625149344	0.00906052726525	0.269547324649	-31.3547190016	-27.1201915472	22.0687647536
14	6.05937556592	1.91166079248	-0.112217430542	1.95073849401	1.96925410466	6.84646275694	-0.0271832621196	0.168703165594	-0.768049109382	-1.18479874692	0.145653995516	0.687256231712	-0.119996179051	-0.524763262257	-0.0429103173544	0.599397780465	-0.127319877049	-0.195163169638	0.302011389424	0.0445205447041	0.518914867134	-41.1101720819	-44.6710084754	29.1048070466
15	3.81749083055	2.29132869199	-0.280043072868	4.41899582517	-1.63336498002	2.09837631904	-0.0785553131974	0.325850944529	-0.679867092894	-0.169049526105	0.422013665214	-0.195673489904	0.284816907643	-0.158036413181	-0.127549712498	0.268741685729	-0.0140541327153	-0.00341503223887	0.164323834483	-0.0322728182133	0.198238227188	-21.7313970028	-35.6749599616	32.6277032495
16	5.73686329211	0.780629737544	2.16731090704	2.71699472273	-0.184404056627	2.47626814834	-0.0729035206281	-0.278348889234	0.222491962818	-0.226964458201	0.0905207761355	0.0131899819491	-0.0212342257289	-0.213648161525	0.0136078397267	0.230299249143	0.0118381466529	0.0248686886578	0.0836415401611	-0.0131918018574	0.154123015095	-22.9336336795	-26.3457597988	34.6263379733
17	2.6190433326	2.22472152346	0.131853230877	3.31377690862	0.283849880936	1.50892627765	0.316460117293	-0.37797309852	-0.0579438841521	0.187422480593	0.229393777032	0.425493875723	0.246894327071	-0.255566403353	-0.090223845792	0.171848378294	-0.052792154211	-0.0515994519069	0.268493842716	0.0611867149523	0.239256385932	-37.0140613236	-31.8835660849	39.320308767
18	5.83201849839	-0.545474438688	2.76082939132	5.52724303503	-0.136107231091	4.5924375071	-0.0338644090575	0.0766860058128	0.288983909426	-0.218643274215	-0.00663489273514	-0.408837151999	0.391343133052	0.161605640659	0.0469427570671	0.391162431932	-0.0253143052971	0.0336425879057	0.161106513497	-0.0170569766108	0.256752478797	-18.6312896467	-17.4067199652	39.0763373018
19	4.90330571239	-1.50198690215	1.27732322067	2.9485395326	0.304053913581	3.03216665441	-0.141181949108	-0.0769280700453	-0.18448632741	-0.214958959814	0.421859871308	-0.389486229392	-0.0663035408126	0.302377230001	-0.274688173594	0.451973666145	-0.0571699318527	-0.0411492427872	0.162635076487	-0.0609702391748	0.446618578807	-14.4443771669	-8.45989822873	38.7466646692
20	0.792254894237	-0.99912935088	0.281758286568	4.07263874707	-5.22084318573	8.56868003144	-0.0257650776793	-0.458243179689	0.428728073998	-0.0117327179026	0.485166824357	0.511792796236	-0.208477584135	-0.0293465785055	-0.569994180592	0.399754065148	0.103198349259	-0.0909673860706	0.284847010556	-0.0521865401656	0.552639903114	-30.0506366368	-10.8582375659	40.2182488709
21	4.84521931647	-2.01162648671	0.982376948774	8.22459651981	0.119150220636	3.58737287703	-0.259206590716	0.098139613371	-0.20032579582	0.258798364749	0.418371509491	-0.27512876072	0.697693864018	-0.0347715062177	-0.101036903353	0.425846084168	-0.0563936879223	-0.0360721443143	0.268434809646	0.0352849575176	0.155412189098	-22.6704120785	-42.1493447878	42.0512313509
22	8.76875766762	0.594237305256	-3.32809750743	6.32983041524	-2.89209982349	3.83885168372	0.0140941919334	-0.835312367491	0.0827179024799	0.536990094761	-0.0506808273698	-0.104251165225	-0.327373200438	0.27050123997	0.026263220335	0.20992298106	0.0424118457802	-0.0983992864854	0.234973894006	-0.0322506808962	0.644956941347	-11.1031056486	-34.7662599144	39.2461606857
