PDB-8wx8: De novo design protein -T09

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wx8

タイトル

De novo design protein -T09

要素

De novo design protein -T09

キーワード

DE NOVO PROTEIN / De novo design protein

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wang, C. / Wang, S. / Liu, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2024
タイトル: De novo protein design with a denoising diffusion network independent of pretrained structure prediction models.
著者: Liu, Y. / Wang, S. / Dong, J. / Chen, L. / Wang, X. / Wang, L. / Li, F. / Wang, C. / Zhang, J. / Wang, Y. / Wei, S. / Chen, Q. / Liu, H.

履歴

登録	2023年10月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wx8.cif.gz	204.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wx8.ent.gz	145 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8wx8_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wx8_full_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示
XML形式データ	8wx8_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	8wx8_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wx8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8k7mC 8k7oC 8k7zC 8k83C 8k84C 8k8fC 8k8gC 8k8iC 8ka6C 8ka7C 8kacC 8kc0C 8kc1C 8kc4C 8kc5C 8kc8C 8kcjC 8kckC 8kdqC 8w97C 8wwcC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: De novo design protein -T09

B: De novo design protein -T09

52.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: De novo design protein -T09

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: De novo design protein -T09

登録者が定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.026, 59.415, 85.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.830, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	De novo design protein -T09 分子量: 26250.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Imidazole malate pH5.5 33% w/v PEG600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→29.71 Å / Num. obs: 20206 / % possible obs: 97.96 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 42.41 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1088 / Net I/σ(I): 15.89
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 1979 / CC_1/2: 0.784

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→29.71 Å / SU ML: 0.3187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.4143
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2517	938	4.65 %
R_work	0.2119	19245	-
obs	0.2138	20183	97.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3298	0	0	68	3366

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	3318
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5372	4530
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0438	605
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	571
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.6184	1154

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.42	0.3416	133	0.2828	2717	X-RAY DIFFRACTION	97.4
2.42-2.57	0.3377	145	0.2607	2697	X-RAY DIFFRACTION	97.6
2.57-2.77	0.2945	126	0.2657	2719	X-RAY DIFFRACTION	97.77
2.77-3.05	0.3079	124	0.2315	2766	X-RAY DIFFRACTION	98.07
3.05-3.49	0.3102	129	0.2148	2751	X-RAY DIFFRACTION	98.56
3.49-4.4	0.1964	153	0.1913	2758	X-RAY DIFFRACTION	98.41
4.4-29.71	0.2207	128	0.1883	2837	X-RAY DIFFRACTION	98.15

