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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8x4o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Y135A mutant of DIMT1 in complex with 5'-methylthioadenosine from Pyrococcus horikoshii | ||||||
要素 | Probable ribosomal RNA small subunit methyltransferase A | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Archaea / KsgA/DIMT1 / rRNA methyltransferase / SAM / SAH / SFG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Saha, S. / Kanaujia, S.P. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Structural and functional characterization of archaeal DIMT1 unveils distinct protein dynamics essential for efficient catalysis. 著者: Saha, S. / Kanaujia, S.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8x4o.cif.gz | 238.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8x4o.ent.gz | 193.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8x4o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8x4o_validation.pdf.gz | 1013.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8x4o_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8x4o_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8x4o_validation.cif.gz | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/8x4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/8x4o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33273.023 Da / 分子数: 2 / 変異: Y135A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌) 株: OT3 / 遺伝子: DIMT1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: O59487, 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 % / 解説: Primitive Trigonal |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Zinc Acetate Dihydrate, 0.1 M Sodium Cacodylate Trihydrate pH 6.5, 18% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年10月6日 / 詳細: VariMax HF |
放射 | モノクロメーター: Nickel filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→62.85 Å / Num. obs: 12475 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Num. measured all: 13062 / Num. unique obs: 2148 / CC1/2: 0.915 / Rpim(I) all: 0.201 / Rrim(I) all: 0.497 / Χ2: 0.7 / Net I/σ(I) obs: 3.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→62.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 60.871 / SU ML: 0.542 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.593 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 113.586 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3→62.85 Å
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拘束条件 |
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