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- PDB-8x2o: RIPK2 in complex with K252 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x2o
タイトルRIPK2 in complex with K252
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-18 / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of xenophagy / immature T cell proliferation in thymus / caspase binding / xenophagy / LIM domain binding ...response to interleukin-18 / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of xenophagy / immature T cell proliferation in thymus / caspase binding / xenophagy / LIM domain binding / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / JUN kinase kinase kinase activity / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cellular response to peptidoglycan / response to interleukin-12 / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / toll-like receptor 4 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / signaling adaptor activity / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-2 production / p75NTR recruits signalling complexes / response to interleukin-1 / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / positive regulation of JNK cascade / non-specific protein-tyrosine kinase / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / protein homooligomerization / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / Interleukin-1 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ovarian tumor domain proteases / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / vesicle / adaptive immune response / cytoskeleton / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / signaling receptor binding / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Yang, J.H. / Yang, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82272647 中国
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2025
タイトル: CMD-OPT model enables the discovery of a potent and selective RIPK2 inhibitor as preclinical candidate for the treatment of acute liver injury.
著者: Chen, Y. / Yuan, X. / Yan, W. / Zou, Y. / Wei, H. / Wei, Y. / Tang, M. / Chen, Y. / Ma, Z. / Yang, T. / Liu, K. / Xiong, B. / Hu, X. / Yang, J. / Chen, L.
履歴
登録2023年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年8月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5594
ポリマ－72,6282
非ポリマー9312
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.080, 102.770, 125.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 9 through 21 or (resid 22...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 9 through 49 or resid 57...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALASERSERAA9 - 3169 - 316
d_21ALAALALEULEUBB9 - 499 - 49
d_22ASPASPTYRTYRBB57 - 19857 - 198
d_23SERSERSERSERBB207 - 316207 - 316

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.284475189667, 0.886555129202, -0.364820324748), (0.884509386902, 0.0959472284484, -0.456549311506), (-0.369752634808, -0.452563953755, -0.811460939796)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.284475189667, 0.886555129202, -0.364820324748), (0.884509386902, 0.0959472284484, -0.456549311506), (-0.369752634808, -0.452563953755, -0.811460939796)
ベクター: 18.6864904284, -8.57156407689, 16.3336940371)

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / CARD-containing interleukin-1 beta-converting enzyme-associated kinase / CARD-containing IL-1 beta ...CARD-containing interleukin-1 beta-converting enzyme-associated kinase / CARD-containing IL-1 beta ICE-kinase / RIP-like-interacting CLARP kinase / Receptor-interacting protein 2 / RIP-2 / Tyrosine-protein kinase RIPK2


分子量: 36313.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: RIPK2, CARDIAK, RICK, RIP2, UNQ277/PRO314/PRO34092
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43353, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-6IL / ~{N}-[(1~{R})-4-[4-[(6-fluoranyl-1,3-benzothiazol-5-yl)amino]thieno[2,3-d]pyrimidin-6-yl]cyclohex-3-en-1-yl]cyclopropanecarboxamide


分子量: 465.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20FN5OS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Mes pH7,12% PEG 400, 250mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→54.9 Å / Num. obs: 37633 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 49.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.02462 / Net I/σ(I): 16.97
反射 シェル解像度: 2.26→2.341 Å / Rmerge(I) obs: 0.3625 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique obs: 3690 / CC1/2: 0.729

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→54.9 Å / SU ML: 0.3457 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.9393
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 2000 5.32 %
Rwork0.213 35625 -
obs0.2152 37625 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→54.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4356 0 64 121 4541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00964550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19246223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662702
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.90051738
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.992252773739 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.320.36391390.30022474X-RAY DIFFRACTION99.69
2.32-2.380.33391400.27582500X-RAY DIFFRACTION99.74
2.38-2.450.28821420.25712532X-RAY DIFFRACTION99.78
2.45-2.530.28881400.24242489X-RAY DIFFRACTION99.77
2.53-2.620.2821420.23782522X-RAY DIFFRACTION99.89
2.62-2.720.27421420.24112521X-RAY DIFFRACTION99.96
2.72-2.850.26911420.23042540X-RAY DIFFRACTION99.96
2.85-30.28751410.22732511X-RAY DIFFRACTION100
3-3.190.26691430.22942537X-RAY DIFFRACTION99.85
3.19-3.430.27811420.22542556X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.780.28311430.20782551X-RAY DIFFRACTION99.89
3.78-4.320.19791460.17872575X-RAY DIFFRACTION99.93
4.32-5.450.2151450.17952610X-RAY DIFFRACTION99.93
5.45-54.90.25471530.2192707X-RAY DIFFRACTION99.17
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.7551571727 Å / Origin y: 5.46284378206 Å / Origin z: 4.33972271639 Å
111213212223313233
T0.364339891587 Å2-0.00928890033337 Å2-0.0201796528665 Å2-0.331518044041 Å20.0193084273121 Å2--0.330459071538 Å2
L1.40690499799 °2-1.42614067318 °2-0.995332176704 °2-2.8446991184 °21.69018194215 °2--1.61525491609 °2
S-0.151684211876 Å °-0.116300830463 Å °-0.271589262521 Å °0.42140819495 Å °0.0636226199657 Å °0.268912630817 Å °0.381310811982 Å °0.0202053225784 Å °0.0822550447389 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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