23	0.279122044786	-0.372148936163	0.382855250998	3.64060925808	-0.78492982159	0.744760025631	-0.0677499075379	0.0911019732048	-0.795920707334	0.24513803185	-0.019427570554	-0.511574185088	0.776532193587	0.548247298581	-0.203538064363	0.386719987568	0.0882189251156	0.0029234746705	0.234523346778	-0.0262141115212	0.465036297489	17.6097022584	13.2043556959	3.70025156825
24	0.0668133451689	0.183147756052	-0.645198979954	0.51291617542	-1.81254218336	6.45144606231	-0.302738021167	-0.196785391753	0.0296612221194	0.498142428549	-0.0962841685725	-0.194556334348	0.321269672793	0.673302708882	0.0741636687387	0.777541439758	0.0750246347763	-0.165248283355	0.269330165037	0.00643730004829	0.295369036796	14.290844137	27.3615128499	20.5508358931
25	0.109098646161	0.079922066463	-0.0228823580918	0.158719150689	0.056284239347	0.058438510482	0.0369333664661	-0.121161779517	0.110042406117	0.0349509510797	-0.0933361863621	0.0895271728113	-0.177431606902	-0.0345605843252	-0.181788680421	0.955142148873	0.16739849176	-0.264126699832	0.351297502978	-0.228655980862	0.319832365572	4.06477809309	44.7422538673	25.3697405424
26	1.89601037421	-2.70273948403	-0.668699274202	6.45741013522	2.37070278322	1.25106996972	-0.00103086235661	-0.0884470246496	0.528337324391	-0.456832875645	0.297061654214	-0.70768539231	-0.68341439249	0.171162540539	-0.145138108434	0.369378167954	-0.0145664192218	-0.0352441978137	0.151284858496	-0.0183104051236	0.224444688059	9.65313157861	37.9097135321	6.52793514001
27	0.93533707248	0.0679000525853	0.220848096404	1.96825726092	1.92520436844	2.5637620001	0.0104983150538	0.00694431554095	0.072047152031	0.101405762704	0.0749170169135	-0.259639429029	0.0301213090949	-0.0716559996443	-0.0707251905841	0.413157031932	-0.0154637231416	-0.0277244336808	0.121555635092	0.0171502150468	0.230458224224	7.29614291455	28.6737541617	6.73061000517
28	1.87417289484	0.918146635156	0.745465611791	3.38786299411	2.90058827953	3.40818088133	0.200208771472	-0.134229588619	-0.039607351787	0.378840672219	-0.0794490375877	-0.0490743669541	0.437929539493	-0.300881751968	0.538009293241	0.443108826571	0.131606043424	0.144674029686	0.309963473771	-0.0380912541715	0.156400493916	-3.80108461752	33.6309910266	16.1227871413
29	2.29938329192	-1.14205101324	0.674764564252	3.04056326895	-1.64241865098	2.1482498232	-0.0835839717184	0.0183951786138	0.108911086473	-0.275792602594	0.228738425345	0.278323533628	-0.104389599453	-0.0904892320581	0.0128753387758	0.378638871417	-0.0191131209386	-0.0486703231169	0.0998237609338	0.0549466068454	0.274983386306	5.5954855267	19.8123599612	0.297115210018
30	1.20349379308	-0.184207232755	0.00911382442018	0.65228426361	-0.0184352737323	0.00239916664933	0.0229812689495	0.0421787104178	-0.540581975669	-0.0714287800145	0.0734169839855	-0.158523826116	0.178727182715	-0.0488073977704	0.221065562836	0.448231517435	-0.0533773137446	0.0150778007011	0.0593852723458	-0.0462895129811	0.241791345055	7.62157493469	10.7428243167	-2.47520152585
31	2.24792523534	-1.55271071594	1.07736594954	5.42814219225	-2.03098128763	1.73689070118	-0.117091218929	0.00631788136705	0.260437675117	-0.0893429337888	0.189456912861	0.287795150983	-0.0538040697087	-0.0913915242002	-0.0630102306104	0.243350919629	0.0625907816872	0.0125916454842	0.233657466386	-0.0112220613392	0.0483642042108	-0.0721697837072	33.9763408824	4.5807404402
32	2.54183262869	2.36194516586	-0.593519401961	4.87479392427	1.16259158463	5.32794832754	0.224263891557	0.209217996143	0.626092656079	-0.397448138688	-0.250256022592	0.800919101175	-0.15990567895	-0.282688189822	0.097540145782	0.598679199215	0.0975576022802	0.0708161967507	0.174143060202	0.0442586535005	0.495865506642	9.5144798292	36.8546275616	-6.09633655258
