PDB-8x37: Neryl diphosphate synthase from Solanum lycopersicum complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x37

タイトル

Neryl diphosphate synthase from Solanum lycopersicum complexed with DMSAPP

要素

Neryl-diphosphate synthase 1

キーワード

TRANSFERASE / cis-prenyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

dimethylallylcistransferase / dimethylallylcistransferase activity / plastid membrane organization / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / prenyltransferase activity / chloroplast stroma / response to cold / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycopersicum (トマト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Imaizumi, R. / Matsuura, H. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Misawa, S. / Yamaguchi, H. / Sakai, N. / Miyagi-Inoue, Y. / Suenaga-Hiromori, M. / Kataoka, K. ...

資金援助

日本, 6件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	23H05470	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20am0101070	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22K19143	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22KJ1466	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20H02909	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21H02115	日本

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Structural-Functional Correlations between Unique N-terminal Region and C-terminal Conserved Motif in Short-chain cis-Prenyltransferase from Tomato.
著者: Imaizumi, R. / Matsuura, H. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Misawa, S. / Yamaguchi, H. / Sakai, N. / Miyagi-Inoue, Y. / Suenaga-Hiromori, M. / Waki, T. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / Yamamoto, ...

履歴

登録	2023年11月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年4月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x37.cif.gz	113.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x37.ent.gz	85.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x37_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x37_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8x37_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	8x37_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/8x37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/8x37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8x35C 8x36C 7vpcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neryl-diphosphate synthase 1

B: Neryl-diphosphate synthase 1

ヘテロ分子

61.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.260, 50.270, 120.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.327, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 53 - 299 / Label seq-ID: 12 - 258

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Neryl-diphosphate synthase 1 / Dimethylallylcistransferase CPT1 / chloroplastic / Cis-prenyltransferase 1 / SlCPT1 分子量: 30147.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: GTMSARGLNKISCSL NLQTEKLCYEDNDNDLDEELMPKHIALIMDGNRRWAKDKGLEVYEGHKHIIPKLKEICDISSKLGIQIITAFAFSTENWKRSKEEVDFLL ...詳細: GTMSARGLNKISCSL NLQTEKLCYEDNDNDLDEELMPKHIALIMDGNRRWAKDKGLEVYEGHKHIIPKLKEICDISSKLGIQIITAFAFSTENWKRSKEEVDFLL QMFEEIYDEFSRSGVRVSIIGCKSDLPMTLQKCIALTEETTKGNKGLHLVIALNYGGYYDILQATKSIVNKAMNGLLDVEDINKNLFDQE LESKCPNPDLLIRTGGEQRVSNFLLWQLAYTEFYFTNTLFPDFGEEDLKEAIMNFQQRHRRFGGHTY 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: CPT1, NDPS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C1K5M2, dimethylallylcistransferase
#2: 化合物	ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル分子量: 262.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₆P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG3350, DL-Malic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 41220 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.993 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 8.52
反射シェル	解像度: 1.98→2.08 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 6606 / CC_1/2: 0.75 / R_rim(I) all: 2.65 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
DIALS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VPC

7vpc

解像度: 1.98→49.165 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2744	2061	5 %
R_work	0.2213	39159	-
all	0.224	-	-
obs	-	41220	99.944 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.711 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.42 Å²	-0 Å²	0.624 Å²
2-	-	7.077 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.681 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→49.165 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3818	0	59	45	3922

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	3956
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3797
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.846	5326
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.745	1.779	8752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.016	5	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.061	5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.413	10	743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.29	10	189
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	774
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.097	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.038	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.43	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.271	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.948	6.171	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.947	6.17	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.969	11.066	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.969	11.067	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.953	6.793	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.952	6.794	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.083	12.27	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.082	12.27	2977
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.084	56.624	4244
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.086	56.637	4242
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.137	0.05	6911

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13715	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13715	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.98-2.031	0.565	149	0.611	2844	0.609	2997	0.638	0.634	99.8665	0.604
2.031-2.087	0.516	148	0.515	2807	0.515	2955	0.698	0.674	100	0.515
2.087-2.147	0.431	144	0.438	2735	0.438	2880	0.716	0.686	99.9653	0.436
2.147-2.213	0.356	139	0.379	2650	0.377	2789	0.811	0.804	100	0.37
2.213-2.286	0.38	135	0.349	2562	0.351	2698	0.829	0.841	99.9629	0.339
2.286-2.366	0.311	131	0.331	2473	0.33	2604	0.923	0.891	100	0.317
2.366-2.455	0.375	125	0.306	2393	0.309	2518	0.864	0.918	100	0.288
2.455-2.555	0.267	122	0.253	2305	0.254	2427	0.944	0.949	100	0.239
2.555-2.668	0.289	117	0.248	2223	0.25	2341	0.938	0.955	99.9573	0.239
2.668-2.798	0.364	113	0.249	2144	0.255	2258	0.911	0.954	99.9557	0.237
2.798-2.949	0.337	105	0.27	2003	0.274	2109	0.926	0.951	99.9526	0.262
2.949-3.127	0.331	100	0.249	1907	0.253	2007	0.928	0.959	100	0.242
3.127-3.342	0.295	96	0.228	1815	0.232	1914	0.944	0.967	99.8433	0.232
3.342-3.608	0.228	88	0.211	1676	0.211	1764	0.964	0.976	100	0.221
3.608-3.95	0.276	83	0.196	1565	0.2	1648	0.961	0.979	100	0.213
3.95-4.413	0.25	73	0.158	1389	0.162	1463	0.963	0.984	99.9316	0.186
4.413-5.089	0.188	66	0.139	1260	0.142	1326	0.979	0.989	100	0.177
5.089-6.216	0.259	57	0.163	1077	0.168	1134	0.967	0.986	100	0.201
6.216-8.721	0.184	44	0.164	834	0.165	878	0.98	0.986	100	0.216
8.721-49.165	0.184	26	0.16	495	0.161	526	0.98	0.984	99.0494	0.249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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