PDB-8x3e: CYP725A4-Taxa-4,11-diene complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x3e

タイトル

CYP725A4-Taxa-4,11-diene complex

要素

Taxadiene 5-alpha hydroxylase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

taxadiene 5alpha-hydroxylase / taxadiene 5-alpha-hydroxylase activity / paclitaxel biosynthetic process / sterol metabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Taxus cuspidata (イチイ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chang, Z. / Wang, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Unraveling the Catalytic Mechanism of Taxadiene-5alpha-hydroxylase from Crystallography and Computational Analyses.
著者: Song, X. / Wang, Q. / Zhu, X. / Fang, W. / Liu, X. / Shi, C. / Chang, Z. / Jiang, H. / Wang, B.

履歴

登録	2023年11月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x3e.cif.gz	103.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x3e.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x3e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x3e_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x3e_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8x3e_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	8x3e_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/8x3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/8x3e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8x1wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Taxadiene 5-alpha hydroxylase

ヘテロ分子

49.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	196.824, 196.824, 196.824
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

#1: タンパク質	Taxadiene 5-alpha hydroxylase 分子量: 48395.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Taxus cuspidata (イチイ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WG30, taxadiene 5alpha-hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-A1L3H / (1~{R},3~{R},8~{R})-4,8,12,15,15-pentamethyltricyclo[9.3.1.0^{3,8}]pentadeca-4,11-diene 分子量: 272.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.53 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6M sodium citrate, pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→28.41 Å / Num. obs: 22650 / % possible obs: 99.31 % / 冗長度: 76.1 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 35.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / Num. unique obs: 2228 / CC_1/2: 0.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→28.41 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3109	1172	-
R_work	0.2974	-	-
obs	-	22647	99.7 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3475	0	0	73	3548

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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