33	0.965554248123	1.08900284407	1.1424854616	3.79430543063	0.524915861712	1.61109073172	-0.238755620861	0.454106873619	0.717209518303	-0.388225850731	-0.0923992322613	-0.65745626488	-0.744119634535	0.648590196315	-0.310837773431	0.468753796235	-0.0993543604242	0.114779147851	0.287572076833	0.0533399087214	0.574316900215	35.8479039293	24.5543306943	29.960373613
34	3.87457386995	0.3596727163	4.7461448945	4.88357247989	2.70399114357	6.87508305863	-0.653651591439	1.1606917989	0.832948136827	-0.944597642069	0.0302895648642	-0.530612907834	-0.744501126812	1.05217555466	0.572330042695	0.854949970419	-0.0782735060981	-0.116273460225	0.499017452301	0.102343495363	0.481240183612	22.8739710007	10.476099722	19.0103605326
35	0.136411909186	-0.120761550398	-0.591716660157	0.825140383503	0.502516007476	2.56187558372	-0.0298636670047	0.161372092791	-0.0261227816156	-0.502192376398	0.0261714904619	0.335809129781	-0.129363202981	-0.495203677725	1.02516470342	0.971016374412	-0.187150702406	-0.331942189969	0.408638713132	0.00678135910104	0.469799929286	11.1509219837	-6.84101219616	21.2070293845
36	6.37082723852	6.98535169247	0.0651849079531	8.48720583141	-1.02357608108	2.49251146854	-0.429733594587	0.515015076653	-0.457702677735	-0.648602881547	0.68717605321	-0.235655679602	0.528001433374	0.130653634038	-0.106973336462	0.29169390127	0.0525400720818	-0.0817179321728	0.232017761218	0.0149378782683	0.427596919921	27.5344646521	-0.021737801979	32.8240605492
37	2.50946599182	1.40245917576	1.1599017328	1.43928776405	1.68742974111	2.21369101577	0.179274945387	-0.143208873738	-0.233296216948	-0.31536232508	-0.0173091053169	-0.0588475346109	0.241794221062	0.0232295917003	-0.111804994026	0.36850682444	-0.0401997415423	-0.0563090712055	0.119684801629	0.0173539940556	0.378122926088	32.0707408535	11.1936747168	39.9015308353
38	1.73367815934	0.622396075141	0.181947877278	3.00562474401	-1.45548877192	4.27032064439	0.195485623133	0.282158846443	0.147173385538	-0.00200766180028	-0.0228073748414	0.390806373859	-0.0882425689216	-0.328725300346	-0.516268899354	0.61439049741	-0.0294252824538	-0.266012151386	0.28918546269	0.106210447461	0.425919913253	12.6138909437	2.05900327197	26.0912905366
39	1.86754368655	1.81504808358	0.392540220064	1.83163960822	0.337981026124	0.998365984757	-0.306339464911	0.0986913538663	0.135795556533	-0.260241926784	0.179101110185	0.151725514221	-0.170869934811	-0.0942568007807	0.126066690789	0.344523191227	0.0736184321522	-0.0229539500749	0.137632969245	-0.0110211205838	0.29009452352	21.6915689529	14.6136962437	38.0543856704
40	1.39966038212	-0.624699843732	0.182243071622	1.09537018214	0.188801686739	0.525776109659	0.275599651227	-0.0275042003727	0.200099979352	-0.139616695352	-0.206802316418	-0.396987289701	0.0216758423265	-0.072171286126	0.324391718101	0.603466160787	-0.00444999064826	-0.201778720483	0.153627268211	0.00503815940581	0.495899054944	31.864837248	27.21529602	41.1164941508
41	0.559825806128	-0.053852327182	-0.0562116328598	0.63028687846	-0.619097709707	0.634932440654	-0.154271637117	-0.0599984907663	0.0992396872986	0.132937300652	-0.0543732976182	-0.108824115335	-0.154418325421	0.132956325651	0.00758213802071	0.779270460749	0.0340441536774	-0.110201467884	0.286729390618	0.158998166992	0.322766233707	16.8711219219	24.8218779366	36.9643799447
42	2.77219694585	-0.0555518210261	1.07863005963	7.11835197041	-1.66515503331	5.89089036869	-0.0903886459909	0.0385423351506	-0.263815162209	0.00980370993998	0.347242492873	-0.140244179466	0.744066235183	-0.312450313899	-0.251339567034	0.307291175552	-0.0540125779977	-0.0397148254058	0.256126657796	0.0869723975557	0.327860725313	23.4207624495	-6.56812244891	41.4671359726
