+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8x01 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the Mumps Virus L Protein (state2) Bound by Phosphoprotein Tetramer | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Mumps virus polymerase complex / RNA-dependent RNA synthesis / Large protein / phosphoprotein. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mumps orthorubulavirus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å | ||||||
データ登録者 | Li, T.H. / Shen, Q.T. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structures of the mumps virus polymerase complex via cryo-electron microscopy. 著者: Tianhao Li / Mingdong Liu / Zhanxi Gu / Xin Su / Yunhui Liu / Jinzhong Lin / Yu Zhang / Qing-Tao Shen / 要旨: The viral polymerase complex, comprising the large protein (L) and phosphoprotein (P), is crucial for both genome replication and transcription in non-segmented negative-strand RNA viruses (nsNSVs), ...The viral polymerase complex, comprising the large protein (L) and phosphoprotein (P), is crucial for both genome replication and transcription in non-segmented negative-strand RNA viruses (nsNSVs), while structures corresponding to these activities remain obscure. Here, we resolved two L-P complex conformations from the mumps virus (MuV), a typical member of nsNSVs, via cryogenic-electron microscopy. One conformation presents all five domains of L forming a continuous RNA tunnel to the methyltransferase domain (MTase), preferably as a transcription state. The other conformation has the appendage averaged out, which is inaccessible to MTase. In both conformations, parallel P tetramers are revealed around MuV L, which, together with structures of other nsNSVs, demonstrates the diverse origins of the L-binding X domain of P. Our study links varying structures of nsNSV polymerase complexes with genome replication and transcription and points to a sliding model for polymerase complexes to advance along the RNA templates. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8x01.cif.gz | 369.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8x01.ent.gz | 272.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8x01.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/8x01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/8x01 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 37964MC 8izlC 8yxlC 8yxmC 8yxoC 8yxpC 8yxrC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 256833.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mumps orthorubulavirus (ウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: C0JJA4, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, GDP polyribonucleotidyltransferase, 転移酵素; ...参照: UniProt: C0JJA4, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, GDP polyribonucleotidyltransferase, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 41651.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mumps orthorubulavirus (ウイルス) 株: Jeryl-Lynn 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: C0JJ97 #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The MuV polymerase complex of RNA-directed RNA polymerase L with tetrameric phosphoproteins タイプ: COMPLEX 詳細: The MuV polymerase complex expressed in Sf9 cells and purified by affinity chromatography and size-exlusive chromatography sequentially. Entity ID: #2, #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) | 生物種: Mumps orthorubulavirus (ウイルス) / 株: Jeryl-Lynn | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 細胞: Sf9 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 2.75 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 477568 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|