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万見
- PDB-8x65: Crystal structure of X11P(P71T) xylanase from a metagenome derive... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x65
タイトルCrystal structure of X11P(P71T) xylanase from a metagenome derived gene from sugarcane bagasse collection site
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / GH11 Xylanase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module, xylan-binding domain / Ca-dependent carbohydrate-binding module xylan-binding / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Boonyapakron, K. / Prabmark, K.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
National Center for Genetic Engineering and Biotechnology (Thailand) タイ
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2024
タイトル: Hyperthermophilic xylanase and thermophilicity analysis by molecular dynamic simulation with quantum mechanics.
著者: Boonyapakron, K. / Keiser, B. / Prabmark, K. / Aiewviriyasakul, K. / Arunrattanamook, N. / Jaruwat, A. / Chitnumsub, P. / Li, J.Y. / Wong, T.S. / Zhao, X.Q. / Liu, C.G. / Wei, D.Q. / Champreda, V.
履歴
登録2023年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9111
ポリマ－22,9111
非ポリマー00
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.466, 68.547, 74.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 22910.807 Da / 分子数: 1 / 変異: P71T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: R9UKP5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.5 12% w/v Polyethylene glycol 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2020年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→23.73 Å / Num. obs: 19998 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 3.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/av σ(I): 24 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Num. unique obs: 1008 / CC1/2: 0.965 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.163 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PROTEUM PLUSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→23.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.792 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1656 984 5 %RANDOM
Rwork0.1433 ---
obs0.1444 18678 97.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 39.77 Å2 / Biso mean: 6.053 Å2 / Biso min: 1.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å2-0 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→23.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1569 0 0 281 1850
Biso mean---17.56 -
残基数----202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0141621
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.6482205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0181.6422973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6175201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46221.77890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.71715215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.151159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02376
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 50 -
Rwork0.215 1224 -
all-1274 -
obs--86.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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