43	9.39498710303	6.45240196616	-3.83120283441	8.13017743698	-2.64303755345	7.67579742762	0.815068872685	-0.998418835558	0.577383549507	0.532973597951	-0.473384824748	0.121204060707	0.316702832451	0.593899210802	-0.297414934368	0.475767875092	-0.0708439343699	-0.230117264318	0.345672234577	-0.0199371119556	0.627182817347	34.8344398118	1.03805195123	42.8590757462

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 266 through 284 )	A	A	266 - 284	1 - 19
2	2	chain 'A' and (resid 285 through 297 )	A	A	285 - 297	20 - 32
3	3	chain 'A' and (resid 298 through 312 )	A	A	298 - 312	33 - 47
4	4	chain 'A' and (resid 313 through 337 )	A	A	313 - 337	48 - 72
5	5	chain 'A' and (resid 338 through 368 )	A	A	338 - 368	73 - 103
6	6	chain 'A' and (resid 369 through 393 )	A	A	369 - 393	104 - 128
7	7	chain 'A' and (resid 394 through 435 )	A	A	394 - 435	129 - 170
8	8	chain 'A' and (resid 436 through 457 )	A	A	436 - 457	171 - 192
9	9	chain 'A' and (resid 458 through 469 )	A	A	458 - 469	193 - 204
10	10	chain 'A' and (resid 470 through 492 )	A	A	470 - 492	205 - 227
11	11	chain 'B' and (resid 2346 through 2359 )	B	C	2346 - 2359	1 - 14
12	12	chain 'C' and (resid 266 through 282 )	C	D	266 - 282	1 - 17
13	13	chain 'C' and (resid 283 through 301 )	C	D	283 - 301	18 - 36
14	14	chain 'C' and (resid 302 through 312 )	C	D	302 - 312	37 - 47
15	15	chain 'C' and (resid 313 through 337 )	C	D	313 - 337	48 - 72
16	16	chain 'C' and (resid 338 through 384 )	C	D	338 - 384	73 - 119
17	17	chain 'C' and (resid 385 through 409 )	C	D	385 - 409	120 - 144
18	18	chain 'C' and (resid 410 through 435 )	C	D	410 - 435	145 - 170
19	19	chain 'C' and (resid 436 through 457 )	C	D	436 - 457	171 - 192
20	20	chain 'C' and (resid 458 through 469 )	C	D	458 - 469	193 - 204
21	21	chain 'C' and (resid 470 through 493 )	C	D	470 - 493	205 - 228
22	22	chain 'D' and (resid 2346 through 2360 )	D	F	2346 - 2360	1 - 15
23	23	chain 'E' and (resid 266 through 284 )	E	G	266 - 284	1 - 19
24	24	chain 'E' and (resid 285 through 297 )	E	G	285 - 297	20 - 32
25	25	chain 'E' and (resid 298 through 312 )	E	G	298 - 312	33 - 47
26	26	chain 'E' and (resid 313 through 337 )	E	G	313 - 337	48 - 72
27	27	chain 'E' and (resid 338 through 384 )	E	G	338 - 384	73 - 119
28	28	chain 'E' and (resid 385 through 410 )	E	G	385 - 410	120 - 145
29	29	chain 'E' and (resid 411 through 435 )	E	G	411 - 435	146 - 170
30	30	chain 'E' and (resid 436 through 457 )	E	G	436 - 457	171 - 192
31	31	chain 'E' and (resid 458 through 492 )	E	G	458 - 492	193 - 227
32	32	chain 'F' and (resid 2346 through 2360 )	F	I	2346 - 2360	1 - 15
33	33	chain 'G' and (resid 266 through 284 )	G	J	266 - 284	1 - 19
34	34	chain 'G' and (resid 285 through 297 )	G	J	285 - 297	20 - 32
35	35	chain 'G' and (resid 298 through 312 )	G	J	298 - 312	33 - 47
36	36	chain 'G' and (resid 313 through 337 )	G	J	313 - 337	48 - 72
37	37	chain 'G' and (resid 338 through 368 )	G	J	338 - 368	73 - 103
38	38	chain 'G' and (resid 369 through 393 )	G	J	369 - 393	104 - 128
39	39	chain 'G' and (resid 394 through 435 )	G	J	394 - 435	129 - 170
40	40	chain 'G' and (resid 436 through 457 )	G	J	436 - 457	171 - 192
41	41	chain 'G' and (resid 458 through 469 )	G	J	458 - 469	193 - 204
42	42	chain 'G' and (resid 470 through 493 )	G	J	470 - 493	205 - 228
43	43	chain 'H' and (resid 2346 through 2359 )	H	L	2346 - 2359	1 - 14

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)