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.806121251	-1.54864291108	-0.413393381806	5.06842518664	-1.21592879634	6.36936441429	0.155804132818	-0.380649413463	0.321634615477	1.00738188262	-0.275085751303	-0.389018071986	-0.413548560468	0.744012465385	0.130539347963	0.661248855981	-0.104474754553	-0.154116236775	0.305780070769	0.0255047281006	0.385709070276	7.31499550079	-12.7309887562	50.527212306
2	6.89556329166	0.417835695355	-1.99743803024	5.69807133118	0.217402281314	7.44367907106	0.230158324501	0.561407108239	-0.160965463082	-0.330990982734	-0.489829734761	-1.14875768677	0.326391725159	1.60591368909	0.402739338679	0.366021542129	0.0706285230331	-0.0110578505853	0.593431874112	0.0847609186656	0.536334236125	16.1663731218	-20.9447725818	37.7620891999
3	8.48979707796	-1.48765428354	1.74920115211	9.78396633244	-5.77793461477	8.60221116811	-0.70908504512	0.315344845743	-0.211137928066	-1.15129216592	0.257002043299	-1.76311575433	0.180386333548	0.441223100831	0.581947803658	0.367825657418	-0.0100510445869	0.0858886247429	0.326252107346	-0.0457360532927	0.2431662192	8.00398676559	-13.2209625334	31.3673361769
4	4.49142400987	-4.24337596368	0.62813320523	7.54249128808	-0.250433799297	4.31061790036	0.859299168697	1.0654675106	0.682253952353	-1.44519754141	-0.961652788684	-0.819334188458	-0.257332857198	0.763047973411	0.165509465553	0.628282714183	0.0512399515585	0.0591019823548	0.604960375822	0.149348319854	0.450018068997	6.09572708047	-10.438963097	26.6149915743
5	6.49144725676	-3.19269039548	-0.127174036331	2.61391175561	1.9543080003	6.97987070539	0.12659925764	-0.169074941376	0.0289381595043	0.263731396371	-0.275325079852	-0.250187826468	-0.0541466138421	-0.18084903741	0.201247237509	0.310229029907	-0.0140710339694	-0.0283306684877	0.250958995123	0.0186020100694	0.234174954915	-0.732906264416	-6.12464498859	29.433330355
6	3.52761835497	-4.29523442491	-0.447977088708	3.01454872175	0.249519474055	6.23197498986	0.09876184832	-0.079538441373	-0.0592130044234	0.186760645397	-0.193499008925	0.193835939466	-0.250783473936	-0.234649090278	0.134282986543	0.339882355294	-0.0387975152016	-0.0145489936201	0.253243611986	-0.0479523919136	0.294522329893	-6.91781733038	-4.02547064301	34.3450533933
7	2.42406595813	3.88971766938	7.61587431852	3.94501300814	3.38872203686	7.49932240969	0.660384288034	-0.281653135382	-0.2545895332	0.606681957734	-0.469497861156	0.328864886185	0.235119175654	-0.486116659016	-0.295248198083	0.586253060001	-0.000154334477588	0.0272802640241	0.295425742876	-0.0569777755288	0.449808845378	-12.0841941894	0.433138613081	42.0931428755
8	5.16328350772	-5.22060105121	0.617388533365	5.47692249678	-2.2301123401	8.48427254536	-0.238098727535	-0.169034558585	0.701821064618	0.828323224116	0.0542369356214	0.0964280785621	-0.516758739619	0.15241938926	0.181768490748	0.732020679145	-0.0493246364523	0.0119733618366	0.228159337617	-0.0209168428566	0.530454969298	-3.40956900572	-3.50944206232	49.898686127
9	8.05953930404	1.22301603726	2.36717521562	6.4762007992	0.585519481341	9.23535286363	-0.312211229072	0.957315169407	0.640688466742	-1.75718350735	0.0443874064095	-0.116312738535	0.836959679675	0.107700101763	0.118736915225	1.19871433692	0.0850170715737	-0.107434153834	0.398043776589	0.0198613620011	0.445343739419	-20.0505096979	-14.1670070366	-13.2952510714
10	6.6563853853	0.924045075461	1.27659109947	6.52570961917	0.74665255461	5.82740583413	0.207392885652	0.467060602903	-0.0862188357612	-1.31662706241	-0.293888677803	-0.564258566459	0.204501687865	0.882661172233	0.132656568699	0.706241991703	0.132329096831	0.0789659607105	0.363981430751	0.0908851580465	0.433622251477	-9.25710933867	-6.68417083606	-7.72068468909
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13	2.80551660886	7.2600706103	0.630812507559	2.25187632933	2.54819998544	5.12479738733	0.273941254602	-0.086839444776	-0.269275187055	0.295970633794	-0.293779352018	0.406626735577	-0.0242512766649	-0.102943240515	0.153444583616	0.61496166018	0.0874966116584	-0.127206332582	0.386157076502	0.0342023372958	0.542169392237	-12.3061669713	-14.9244396532	8.90626472347
14	7.8383213104	5.33333102617	3.62909388121	8.19091524789	0.569902118159	8.28227406702	0.727847478374	-0.315368476336	-0.61293582377	1.15590587093	-0.181485008997	-0.818269388636	0.257380037812	0.0524960504728	-0.385572663459	0.569986409123	-0.0186457791887	-0.167739430574	0.335568266935	-0.00451166238387	0.368906137989	-16.4446866802	-17.938507926	11.5783405675
15	5.57384964463	3.84099951761	1.60580953682	5.61062625248	-0.126153178778	3.10846817834	0.0714014111277	-0.321320659593	0.3510262078	0.0820186921149	-0.240762808807	0.464176595436	-0.247260019812	-0.301430632092	0.198331862861	0.509924293319	0.0456206610208	-0.0348680461876	0.277907742796	-0.0311622998335	0.299401007564	-26.0227480622	-21.2765278447	6.53010570683
16	6.95975741508	3.63321190637	2.40700007118	3.80390901805	-0.422943553827	6.8441805942	-0.539620046784	0.174236222283	0.472936332798	-1.14098259232	0.065391574435	1.30794744051	0.143550662241	0.0130882582265	0.426660556772	0.966592440479	0.0443513492013	-0.226085450184	0.343218106493	-0.0544836511034	0.702004289066	-25.4021675848	-19.8081005543	-6.42412666407

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 65 )	A	A	1 - 65	1 - 65
2	2	chain 'A' and (resid 66 through 101 )	A	A	66 - 101	66 - 101
3	3	chain 'A' and (resid 102 through 115 )	A	A	102 - 115	102 - 115
4	4	chain 'A' and (resid 116 through 139 )	A	A	116 - 139	116 - 139
5	5	chain 'A' and (resid 140 through 162 )	A	A	140 - 162	140 - 162
6	6	chain 'A' and (resid 163 through 189 )	A	A	163 - 189	163 - 189
7	7	chain 'A' and (resid 190 through 203 )	A	A	190 - 203	190 - 203
8	8	chain 'A' and (resid 204 through 229 )	A	A	204 - 229	204 - 227
9	9	chain 'B' and (resid 1 through 26 )	B	B	1 - 26	1 - 26
10	10	chain 'B' and (resid 27 through 90 )	B	B	27 - 90	27 - 90
11	11	chain 'B' and (resid 91 through 115 )	B	B	91 - 115	91 - 115
12	12	chain 'B' and (resid 116 through 127 )	B	B	116 - 127	116 - 127
13	13	chain 'B' and (resid 128 through 139 )	B	B	128 - 139	128 - 139
14	14	chain 'B' and (resid 140 through 162 )	B	B	140 - 162	140 - 162
15	15	chain 'B' and (resid 163 through 203 )	B	B	163 - 203	163 - 203
16	16	chain 'B' and (resid 204 through 229 )	B	B	204 - 229	204 - 228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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